あの名探偵を祖父に持つ不動高校２年の金田一一（きんだいちはじめ）と幼馴染みの七瀬美雪（ななせみゆき）は下校中にファッションイベント、東京ガーリーモードの瀧川龍太（たきがわりゅうた）に声をかけられる。美雪似のモデルが行方不明になったらしく、瀧川は香港で開催されるイベントにモデルとして出演して欲しいと美雪に依頼する。翌週、香港にやってきたはじめと美雪は、家族旅行で来ていた後輩、佐木竜太（さきりゅうた）と偶然会って行動を共にする事に。 この後、美雪は雑踏の中で新力（シン・リー）とぶつかり、美雪の服にドリンクがかかってしまう。シンは代わりの服を買うと謝罪して美雪たちを洋品店に案内する。美雪は洋服を持って試着室へ入った直後に何者かに誘拐されてしまう。はじめは美雪を連れ去る車を追って窓の隙間から車内にスマホを放り込む。そして、はじめと佐木はスマホのアプリを使って美雪を追跡し、九龍寨城公園へと辿り着く。 そこにはじめのスマホを持った少年が現れる。知らない人からはじめに渡せと頼まれたという。間もなくスマホに美雪からメールが届く。それは警察に言えば美雪の命が危ないという内容だった。はじめは苛立ちながら公園を見渡して美雪を見つけるが、彼女は行方不明になった美雪似のモデル、楊蘭（ヤン・ラン）だった。はじめがイベントに出ない理由を訊ねると、ランは背中の龍のタトゥーを見せる。 母親が彫ったというタトゥーは巨大スラム街、九龍城にあった巨大ダイヤモンド、ドラゴンアイの在処を示すもの。生前、母親はタトゥーを人に見せるなと話していたが、雑誌のグラビア写真に写ってしまったという。雑誌が出ると香港のプロモーターから連絡があり、ランはイベント出演が決定。だが、打ち合わせでタトゥーの事を詳しく聞かれて怖くなったという。美雪は人違いで誘拐されたのだ。 はじめは美雪を演じてほしいとランに頼み、パーティー会場となるホテルへ向かう。そして、はじめたちはロビーで瀧川とアシスタントの佐久間猛（さくまたけし）と合流する。ロビーには他にもプロモーターの陳永福（チャン・ユングー）やデザイナーの柳愛碧（リュウ・アイビー）、台湾警察の李白龍（リー・パイロン）がいた。チャンは蝶が苦手らしく、飛んできた蝶に嫌悪感を露わに。 はじめたちが会場に移動して席に座ると、そこにシンが現れる。シンが席に座った後にやってきたチャンは余った席を見て顔を曇らせる。チャンは部下のシンに席を代われと命じ、シンはしぶしぶ席に移動する。この後、パーティーが始まり、ボーイの金龍東（キム・ロンドン）は皆にスープを注いで回る。スープボウルの底には２種類の柄が描かれていた。そして、シンが携帯の着信に反応して席を立って間もなく、スープをすすったチャンが血を吐いて絶命。李は「まさか毒龍が！」と謎の言葉を呟く…。

　スープを飲んで絶命したチャン。はじめは日本の剣持（けんもち）警部に連絡し、調べて欲しい人がいると頼む。キムは犯人と疑われた時に庇ったはじめたちをホテル近くの自宅に案内。キムは韓国からの留学生だった。はじめたちが部屋からレーザーショーを観ていると、キムが上の階にいる李に気付く。はじめたちは李のいる部屋に行くと、そこではシンが頭から血を流して撲殺されていた。 　この後、アイビーが九龍城出身だったと判明。チャンもシンも九龍城出身だった。アイビーによれば、ドラゴンアイは文字通り、九龍城にあった龍の像の目の部分。そのドラゴンアイを奪ったのが九龍皇帝と呼ばれた王龍（ワン・ロン）だった。ドラゴンアイはワンが取り出してから行方不明だという。 　その時、はじめのスマホに剣持、明智（あけち）警視から連絡が入る。瀧川と李は香港出身で、2人は20年前に日本と台湾に行ったという。話を聞いたはじめは２人とも九龍城出身だと考える。はじめがキムも九龍城出身と勘繰ると、キムはワンの息子だと打ち明ける。シンは20年前にワンを殺害した３人の犯人の内の1人だった。ワンは死ぬ間際に「毒龍が目覚めたら、みんな死ぬ」と言い残したという。 　翌朝、ランが何者かに誘拐された事がわかる。李は自分がワンの息子だとはじめに打ち明ける。李はキムの兄だった。ワンは香港政府と九龍独立の交渉をする切り札としてドラゴンアイと交換に毒龍を手に入れたという。その矢先に殺害されたワン。毒龍は20年前にロシアから消えたスーツケースサイズの核爆弾だった。ドラゴンアイはすでになく、李の特殊任務は爆弾を見つけ出す事だという。 　爆弾のバッテリー寿命は20年で、バッテリー切れまで10時間。最悪の場合、今夜9時に香港のどこかで爆発が起きるという。李によればランはワンの娘で、タトゥーは核爆弾の在処を示すものだった。佐木はランのタトゥーを撮影していて、はじめはその映像を見て、龍のウロコが１枚だけ赤い事に気付く。その時、はじめのスマホに美雪から着信が入る。美雪は川の上に建つ家の中にいるとはじめに助けを求める。外にはピンクのイルカが描かれた看板が見えるという。 　 はじめは公園内の寺院に保管された龍の像と映像のタトゥーを見比べる。その時、警察に保護されたランから電話がかかってくる。ランは赤いコートの人に誘拐され、目が覚めたら東涌のベンチにいたという。この後、大澳村がピンクのイルカで有名と判明。はじめはタトゥーと地図を重ね合せ、赤い逆鱗が示している大澳へ向かう。到着後、はじめは赤いコートの女を見つけて後を追う。女は廃墟に入って行き、その直後に悲鳴が聞こえてくる。廃墟では赤いコート姿のアイビーが喉を引き裂いて絶命していた。右手にはガラス片を持っていて、李は自殺したアイビーが犯人（毒龍）だったと判断するが…。