舞台は、関東のとある港町―。孤独な生活を送る高校生・丹童子アルマの前に、執事とメイドを引き連れた「藍羽財団」CEOを名乗る少女、藍羽ルリが現れる。強力な力を持つ石の魔物「悪石」に立ち向かえるのは、アルマが持つ「セイクリッドセブン」の力のみ。 　アルマ一人では制御できなかったセイクリッドセブンの力を、ルリは自身が持つ力で解放させ、アルマの真の姿「セイクリッドアルマ・リベレイター」を発現させる！お互いの意思を交わしたアルマとルリは、次々と巻き起こる事件の中で巨大な陰謀に巻き込まれていく…。そんな中、突如二人の前に現れた謎の男。それは、もう一人のセイクリッドテイカー・輝島ナイトであった！