ネメシスクライシス……銀河たちと破壊神の戦いから数年後。世界はようやく復興し、ベイブレードもまた新たな時代を迎えていた。 そんな中、地元で１００連勝を達成した黒銀(くろがね）ゼロはベイ『サムライイフレイド』と共に武者修行の旅に出る。目指すはかつてベイブレードの聖地と呼ばれた街。そこでゼロが出会った相手とは？

新型スタジアムでバトルロイヤルを挑むゼロ。そこへ現れ勝負を挑んだのは、無敵のサラマンダと呼ばれるブレーダー、火竜院忍だった。 冷静にスタジアムの特性を生かしてゼロを翻弄する忍。しかしゼロも負けじと忍の攻撃を利用して必殺転技を繰り出した。その軌跡はまるでかつての流星の如く……。

ゼロは偶然入ったハンバーガー屋の店長ベンケイとベイの話で意気投合。銀河を超えると言い切ったゼロを気に入ったベンケイは、彼に稽古をつけることに。 基礎体力を徹底的に鍛える内容に文句を言いつつもこなしていくゼロだが、ある日通りすがりの少年にその特訓を馬鹿にされてしまう。彼の名は海原エイト、腕の立つブレーダーらしいが……。

勝負に負けた相手に罰ゲームを強いるエイトに勝負を挑むゼロ。ゼロジースタジアムの特性を生かして攻めるエイトの前に苦戦するゼロだが、やがて相手の動きからスタジアムの特性を掴むと反撃を開始。それは特訓の成果があってこそのものだった。鍛えたパワーを受けてイフレイドが勝利に向け疾走する！

バトルの中で学び強くなるゼロの姿に、ベイの新時代の息吹を感じる翼、まどか、ベンケイ。ならばと彼らは新たなステージを用意するべく、ワンディトーナメントの開催を決定した。火竜院忍へのリベンジ果たすべく参加したゼロは特訓の成果を生かして勝ち上がり、見事忍との決勝に臨むことに！

前回の戦いとは比べ物にならない程レベルアップしたゼロに驚く忍だが、逆に本気を出せるとばかりに逆襲に転じサラマンダを追い込む。ゼロもまたエイトを倒した必殺転技で応じるが惜しくも決まらず、勝負は一進一退の展開に。だが長期戦はサラマンダに不利。その時ゼロが取った戦法とは……！？

ベンケイ主催の野外特訓に参加するゼロとマル、そして忍。キャンプのような雰囲気に戸惑うも、ベンケイの挑発に乗った忍は全ての特訓を意地でゼロと引き分けてみせる。その中で忍は、自分が基礎をおろそかにしていた事を認め、改めて次は勝つことをゼロに宣言するのだった。一方、海原エイトの兄、カイトは着々と打倒ゼロの準備を進めていた。

特訓から戻る早々カイトの挑戦を受ける羽目になったゼロ。しかし忍を破った戦法は既に研究済みのカイトは鉄壁の防御でイフレイドを弾き飛ばす。このままではカイトの勝利は動かない……はずだったが、特訓の成果でゼロは見事に勝負を引っくり返す！そこで海原兄弟が繰り出した別の一手、それは？！

海原兄弟の秘密兵器、それは何と２つのベイが合体した姿だった。カイトに１度は勝ったゼロも、再戦では合体ベイ“オロジャリヴァイザー”の前に為す術なく敗れてしまう。 その正体を教えてくれたのは翼とまどかだった。それは『シンクローム』と言い、固い絆を持った２人のブレーダーが力を合わせることで実現する新世代のシステムだったのだ！

ゼロと忍で最強コンビ結成だと盛り上がるマル。しかし忍はそれを良しとしなかった。 翌日バトルで盛況なベイパークに現れた少女ブレーダー、紅蓮。彼女は今日がゼロジースタジアム初体験だったが、何とあっという間にゼロと同じ必殺技をやってみせた！ それを見たゼロと忍は……。

