デュエマ大好き主人公、勝太たち５年２組の面々！ある日、仲良し４人組は同じ夢を見る…。 それは見たことない場所で見たことないドラゴンに出会う夢。実はそこは現実にある場所で、早速行ってみることに。到着した先で見たのは、奇妙な古ぼけた書物だった。 一方その頃、この書を追う巨大な組織が暗躍をはじめていた…。

勝太のもとに転がり込んだ、古ぼけた書。それはアウトレイジの書と呼ばれるものだった。 そして、その書と一緒にやってきた小さなドラゴン。カツドンと名付けたそのクリーチャーは、勝太の大事なカレーパンを食べあさったり大暴れ！そんな中、街でカードの能力を使った奇妙な事件が発生！どうやら原因はクリーチャー！？

街で次々起こるクリーチャー事件！ その原因はオラクルという種族が放つ悪の意思であることが分かった。そんな中、再びクリーチャーによる事件が発生！勝太はカツドンの力でデュエルゾーンへ引きずり込み、デュエマで解決！…のはずだったが、相手の様子がおかしい。そこに現れたのはオラクル軍団で…！

クリーチャー事件を成り行きで解決していた勝太たちのもとに、思いもよらぬ来訪者が！その子は紫の髪をなびかせて、タブレットを駆使して勝太たちに迫ってきた！少女の名前はレイ！どうやら転校生のようだ。レイは事件の裏に勝太あり！と嗅ぎつけて、探偵団を結成しようと持ちかける…！

デュエマ探偵団として活動する羽目になった勝太。やる気は出ないが、レイのカレーパン作戦につられ、今日も事件解決へ乗り出す！今回の事件は、巨大な湖に突如現れた怪物、ダムッシーの捜索！早速現場に出向いてみるも、そこには思わぬ事態が待ち受けていた…！

再び新たな事件が発生！街中からスイーツやカレーパンが消えた！またもやレイちゃんの発案でデュエマ探偵団が出動することに。事件を追っていく中で一人の青年パティシエが浮かび上がる。しかし本人には何の意識もなく、まさかそんな事件が起きているとは思ってもいなかった。事件の真相やいかに…！？

あらゆる建築物が破壊・デコレーションされる事件が発生！若き建築家・桜田が犯人として浮かび上がった！探偵団が調査を進めていると、これまでの事件とは違う匂いが…。その理由は事件を起こしていたクリーチャーにあった！

無事に桜田の事件を解決した勝太の前に現れた謎の覆面デュエリスト！勝太に対して、オラクルに関わるといつか大切なものを失うと警告する。なんのことやらわからない勝太であったが、そんな中街を再び事件が襲う！巨大なクリーチャーの像があちこちに乱立し、混乱に陥れているというのだ…！

なんとか覆面デュエリストを退けた勝太。久々に平穏な日々を送っていた。そして今日は待ちに待った社会科見学！行先はなんと「カレーパン工場」！いやがおうにもテンションが上がる勝太。早速工場の中を進んでいくと、一人の少年に声をかけられる…。

オラクルのボス、ヨミの手によってクロスファイアを失った勝太。オラクルの目的はアウトレイジの書と勝太を自分たちのものにすることだった！そのために手段を選ばないオラクルは、勝太の仲間たちを襲い始める。ヨミの忠実な部下イズモによって次々にやられていく仲間たち…。

カツドンが倒され、封印されてしまった勝太。なにを言っても反応なく、黒くくすんでしまったカツドンはまるで死んでしまったよう…。失意の勝太のもとに再び事件が襲う！今度は時を操るクリーチャーが現れ、街中で時間をいじり騒ぎを起こしていた。事件解決に乗り出した探偵団だが、カツドンのいない勝太はみるみる追い込まれてしまう…。

カツドンはカツキングとなり蘇った！心強い相棒が再び帰ってきたことで勢いを取り戻す勝太。事件解決も絶好調で、イズモ・ヨミへのリベンジを強く胸に誓う。そしてその時は思わぬ形でやってきた！事件解決のために乗り込んだ館に現れたのはイズモ！勝太の負けられない超決戦が始まる！

イズモとの戦いを終えた勝太のもとに、オラクル軍団の総帥ヨミが現れた。ヨミのために忠誠を誓い、全力でデュエマに挑んだイズモは、ヨミにとってはただの捨て駒にすぎなかった。その言葉を聞き、怒りを覚える勝太。そしてもう一人、ヨミへの怒りをあらわにする人物が…。

自分を認め、共に戦ってくれたイズモの存在を軽んじたヨミに対し、怒りをあらわにする覆面デュエリスト！ついにヨミと決別、イズモの弔いデュエマが始まった！しかし三神合体で圧倒的な力を見せるヨミの前になす術なし…。果たして意地の一撃は決まるのか！？

新たにプロメテウスを仲間に加え、オラクルとの戦いに備える勝太。そんな中、街中にクリーチャーが大量出現！その原因はヨミの操る次元リアクターという装置だった！勝太たちは次元リアクターを止めるため、ヨミの待つオラクルビルへと向かう・・・！

次元リアクターの元へとたどり着いた勝太たち！装置を破壊しようとする勝太だが、ヨミに阻止されてしまう。そして次元リアクターが起動、世界中に大量のクリーチャーが！アウトレイジの書の力を借りて、ヨミにデュエルで挑む勝太！地球の運命を賭けた、勝太とヨミの最終決戦が始まる…！

夏休みが始まり、集合場所だった学校に入れなくなってしまった探偵団。探偵事務所を開こうとするレイが目をつけたのは、プリンプリンの家だった！バチバチと火花を散らすレイとプリンプリン！そんな中、兄がチャラいサーファーになってしまったという女の子が相談にきて・・・？

探偵団に依頼にきたのは、超可愛い女の子！デュエマ大会に勝って、優勝賞品のハワイ旅行をプレゼントしてほしいという。興味のわかない勝太だが、ぶっちゃけ達は女の子にメロメロ！その裏にはクリーチャーの影が！？デュエマ大会の行方やいかに…？

高原のコテージに泊っていたお客さんが消えてしまう、という事件が発生！塾のテストがあるベンちゃんを除いて、探偵団はコテージ村へと向かう。そこで出会ったのはデュエマ好きの親切な少年だったが…？一方、探偵団のことが気になり駆けつけたベンちゃんは、ロビーから驚きの真実を聞く！！

カツドンたちチーム・エグザイルの分のアイスを食べてしまい、カツドンと大喧嘩してしまった勝太。謝ろうとしない勝太に怒ったカツドンは、他のクリーチャーと共にストライキを起こす！そんな中、公園に覆面デュエリストのニセモノが出現！？カツドン不在のまま、事件を調べる勝太だが…！？