挚爱的家人与好友陪伴在身旁，有时开心，就读国二的鹿目圆，过着如此和平的生活。某天晚上，圆做了一个神奇的梦。

丘比受到转学生晓美焰的攻击。圆与沙耶香在保护丘比时遭遇危机，被魔法少女巴麻美所救。她说 —— 两人有一个能实现任何愿望的机会，但是得背负残酷的使命。

圆与沙耶香陪同麻美讨伐魔女。麻美成为魔法少女的理由揭晓了。两人在某天傍晚，发现恭介所住的医院，有一颗即将孵化的悲叹之种。

目睹麻美与魔女的壮烈决战，圆放弃成为魔法少女。来到失去主人的麻美房间，圆对于自己的怯懦落下眼泪。

沙耶香成为魔法少女，从魔女手中救出好友。看到恭介的手迅速康复，她感受着无比的幸福。另一方面，瞭望台上的杏子，正暗中观察着这样的沙耶香。

沙耶香与圆，回头寻找昨天由於杏子闯入而追丢的使魔。沙耶香不惜与杏子交战的意志，使得个性温和的圆哑口无言。在这个时候，焰基于某个目的，试着与杏子进行接触。

沙耶香得知了自己成为魔法少女之后的身体变化。在沮丧於自己付出如此沉重的代价时，本应敌对的佐仓杏子出现了。杏子带着沙耶香来到某间废弃教会，她的真意是？

沙耶香不在乎自己的伤势，只是不断挥砍眼前的魔女。这种迷失自我，自暴自弃的战法，使得圆不由得开口苦劝，终于使得沙耶香的情绪爆发。

沙耶香的灵魂宝石，终于化为漆黑的悲叹之种孕育出魔女。目睹沙耶香的最后下场，圆不禁崩溃，隔天，杏子出现在圆面前，说出一项惊人的提议。

这是某名少女转学之後的经历。受到全班同学注目而退缩的少女。由于长期住院，学力和体力大幅衰退，令她受到自卑感的苛责。垂头丧气踏上归途的时候，她不经意闯入魔女的结界。即使这个世界，存在着无止尽的悲伤，依然怀抱著寄托的思念，继续前进。

沙耶香的葬礼在雨中肃穆进行。丘比出现在独自悲伤的圆面前，以平淡的语气述说沙耶香她们的死，圆对此感到愤怒。无法理解圆这种情绪的丘比，说出孵化者与人类共度至今的历史。

圆以充满决心的视线，注视着魔女之夜。她告诉身负重伤的焰：“我找到想实现的愿望了”。得知魔法少女命运的她，将会许愿何种愿望，做出何种决定？