雷門イレブンがホーリーロードで優勝してから３か月。サッカーはフィフスセクターの支配から脱し、自由で楽しい姿に戻っていた。そして天馬は、サッカーを教えるために全国を回っていた。しかし、久しぶりに雷門中に戻ってきた彼の前に、サッカー部の面々の姿はなかった。「雷門中にはサッカー部などない。」と告げる雷門中の生徒たち。共にホーリーロードを戦い抜いたはずの神童や三国たちまでが、サッカーのことも天馬のことも覚えていないのだった。愕然とする天馬の前に、ひとりの不思議な少年が現れる。自分の使命を果たすと言うその少年は、天馬の中からサッカーの存在を消去しようと迫る。そんなことはさせないと抵抗する天馬だったが……。

謎の少年・アルファに襲われた天馬。彼を救ったのは、200年後の未来からやってきたという少年・フェイだった。アルファのチームとサッカーで勝負することになった天馬とフェイであったが、すべてにおいて常識を超えたアルファたちのプレイに、天馬は全く歯が立たず…。