かつてベイの起源、ペガシスとエルドラゴを生んだとされる星の欠片。今地球に新たな星の欠片が舞い降りる･･････。一方、まどかの手によって修理を終えたペガシスを手にケンタとバトルをと意気込む銀河の元に挑戦状が届く。何者かと指定された小島へ赴いた銀河を待ち受けていたのはキョウヤだった！実質引き分けに終わったビッグバンブレーダーズでの決着を着けるため、キョウヤとレオーネが銀河とペガシスに牙をむく！！

突然姿を変えパワーアップしたペガシスとレオーネを調査すべく銀河たちはＷＢＢＡドームへ来ていた。だが銀河と勝負が出来ないならとドームを後にするキョウヤ。その彼の前にビートリンクスを操るヨハネスに襲われる少年、ユウキの姿が。キョウヤを追って来た銀河たちが割って入り救われたユウキは、新たなペガシスの姿を見て銀河を『レジェンドブレーダー』と呼ぶ。それが意味するものとは一体･･････？

早速レジェンドブレーダー探しを始めた銀河たち。だが有力と思われたライバルたちに覚醒した者はおらず、手掛かりとなったのはユウキが天文台で撮った星の欠片の記録だった。それによると欠片の１つがインドネシアに落ちた事が判り、早速銀河たちはその足取りを追うべく出発の準備に入る。しかし出発当日、ペガシスの力を手に入れるべくヨハネスが銀河たちの前に立ち塞がった。応戦する銀河とペガシスだが･･････。

最初の目的地となるザーカン島へ到着した銀河たち。そこは火山活動が活発でいつ噴火してもおかしくない状況だった。早速最寄りの村を尋ねてみるが、村人は銀河たちのベイを見た途端、皆家に引きこもり銀河たちを拒絶する。ベイを嫌う彼らには取り付く島もなく、一旦村を離れた銀河たちは、そこでベイを回す少女・サラと出会った。ベイを通じてサラと仲良くなった銀河たちは、その父親から今の状況について情報を得るのだが･･････。

火山の火口で激突する竜牙とキョウヤ、そしてエルドラゴとレオーネ。新たな力を使いこなしキョウヤを退けた竜牙に、銀河は星の欠片探しの協力を求めた。しかし竜牙は話ではなく勝負で語れとやり返す。やむを得ず銀河はこれを受け、再びペガシスとエルドラゴが激突！その余波は先ほどのレオーネとの勝負をさらに上回り、島中を揺るがす。しかし新たなペガシスの力を掴みきれない銀河はエルドラゴの前に敗北を喫してしまい･･････。

竜牙に敗れた理由を真摯に受け止め、銀河は今度は自分がペガシスに相応しい使い手になる番だと誓いを立てる。キョウヤもまたレオーネを扱いこなすべく銀河との特訓に精を出すのだった。一方、銀河の手助けをしたいケンタはレジェンドブレーダーになる方法を模索するが、練習でもユウキに連戦連敗と上手くいかず悩んでいた。そんな中、竜牙との戦いで刺激された火山が遂に噴火を起こし、村が危険に晒されてしまう。

モヘンジョ・ダロ遺跡近くの村で行われたベイ大会に姿を現した竜牙。しかし求めた星の欠片の手掛かりも無く、決勝を待たずに去ろうとする。それを止めたのは何とケンタだった。ケンタは竜牙に銀河たちの力になって欲しいと頼みに来たのだ。それがレジェンドブレーダーになれない自分が今出来る事だと信じて。勝負を挑み一撃で敗れてもケンタは諦めず、竜牙の後を追って行く。それは正に道なき道を行く困難な旅路だった。

中国。ベイ林寺を破門され町で悪さを働く元門下生を倒す正体不明のブレーダー。それがレジェンドブレーダーではないかと踏んだ銀河たちはダーシァンのもとを訪れる。久しぶりの再会を喜び合う銀河とチーム・ワンフージョンの面々。そして銀河がレジェンドブレーダー探しの件を切り出すと、ダーシアンは近日中に行われるタッグバトル大会に目当ての人物が出ると見当を付けており、ならばと銀河とキョウヤも参加を決めるのだった。

『登竜門』それは中国でブレーダー最強を競うタッグトーナメント大会だ。そして銀河たちは、ここに新たなレジェンドブレーダーが現れると予想し、参加していた。ダーシァンにキョウヤ、更にはヨハネスのチームが順当に勝ち上がる中、遂に銀河＆ユウキの試合が始まる。しかしユウキはこれが正真正銘初の試合。余りの緊張にシュートをミスし、すっかり舞い上がってしまった。奮戦する銀河だが、果たして勝負の行方は･･････？

ダーシァンと銀河たちは順調に２回戦を突破し、次はキョウヤ＆ベンケイｖｓヨハネス＆モッティ。これまで銀河たちの邪魔をし続けるヨハネスがレジェンドブレーダーである可能性を聞いたキョウヤは、その正体を見極めるべく自らヨハネスとの勝負に出る。得意のトラックチェンジでリンクスがレオーネの消耗を誘う中、キョウヤは何とスタジアム中央でじっと動かず待ちの態勢に入った。これまでに無い事態にベンケイは･･････。

