小智的皮卡丘拍电影？大富翁弗兰克非常喜欢皮卡丘，并邀请了小智的皮卡丘担任一套全部角色都是皮卡丘的电影！拍摄的人手不足，剧本又未完成，小智一行人决定帮忙一起拍电影！究竟这套电影能否顺利完成呢？

为了成为神奇宝贝大师，小智和皮卡丘来到了卡洛斯地方。本来他们希望挑战三色堇的妹妹的道馆，但刚好她离开了道馆，而且暂时不会回去。于是小智决定首先挑战密阿雷市的道馆，不过看来这是一个奇怪的道馆…

小智一行人带著受伤的呱呱泡蛙前往法桐博士研究所。当他们在听博士解释超进化的时候，偷听到对话的火箭队闯进了研究所，并把颈箍套在烈咬陆鲨的脖子上。烈咬陆鲨因此失去了理智，在研究所和密阿雷市大肆破坏，小智一行人立即前往阻止……

小智在希特隆和柚丽嘉的带路下，来到神奇宝贝中心，办挑战卡洛斯联盟的登记手续，然后向著第一个要挑战的道馆进发。他们在途中遇见一只时正在摘果实的咚咚鼠。然而，在咚咚鼠快要取得果实的瞬间，却被一只小箭雀抢走了。呱呱泡蛙为了教训小箭雀，展开了战斗。

小智一行人在旅行途中，让他们的神奇宝贝吃神奇宝贝食物，途中，上次遇见的咚咚鼠突然出现，并吃掉了神奇宝贝食物。他们一路追著咚咚鼠想要收服它，然而皮卡丘和咚咚鼠却在洞穴追逐期间与小智他们分开了，并遇上了火箭队……

小智一行人来到白檀市，并立即前往白檀道馆进行道馆战，以前曾经和小智一起旅行的三色堇亦来到道馆，她是道馆训练家紫罗兰的姐姐。小智终于展开在卡洛斯地方的第一场道馆战，不过面对紫罗兰的神奇宝贝却束手无策……

小智在道馆赛败于紫罗兰手下，他为报一战之仇，在三色堇和希特隆帮助下为神奇宝贝进行特训。特训完成后小智再次挑战白檀道馆。面对之前令他们毫无还击之力的碧粉蝶，小智和皮卡丘究竟有什么对策呢？

铁甲犀牛竞跑是卡洛斯地方一种很受欢迎的运动，小智一行人来到比赛的斯密鲁村附近。小智从君莎口中得知可以即场报名后决定参加比赛，莎莉娜因为很熟悉铁甲犀牛竞跑，于是成为了小智的教练。然而，在比赛途中，火箭队设下陷阱，并把所有铁甲犀牛捉起来……　　

小智一行人来到某一个城镇，莎莉娜在旅游书看到附近有一个大师级美容师，想去见他一面。然后他们遇上了大师级美容师的徒弟洁西卡，她正因不被多丽米亚认同而感到烦恼。 此时，他们遇上另一个大师级美容师武藏丽，他们说要替火狐狸美容。莎莉娜把火狐狸交给武藏丽，然而他们的真正身份是…

小智一行人回到密阿雷市，在街上遇见希特隆和柚丽嘉的父亲利莫内。小智得知希特隆实际上是密阿雷道馆的道馆训练家，然而道馆却被希特隆发明的机械人希特洛伊特占据。为了从希特洛伊特夺回道馆，小智一行人潜入道馆，与希特洛伊特进行神奇宝贝对战。　

在前往遥香市前，小智一行人决定先去探访法桐博士。另一方面，火箭队为了获得关于超进化的资料，计划捉走法桐博士，莎莉娜和柚丽嘉在拯救法桐博士时亦被带走。莎莉娜利用马卡龙留下线索，贪吃的哈力栗跟著马卡龙的痕迹，带小智他们找到火箭队。然而，火箭队准备了一件秘密兵器……　　

