ガッチャマン。超科学を持つ宇宙人に力を与えられ、人間を害する異星犯罪者や未確認物体を秘密裏に処理する影のエージェント達。2015年初夏、立川「CAGE」所属のガッチャマンに、文具好きの女子高生・一ノ瀬はじめが新たなメンバーとして加わる。自由奔放で型破りなはじめは、任務に倦んでいるメンバーに新風を吹き込んでいく。

駆除対象である未確認物体・MESSへの攻撃を邪魔したはじめに納得がいかない清音。清音は自分の常識や想像を軽々と越えて行くはじめの行動に振り回される中、感情的に是非を決めつけず、色々な角度から物事を捉えるはじめの考え方に触れていく。一方、自身の快楽の為に人間を相争わせて喜ぶ謎の怪人が暗躍を始める。

巨大SNS・GALAXと人工知能・総裁Xを作り出し、世界をアップデートするべく様々な活動を続けている才人・爾乃美家累。累は総裁Xの情報収集能力とマッチング機能を使ってあらゆる問題に介入し、人々が前向きに解決出来る様導いている。そんなある日、人間の力では対処不可能な事態が発生し、累は禁忌の力を行使する決断を迫られる。