海原兄弟と蓮が加わって再びベンケイ主催の猛特訓が始まった。しかしベンケイは特訓中のシンクロームを禁止し、個別にメニューを与える。それはシンクロームに頼る前にブレーダーとしてのレベルアップを図るためのものだった。特訓を通じてベンケイに弱点を指摘されるゼロたち。しかしゼロジースタジアムでの勝負にこだわる蓮は……。

勝手にベイパークの鍵を持ち出しゼロジースタジアムで特訓していた蓮は、突然現れた獅々谷鷹ノ助（ししやたかのすけ）との勝負で完敗。続けてゼロに勝負を求める鷹ノ助に応じたのは何と忍！？ しかし自分本来の戦い方を見失っていた忍は鷹ノ助の前に苦戦を強いられる。しかしベンケイとゼロの叫びが彼の目を覚まさせた！！

海水浴にやってきたゼロたちはベンケイの差し金でいつも特訓へ突入しそうになるが、まどかの機転で何とか事なきを得る。しかしその海水浴場は謎の海坊主によって、客の寄り付かない場所となっていた。噂の海坊主はゼロたちのもとにも現れるが、とっさにベイで反撃し追い返すことに成功。そしてゼロたちはその正体を突き止めるべく動き出した！

海坊主の正体は地元の少年、木倉（きくら）ゲンだった。海を綺麗にするためと言いつつ、実は人を脅かして楽しんでいた彼を反省させるべくカイトが勝負を挑む。が、何と海辺のスタジアムが波で水没し、無効試合に。ならばとゼロが改めて挑むもスタミナタイプのキラーケンとは相性が悪い。突破口はあるのか？！

ＷＢＢＡ本部長・大鳥翼（おおとり　つばさ）の依頼で、ゼロジースタジアムでのバトルをより普及させるべく全国へと旅立つゼロたち。 しかし、本格的なゼロジーバトルをお披露目していた彼らに迫る謎の影があった。蓮（れん）と鷹ノ助（たかのすけ）のバトルに乱入した謎のベイはスタジアムを右周回し、２人を瞬殺。その正体は暗黒の竜こと暗闇左京（くらやみ　さきょう）操る左回転のベイ、ダークナイトドラグーンだった！！

再戦を挑む蓮を何と一蹴した左京は、再度シュートせずに鷹ノ助の挑戦を受けバトルを継続。その力に衰えはなく、果敢に攻める鷹ノ助をも遂に力尽くで制して見せる。ベイブレード界の覇者となることを宣言する左京に何かを感じた鷹ノ助は、彼の後を追うのだった。一方、その頃ゼロたちは？

訪問先で数々のバトルを繰り広げるゼロが疲れた頃合を見て、勝負を挑んできた悪矢（あくや）とその取り巻きたち。弱い者いじめで悪名高い彼らの挑発に、勝負を受けてしまうゼロ。 さすがに４人の連携相手に苦戦は免れなかったゼロだが、一瞬の隙を突いて反撃を開始！ スタジアムの特性を逆手に取って取り巻きと一緒に悪矢を一蹴し、大逆転するのだった！

一方その頃、スタジアムからの帰りに偶然左京と遭遇した忍は、野外でのバトルを挑まれていた！ 必殺転技の使えない状況ながらサラマンダの特性を生かして持久戦を挑み、ドラグーンが揺らいだ瞬間を狙って勝負に出る忍。しかし、左京は余裕でこれに応じる。果たして勝負の行方は！？

左京のダークナイトドラグーンの前に敗北したカイトは一人で対策を練ろうとするが、全く情報が得られず行き詰ってしまう。そんな時、ディフェンス最強を賭けてカイトを倒すため、所構わずバトルを挑んでは相手のベイを破壊する男・岩山美男（いわやま　よしお）が現れた。カイトの状態を心配したエイトは一人、彼を食い止めるべく美男に立ち向かうのだが……。

美男に敗れ怪我をしたエイトを気遣うカイト。エイトが自分を案じて取った行動を無駄にしないため、カイトは万全を期して鉄壁を誇る美男のバンディッドゴレイムに勝負を挑む。勝負は一進一退。しかしゴレイムの頑強さはカイトの予想を大きく上回り、リヴァイザーはピンチに！