『登竜門』準決勝第１試合。銀河＆ユウキｖｓダーシァン＆チーユンの勝負が始まる！以前よりも更に腕を上げ、技に磨きを掛けたダーシァンたちは護りに堅く、攻めは強烈。銀河たちは反撃の糸口を掴めぬまま一方的に追い込まれてしまう。ここでユウキが起死回生を狙ってアヌビウスで突破口を開き、銀河がダーシアァとの一騎打ちに。しかし攻防の末ペガシスが亀裂にはまって動けなくなってしまう。果たして勝負の行方や如何に？！

決勝に勝ち上がったベイ林拳チームに対峙する銀河たちは、ダーシァンたちの思いを背負い、更にレジェンドブレーダーを仲間とすべく決勝に臨んだ。特異なステージの中、ユウキはバオを足止めし、銀河がアグマに勝負を挑む！　激しい攻防が繰り広げられる中、バオを振り切ったユウキが合流し、２対１で勝機は銀河たちへ傾くと思われた。が、アグマの表情に焦りは無く、サイズクロノスの恐るべき実力が遂に明かされる！！

大会が終わると表彰式にも出ず姿を消すベイ林拳のブレーダーたち。ダーシァンたちの手も借りて彼らの足取りを追うが、完全に見失ってしまった銀河たちの元にシーザーからの連絡が･･････。一方、ヨハネスはレジェンドブレーダーを仲間に引き入れるべくアグマに接触を図っていた。場所は変わってバベルの塔。ここではレジェンドブレーダーの存在を匂わせるベイ大会が開催されようとしていた。そこへ現れたのは何と竜牙！！

ヨハネスに勧誘されたアグマたちは、黒幕である謎の人物と引き合わされる。 ネメシスを復活させ世界を滅ぼし、ベイブレード新時代を築き上げようとする彼らとベイ林拳は手を結んでしまうのか？！一方シーザーの連絡でギリシャへ飛んだ銀河たちは、レジェンドブレーダーの痕跡があった遺跡へ向かうが、何とそれは既に奪われた後。恐らく近く行われる大きな大会に姿を出すと踏んだ銀河たちはアメリカへ向かう事に。

スフィア３６０、それは巨大な球体の内側をスタジアムとし、３６０度全方位のバトルを可能とする最新ステージだ。その初試合として、１０名によるバトルロイヤルが始まった。翼、トビー、ゼオが参加するこの試合、注意すべき相手はグレイシーズ四兄弟。しかし何とセレンとエンソが途中で反旗を翻し、乱戦状態に。セレンが脱落し、エンソもあわやという場面でトビーとゼオが救出に入る。予想外の展開に驚く銀河たちだったが･･････。

始まる前から混戦模様のバトルロイヤルＢブロック。正宗は、ヴァリアレスＤ:Ｄを駆るキングと早速衝突し、更にそれを冷ややかに見下す謎の少年ジグソーが火に油を注ぐ。強敵ロシアチームの３人に、復活したジャックを加え戦いの火蓋がここに切られた！各方面で駆け引きが行われる中、ダンジョンジムのブレッドたちを一網打尽にするジャック。しかしその彼さえ、ジグソーの前には為す術なく敗れるという予想外の展開に！？

バトルロイヤル決勝。残った６人はいずれ劣らぬ猛者ばかり。特に開始前から正宗とキングは火花を散らしまくっていた。試合開始早々ステルスで姿を消すジグソー。しかし既に仕掛けを見切った翼が必殺転技でこれを破る。ならばと必殺転技の乱射でトビーとゼオをリタイヤに追い込むが、ここで何とキングが正面切って挑み、これを撃破する！　その時、銀河たちは彼のベイが左回転していた事に気付く。そう彼のベイの正体とは！？

星の欠片が落ちたというアフリカへ銀河たちはやってきた。目指すは「帰らずの山」と呼ばれるミストマウンテンだ。ナイルやダムレの協力を得て、現地へ到着した銀河たちは日が落ちない内にと目的の場所へ向けて進んでいく。が、途中落とし穴からまどか助ける代わりに自分が落ちる羽目になる銀河。その先で出会ったのは、トレジャーハンターの竜斗だった。しかし竜斗は銀河を墓荒らしと勘違いし、ベイバトルを仕掛けてきた！

竜斗を仲間に加え先へと進む銀河たち。一方、やはり星の欠片を狙うヨハネスとアグマがその後を追って行く。目的地へと続くトンネルの中は所々で分岐しており、行く先を誤ればただでは済まない事は明白だ。しかし竜斗の機転で、上手く罠を避けて進む事に成功し、遂に巨大な石門と古代のベイスタジアムのある場所へと辿り着いた。しかし喜びも束の間、ヨハネスたちが牙を向く。そこでアグマの姿を見つけたキョウヤは･･････！？

迷宮をようやく突破した銀河たちは、謎の声にヒントを与えられゴールとなる神殿を目指すことに。ようやく霧が晴れたその場所で銀河たちが目にしたのは、まるでストーンヘンジのような遺跡だった。キョウヤたちも合流し、皆で謎を解くため頭を捻るが中々解決策は浮かばない。そんな中、偶然夜空を見上げたユウキは空に浮かぶ白鳥座の星座がヒントを解く鍵だと気付き、見事神殿への道を開く事に成功するのだった！