在与“委员长的魔女”的战斗中，小圆和焰陷入苦战。魔女的使魔向小圆发起攻击，焰使用时间停止能力，为了保护小圆举起了枪。然而，出现在焰面前的是一名神秘少女。焰动摇了，解除了时间停止。就在使魔逼近小圆的危机时刻，从神滨回来的沙耶香救下了她们。随后，沙耶香向小圆等人详述了神滨的麻美的情况，以及“魔法少女的真相”——

八千代追踪黑羽们，寻找Magius据点“薄望之馆”的具体位置。过程中，她与“窥视城镇的谣”展开了战斗。为了寻找薄望之馆的入口，八千代走过了过去谣出没的卷帘商业街。她遇到了宝崎市的魔法少女黑江和小丘比，但黑江却迅速逃离。追逐黑江的八千代面前，出现了曾经的挚友梓美冬。美冬告诉她Magius计划就是为了避免出现像彩羽这样的牺牲者……

在“万年樱的谣”的结界中，八千代与黑江找到了彩羽。然而，彩羽突然被从自己身上显现出的沉默的魔女化身吞噬。醒来的八千代发现自己身处三日月庄，与鹤乃、菲莉希亚、佐奈以及彩羽一同围坐在餐桌前吃早餐。但原本不该在这里的黑江也在场。八千代与黑江怀疑，这并非现实世界，而是沉默的魔女化身制造的“梦境世界”。她们开始担忧现实世界中彩羽的状况，八千代为了唤醒彩羽，在梦境中向他诉说。

彩羽从黑江口中得知，Magius的柊眠是妹妹忧依的挚友，且她还记得自己。为与眠对话，彩羽请求黑江带她去找眠。于是，彩羽、八千代与黑江三人前往了Magius之翼的据点“薄望之馆”。三人到达薄望之馆入口时，与正从入口出来的天音姐妹狭路相逢。在八千代引开天音姐妹的同时，彩羽与黑江潜入了薄望之馆，目标是找到眠。然而，在途中她们遇到了身穿黑羽服装的水波玲奈与秋野枫。

为了寻找三日月庄的伙伴，彩羽独自出发，而黑江也表示要随行。黑江开始对彩羽产生思念之情。另一方面，菲莉希亚与佐奈以黑羽的身份在Magius中活动。“再找到防止变成魔女的方法前，我是不会回去的。”菲莉希亚这样说道。而佐奈一边管理被谣控制的人群，一边对Magius的行动产生了疑问。与此同时，作为白羽行动的美冬，与一位意想不到的任务重逢，内心陷入了困惑。在交错的感情中，灯花宣布了拯救所有魔法少女的计划详情。这项计划的内容是——

将彩羽先行送走后，黑江一边与Magius战斗，一边听到了魔女化身的声音：“你忘记我了吗？”耳边的低语让黑江震惊。同时，走在前方的彩羽听到了妹妹忧依的声音。混乱于Magius计划的菲莉西亚与佐奈，向已显露出放弃一切态度的美东提出疑问，并表达了自己的意志。在因计划的实施而聚集了大量魔女的神滨市区，八千代追寻着彩羽的身影。在那里，八千代与见泷原市的魔法少女们相遇了。

魔法少女们闯入了Magius的据点。与彩羽再次重逢的八千代，以及与她们会和的小圆一行，在前方遇到了化身为Magius战士的由比鹤乃和巴麻美。麻美与鹤乃失去了理智，对本应是同伴的魔法少女们展开攻击。彩羽和小圆陷入苦战而难以下手还击。此时，由于Magius计划，神滨市内接连召唤出了无数魔女。同时，观测史上最大规模的超级单体雷暴正逐渐接近，预计将在6小时后登陆神滨市。这超级单体雷暴的真面目正是那最邪恶的魔女——魔女之夜。

因为与谣合并的鹤乃被击败，灯花对彩羽一行燃起了强烈的怒火，派出了“兵熊之遥”大军。而目睹灯花这种状态的眠则感到困惑。似乎事情的发展已经偏离了她的预期。被这样的事态包裹，彩羽发觉自己独自身处一个陌生的世界。她坐在一座剧场的观众席上，看到一位名为梅露的魔法少女正在占卜。彩羽回想起了在“记忆博物馆”被灯花提起的往事。