かつて天才ヴァイオリン少女と呼ばれていた小日向かなでは、ある日出演したコンサートで無記名の手紙を受け取る。同じ頃、地元を離れて横浜にある星奏学院に通う、幼馴染の如月律が出演する演奏会に誘われ、律の弟の響也とともに横浜へ向かう。久々に会った律は少し昔とは雰囲気も変わっていた。その演奏会で「全国学生音楽コンクール」の開催が宣言され盛り上がる場内。そしてかなでたちは律に「俺の元に来い」と告げられて……。

星奏学院に転校し、オーケストラ部に所属することになったかなでと響也は、部長である律から全国学生音楽コンクールの選抜メンバーにするという発表に驚く。それ以上に他の部員たちが反発、特に１年ながらメンバーに選ばれたチェロの水嶋悠人は実力がわからない人とアンサンブルを組むことに納得がいかず、選抜試験をすることに。急なことが続いて混乱し悩むかなでの前に、チェロを投げ捨てようとする見知らぬ少年がいて……。

ハルの幼馴染である七海宗介が室内学部へと戻る決意をし、天音学園を訪れることになったかなでたちは、室内楽部部長の冥加玲士と出会う。かなでのことを知っているような様子だが、かなでには記憶が無くその様子にとまどう。そして、同じく天音学園のピアニストでミステリアスな天宮静は、かなでに対して「君に恋をしてみることにしたよ」と告げ、かなでを横浜の街へデートに誘う。

全国学生音楽コンクールが近づいてきた。かなでたちが暮らす菩提樹寮に、仙台の至誠館高校吹奏楽部の部員たちがやってくる。強面の火積、明るく元気な水嶋、そんな彼らをまとめる部長の八木沢と出会う。星奏学院メンバーもコンクールに向けて練習に励む中、同じように横浜に来ていた神南高校管弦楽部の部長・東金と副部長・土岐に遭遇する。東金はかなでの演奏を聞いて「お前の演奏には花がないと」言って……。

いよいよ始まった全国学生音楽コンクール。サードステージで対戦することになったのは、何と至誠館高校だった。菩提樹寮で楽しい時間を過ごしてきた至誠館高校のメンバーと戦うことに、セカンドヴァイオリンに選ばれたかなでは苦悩する。一方、至誠館高校はこのコンクールにすべてをささげる覚悟でステージに立つ。負けられない戦いに、至誠館高校渾身の演奏が響き渡る。

至誠館高校渾身の演奏に圧倒されたかなでは、不安定な気持ちのままサードステージの舞台に立つ。自分たちの勝利が至誠館高校吹奏楽部の廃部に繋がるという迷いが、かなでの演奏にもあらわれてしまう。危機的状況に陥る星奏学院アンサンブルだが、律が悲壮なまでの決意の中、自らの音でメンバーを高みへと導いていく。だが、律にはかなでや響也たちに秘密にしている事があって……。

律の演奏に導かれる形でサードステージに勝利した星奏学院。しかし、無理な演奏をしたことにより、律の腕はもはやコンクールで演奏できる状態ではなくなってしまう。そんな中、律はセミファイナルのファーストヴァイオリンに響也を指名。不安に陥った響也は、激昂し菩提樹寮を飛び出してしまう。かなでも不安に駆られる中、東金に言われた「花」の意味について必死に考えることになる。

かなでと響也は不安を乗り越え、セミファイナルに挑むため練習に励む。律の厳しい指導の下、セミファイナルに向けて邁進する4人。一方、神南高校もかつての大会でのある出来事から、勝利を掴むため全力でステージに立つ。圧倒的人気を誇る神南高校管弦楽部は部長の東金を筆頭に華麗なパフォーマンスで会場全体を湧き立たせる。迎え撃つ星奏学院も負けられない戦いに挑む。

ファイナルステージで天音学園と対峙することになった星奏学院。律は1stヴァイオリンにかなでを指名する。初めてファーストを任されたかなでは自らの音に足りないものに苦悩する。そんな折、天音学園の理事長であるアレクセイが不穏な動きをし始める。かなでに接触するアレクセイにニアが激怒する。悩むかなでを神南高校の東金と土岐が菩提樹寮に滞在し、蛍狩りへと連れ出す。