美树沙耶香与丘比签订契约，成为魔法少女中的一员。善良的沙耶香自始至终贯彻着为他人而战的信念，可是在毫无规则和人性的战斗中，她渐渐迷失自我，最终走向了灭亡。弥漫着忧愁宿命感伤氛围的雨中，沙耶香的葬礼静悄悄地举行。经历了大起大落看尽世间空虚落寞的鹿目圆独自返回家中，沉浸在对好友的思念之中。而丘比关于沙耶香之死毫无情感的陈述令她身为恼怒。她无论如何也不能理解丘比诉说的孵化者和人类共度的漫长历史。不久后，小圆以充满决心的视线，注视着魔女之夜。她告诉身负重伤的焰，“我找到想实现的愿望了。”得知魔法少女命运的她，将会许愿何种愿望，做出何种决定？