西暦2014年、地球と火星の戦争から15年後。火星の皇女アセイラム姫は和平を望み、地球で親善パレードを行う。姫の無事を願う地球から来た少年スレイン。一方、地球では、高校生の伊奈帆たちは戦闘用ロボット・カタフラクトの操縦訓練を受けていた。

地球に降下した火星騎士の揚陸城は、地球を侵略するべくカタフラクトによる攻撃を開始した。反撃を開始する地球連合軍。激戦が繰り広げられる一方で、伊奈帆は不思議な少女と遭遇する。

火星騎士は作戦を完璧にするため、伊奈帆たちを執拗に追跡する。伊奈帆はそんな火星騎士の戦い方に疑問を抱く。鞠戸たちの支援を受け、反撃を開始する伊奈帆。一方で、真実を知らないスレインは、 火星騎士の援護を命令され出撃していた。

事件に疑問を抱くスレイン。しかし周りに味方はなく、誰が敵か分からない。一方、伊奈帆はセラムから秘密の願いを託される。しかし、正体を隠しているライエは、心穏やかではなかった。

火星を支配するレイレガリア皇帝は、地球での調査活動を命令する。スレインはこの機に、火星皇帝に謁見するべく奔走する。一方、伊奈帆たちの強襲艦は、地球連合本部を目指して航海していた。

ヘブンズフォールで大きな被害を受けた種子島に、かつての戦闘の痕跡は残されていなかった。そこを訪れる鞠戸に、激戦の記憶が 蘇る。しかし容赦なく迫り来る女火星騎士のカタフラクト。一方、 無断で行動をとったスレインは一人で暴走する。

火星騎士のカタフラクトに苦戦する伊奈帆たち。そこに謎の戦闘機が現れて参戦する。一方、ダルザナ達は、ダメージを受けた強襲艦をドックに隠すが、そこで謎の戦闘メカを発見する。

何かを知っているはずだと尋問を受けるスレイン。事実を語らず隠し通すスレインは、かつてのアセイラム姫との日々を思い返す。 一方、ザーツバルム伯爵には、何やら思惑があった。

戦闘シミュレーターでカタフラクトの操縦訓練を受ける韻子たち。その中でライエは、火星騎士への怒り、憎しみ、恐れ、そして自分 の境遇を思い返す。同じくシミュレーターで過去の戦闘を再現する耶賀頼と鞠戸。種子島での真実が明かされる。

伊奈帆に今までのお礼を言って別れるセラム。その一方で、スレインもザーツバルム伯爵の真意を知る。ダルザナ艦長に、鞠戸のカルテを渡す耶賀頼。それぞれの想いがそれぞれに動き始める。

襲撃を開始するザーツバルム伯爵。極寒の地で迎え撃つ連合軍。伊奈帆たちは、反撃するべく作戦を講ずる。激戦の中、一人奔走するスレインはデューカリオンにたどり着く。

作戦を決行する伊奈帆たちは、ザーツバルム伯爵のカタフラクトと遭遇する。アセイラム姫の影を追っていたスレインは、思わぬ事態に出くわす。雪原に繰り広げられる激戦は、熾烈を極めて――