1996年の冬。ある病院にひとりの少女が運び込まれた。 彼女の名は両儀式。かろうじて一命は取り留めたものの…その瞳が開かれる事はなかった。 やがて2年の時が過ぎ――。

目覚めた式の瞳には、万物の「死」が視えるようになっていた。 更に、自分の中にいたはずのもう一つの人格「織」が消えている…。 己の見つめる景色も理解できず、喪失感だけを抱えた式は、心を閉ざす日々を送る。 そんな彼女の心の隙間を狙い、その身体を乗っ取ろうとする浮遊霊たちが、動き出す。

黒桐幹也が出会ったのは、暗がりにうずくまるひとりの少女だった。 その制服は自身の妹、鮮花と同じ高校のもので…放ってはおけず自宅へと迎えたが、 幹也が目覚めた時、彼女はすでにいなかった。 翌日。式は橙子から、ある事件の犯人を保護する依頼を受ける。 一方、幹也は友人から後輩の啓太の行方を捜すよう頼まれる。

啓太たちのおぞましい凶行と、それゆえに課せられた浅上藤乃の報復。 幹也は式と藤乃の戦闘を止めるため、藤乃の過去を調べ始める。 しかし、全ての符号が一致した時、 藤乃の切ない叫びが響く。

夏の終わり。廃墟となったビルから、少女たちが相次いで飛び降りる事件が起きていた。 自殺をする理由も、共通点もない少女たち。 橙子の依頼でこの事件の調査に向かった式は、ビルの屋上で、飛び降りた少女たちの霊と、浮遊する女性の霊を目撃する。

巫条ビルを舞台に起こる不可解な連続自殺事件。 独自にこの事件の調査を進めていた幹也の身にも、異変が生じる。 憤りを感じる式。 そして、ついに式は巫条ビルの屋上で、浮遊する霊と対峙する。

1995年、高校入学を控えた雪降る夜。 黒桐幹也は傘も差さずに佇む着物姿の少女に出会う。 そして幹也は、入学式でその少女……両儀式と再開する。 だが、式は幹也のことを覚えていない様子で……。

式の中に「式」と「織」が存在することを知った幹也。 そして、彼女が殺人衝動を抱えていることも。 「このままだと、きっと私はあなたを殺すわ」 その警告を聞いてもなお、幹也は変わらず彼女に心を惹かれる。

1999年、2月。 街は再び「通り魔事件」に怯えていた。 ニュースを見ながら、式は幹也に尋ねた。 「覚えてる？黒桐。人は一生に一人しか殺せないって」 しかし、幹也はその言葉を思い出せず……。

幹也の前から消えた式。 その間にも、観布子市で繰り返される殺人事件は犯人不明のまま、 数を増し、殺戮となっていく。 そして幹也は、式を追う中で、ある真相にたどり着く。

幹也は、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。 式の中の殺人衝動を揺さぶるため、殺人を繰り返していた里緒。 それでも、彼を救おうとする幹也だが……。

ついに、里緒と対峙した式。 徐々に里緒を追いつめ、その喉元にナイフを突き付ける。 一方、「人は一生に一人しか人間を殺せない」その言葉を思い出した幹也は式を止めるため、急ぐのだが……。

幹也の事を殺したという里緒の告白に、膝から崩れ落ちる式。 式の中で、幹也との温かで幸せな想い出たちが蘇る。 里緒が許せない式。だが、「先輩を殺したら許さない」という幹也の言葉も蘇る。 そして、彼女が選んだ道は……