今日も正義のために悪のモンスターと戦うエリートスシニンジャたち。巨大なモンスターを必殺技でカッコよくやっつける姿はイカしている。 しかし、それは人気ヒーローTV番組の中での出来事だった…。 現実世界のテレビの前では、だらしなくカウチポテトをするボンクラ３人組がいる。プライドが高く喧嘩っ早い“イクラ”。 おっとりしているけど食いしん坊の“タマゴ”。 クールでナルシストな“赤身（マグロ）”。 三人は、いつかスシニンジャみたいになりたいと憧れているが、いつものようにつまらないことでケンカを始めてしまい、次第にお互いの容姿を罵り合うくらいにケンカはエスカレートしてしまい……!?

イクラ・タマゴ・マグロの3人は、今日もスシニンジャになる夢を見つつ、ボインボインのかわいこちゃんを眺め妄想を膨らませている。そんな中、何かから逃げるように走って来る女の子がひとり。走り疲れてへたり込んで見上げた先には……“たまたま”カッコよく見えた3人のシルエット！女の子は3人を伝説のスシニンジャの最後の生き残りと勘違いしてしまう。 なんと彼女は、ナチョス軍団から追われているスシニンジャ帝国のお姫様であった。そのあまりの可憐さに、鼻息を荒くする3人。我こそはと競って姫に駆け寄り、そして迫り来るナチョス軍団に立ち向かい攻撃をしかけるのだった。果たして3人は、ナチョス軍団を倒すことができるのか？

可憐なスシニンジャ帝国のお姫様（プリンセス）を迫り来るナチョス軍団から守ろうとしたイクラ・タマゴ・マグロの3人。 しかし「ハラペーニョ爆弾」や「タバスコ銃」などの攻撃を受け、降参してしまった。しまいには内輪もめでケンカまで始まってしまうが、プリンセスの「スシニンジャはみんなで協力するのよ！」の一言で3人は力を合わせて戦うことを決意する。 マグロ自慢のマグロヘアー、イクラの破壊的なパンチ、タマゴの驚異的食欲により形勢は一気に逆転したかに思えたが、地上戦では不利だと悟ったナチョス軍団は空に逃げてしまう。 この戦い、どうなる？　3人はプリンセスを守りきれるのか？