相棒学園に通う少年・未門牙王。そしてドラゴンワールドの武装騎竜ドラムバンカー・ドラゴン。異世界と繋がったカードゲーム「バディファイト」の力により両者は運命の出会いを果たす。たくさんの生徒が大騒ぎする中、バディポリス龍炎寺タスクが牙王のもとへやってくる。その手には、モンスターとバディを組んだ人間にだけ与えられるコ アデッキケースが握られていた。

牙王vsタスク。牙王は日本一のバディファイター龍炎寺タスクに、無謀にもバディファイトを申し込む。クラスメイトのデッキビルダー・大盛爆と、ライブラリ・宇木くぐるの協力により、牙王自身も戦えるデッキ「爆ドラ」を得た牙王。相棒学園が誇るファイティングステージにて、タスクとそのバディ、ジャックナイフ・ドラゴンへ挑む。

牙王vsテツヤ。バディファイトで強くなるためには、息の合った練習相手チューナーが必要だ。頭にバナナを生やしたダンサー＆ファイター黒岳テツヤにバディファイトを挑む牙王。マジックワールドのモンスターを駆使するテツヤはどんな戦いを見せるのか。TVで人気の芸能モンスター、アスモダイまで現われ、会場は大盛りあがり。

キリvsキャッスル店長。牙王のクラスへ突如やってきた転校生、氷竜キリは、カードショップ「キャッスル」にて初めてのデッキを手に入れる。牙王と超商店街ファイティングステージに立ったキリは、デンジャーワールドのモンスターと共に、バディファイトのレクチャーを受ける。

制造灵核型卡组收纳盒所用的是光子金属。而光子金属的采掘场，遭到拥有搭档“装甲骑士·冥府三头犬”的面具男人“孤狼”袭击。偶然在场的牙王，目击到孤狼所使用的迷之力量而遇袭。搭档警卫龙炎寺翼空与孤狼展开激突，要求发动超能力「未来之力」。

相棒学園で指折りの実力者の荒神ロウガは天才バディポリスのタスクにライバル認定された牙王に突然バディファイトを挑む。

哲也VS升。相棒学园的小学部与初中部间举行的搭档对战对抗赛「ABC杯」即将临近。牙王的同学虎堂升为了在大赛前鼓气，向哲也发起搭档对战。在卡组构筑家阿爆的帮助之下焕然一新的哲也的卡组，能否与阿升的龙骑士卡组相对抗呢？

「ABC杯」小学部预选赛开幕。赌上正赛出场权，小学部的众人在大舞台汇聚一堂。牙王的队伍「太阳子弹」，哲也的队伍「阿哲＆阿太」，阿升的队伍「升腾之虎」，以及，小学部排名第１位的如月斩夜也现身了。白热的搭档对战就此展开。