魔法少女们闯入了Magius的据点。与彩羽再次重逢的八千代，以及与她们会和的小圆一行，在前方遇到了化身为Magius战士的由比鹤乃和巴麻美。麻美与鹤乃失去了理智，对本应是同伴的魔法少女们展开攻击。彩羽和小圆陷入苦战而难以下手还击。此时，由于Magius计划，神滨市内接连召唤出了无数魔女。同时，观测史上最大规模的超级单体雷暴正逐渐接近，预计将在6小时后登陆神滨市。这超级单体雷暴的真面目正是那最邪恶的魔女——魔女之夜。