榊遊矢は「エンターテインメント・デュエリスト」を目指す、中学2年生。 遊勝塾で、幼なじみの柚子たちと一緒に、毎日デュエルの練習に励んでいる。 ある日、プロデュエリストのストロング石島からエキシビジョンマッチの招待状が届く。 大歓声の中、遊矢vs石島のデュエルが始まる！得意の「アクションデュエル」で軽快に 石島の攻撃をかわす遊矢だったが、次第に追い詰められていく。 その時、遊矢のペンダントがまぶしい光を放つのだった！

石島戦で遊矢が生み出した「ペンデュラム召喚」！その凄まじさにスタジアムの観客は熱狂する。その試合の後、「遊勝塾」には入塾希望者が殺到し、遊矢は柚子とのテストマッチで再び歓声を浴びようと意気込むのだが…!?

ペンデュラム召喚をマスターするため権現坂を相手に練習を繰り返す遊矢。しかしそこに怪しい影が近づいていた。彼の名は沢渡シンゴ。最大手LDSに通う沢渡は、広いコートでペンデュラム召喚を見せてほしいと言う。柚子たちとともにLDSに向かう遊矢だったが、なんと沢渡に「時読み」「星読み」のカードを奪われてしまう…！

捕らわれた柚子たちを助けるため、沢渡とデュエルで対峙する遊矢だが、「時読み」「星読み」のカードを奪われてしまったことにショックを隠せないでいた。しかし、勢いづく沢渡は、遊矢に猛攻を仕掛け追い詰めていく。一方、父の言葉を思い出し反撃に出ようとする遊矢の手札には、沢渡が捨てたあのカードが！ここから「エンタメ・デュエル」が幕を開ける！

突然現れ、遊矢につきまとう謎の少年・素良。遊矢の「エンタメ・デュエル」にほれこみ、弟子にしてほしいと言う。素良のかわいさに柚子、そして修造までもがメロメロ！ あまりの素良のしつこさに根負けした遊矢は、デュエルで闘うことに。アクション・デュエルで力の差を見せつけようとする遊矢だったが!?

素良の本気、「融合召喚」に衝撃を受ける遊矢たち。遊矢はペンデュラム召喚で応戦するが、素良が一歩上手の戦略を繰り広げ「シザーベア」は力を増し、「オッドアイズ」を破壊するのだった…！勢いづく素良は、「オッドアイズ」の力までも自分のものにしようとする。 遊矢は「エンタメ・デュエル」を見せることができるのか…!?