小智一行人在旅途中吃午餐，却被两只一直观察他们的顽皮熊猫把食物全部吃掉。在此时，火箭队把小智等人的神奇宝贝全部捉走，然后一走了之。火箭队的作战虽然非常成功，却因为一些小事反目，令热气球爆炸，皮卡丘等神奇宝贝堕落到不同的地方。虽然他们成功找到同伴，却不小心激怒了中途遇见的流氓熊猫……

小智一行人在旅行途中遇见君莎小姐，她正在追捕逃走中的神奇宝贝黑市商人达兹。达兹是一个以贩卖碧粉蝶赚钱的坏人，小智他们觉得应该要帮手一起追捕达兹，于是跟在达兹和君莎小姐后面。途中，他们发现了从达兹车上跌了下来的神奇宝贝粉蛹…　　

在旅途中，小智与神奇宝贝训练家普鲁蜜耶对战。普鲁蜜耶用仙子伊布与小智的呱呱泡蛙决胜负，并说胜出的话就要小智陪她一趟。结果，仙子伊布用迷人绝招击败呱呱泡蛙，小智信守承诺，跟普鲁蜜耶来到她工作的幼稚园。原来她是为了让里面的幼稚园生有接触神奇宝贝的机会，学生们看见小智他们的神奇宝贝非常高兴。然而，有一个叫兰迪的学生不敢接近神奇宝贝，为什么他会这样害怕…？

在旅途中，小智一行人进入了一间途经的大宅避雨，火箭队亦因同样理由进入了大宅。虽然大宅内空无一人，但是屋内却自动开灯，门窗亦自动闭上，非常奇怪。小智一行人和火箭队虽然十分害怕，仍然各自在大宅内寻找出路，此时在他们面前出现了一个奇怪的身影……

贪吃的哈力栗把莎莉娜制作的马卡龙全部吃掉，并因为吃得太饱而变得十分迟钝。小智和希特隆为了让神奇宝贝做饭后运动，于是开始对战。不过哈力栗因为动作太迟钝，不单输给呱呱泡蛙，甚至还输给咚咚鼠。希特隆作为道馆训练家，不能够坐视不理，于是发明了一部让哈力栗做运动的机器。但是在完成之后，哈力栗却不知所踪。到底哈力栗去了哪里呢？

小智一行人在宝可梦中心休息的时候，柚丽嘉的袋子因为跟旁边女孩的袋子十分相似，不小心互相拿错了，并在离开宝可梦中心后才发现。她们的袋子内都放了神奇宝贝，柚丽嘉的是咚咚鼠，女孩的是皮丘。小智他们从乔伊小姐得悉那女孩戴著一个大的红色蝴蝶结，于是凭这线索在镇内四处寻找。柚丽嘉到最后能否找回咚咚鼠呢？

小智和呱呱泡蛙在旅途中进行特训时，遇到忍者训练员三平和他的神奇宝贝呱头蛙。小智挑战三平，想与他进行神奇宝贝对战，然而，呱呱泡蛙却被呱头蛙的电光一闪击败。小智向三平请教，希望他能教呱呱泡蛙电光一闪，于是他们一起进行严厉的特训，究竟呱呱泡蛙能否学到电光一闪？

小智一行来到古木镇，发现在广场有一只发出极大噪音的卡比兽在睡觉。要叫醒它只有一个方法──听懒洋洋城主的神奇宝贝之笛声。不过，笛子被巴尔法姆香殿的任公主夺走。小智他们为了取回笛子，前往巴尔法姆香殿拜托公主。公主说可以交回笛子，但有一个条件…

火箭队在商讨捕捉皮卡丘的计划时，遇上神秘人Ｘ夫人和乌贼王。乌贼王突然发出光线，操纵了武藏和小次郎。喵喵几经辛苦终于成功逃脱，并向小智一行人求救。此时乌贼王再次出现，操纵了皮卡丘和小智其他同伴。小智究竟能否帮大家成功脱险？然后，Ｘ夫人和乌贼王又有甚么目的?