R.C.（リギルド・センチュリー）1014年。地球上の全エネルギーをまかなうフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワーは人々の信仰を集め、スコード教の聖地となっていた。 　主人公ベルリ・ゼナムは、タワーを守護するキャピタル・ガードの候補生だ。初めての宇宙実習のため同期生のルイン達とクラウン（タワーを運行する車輌）に乗り込む。 　ベルリ達の応援に駆けつけたノレドとマニィ達は、叱りつけるデレンセン教官から逃げてクラウンの運転室に逃げ込むが、そこにはキャピタル・アーミィの監視を受ける記憶を失った少女、ラライヤがいた。 　一方、ベルリ達が実習を開始した直後、突如、現れた謎のモビルスーツがクラウンを襲撃。噂の宇宙海賊の出現に、レクテンで立ち向かったベルリは機転を利かせて、モビルスーツとパイロットの捕獲に成功する。 　そのモビルスーツこそ、一週間前にラライヤが乗ってきたモビルスーツだった。 　捕虜となった宇宙海賊の少女はアイーダと名乗り、モビルスーツのハッチを閉じてしまう。しかし、ベルリは難なくハッチを開いて、起動に成功するのだった。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：吉田健一、居村健治 総作画監督：吉田健一 作画監督：[キャラ] 倉島亜由美　[メカ] 橋本誠一、桑名郁朗、仲　盛文、城前龍治

　異国の来賓がキャピタル・テリトリィを訪問。法皇も出席する歓迎の宴の夜、警備に駆り出されるベルリとルイン。 　一方、海賊部隊のカーヒル大尉は、捕虜となったアイーダを奪還すべくグリモア部隊で出撃、キャピタル・テリトリィを襲撃してきた。 　攻撃が囚人の塔に及んだのを見たベルリは、囚われの身のアイーダを案じて、その塔へ向かう。同行するルインとノレド達。 　アイーダの無事を確認できたベルリだが、教官ケルベスから先日のモビルスーツの移動を命じられ、保管している港のハンガーに向かうことに。 　だが、移動途中のアイーダを、カーヒルが発見して追跡する。 　ハンガーに到着したベルリは、アイーダがG-セルフと呼ぶモビルスーツの起動に成功するが、アイーダも乗り込んでしまった。 　そこへ、G-セルフを敵とみなしたカーヒルが猛攻を加えてくる。ハッチにいたアイーダを守るため、ベルリはグリモアのコックピットをビーム・ライフルで灼いてしまう。カーヒルの死を嘆くアイーダはベルリを責めて泣き続ける。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：森　邦宏 作画監督：[キャラ] 柴田　淳　[メカ] 桝田浩史

　キャピタル・ガードの調査部のクンパ大佐の聴取に出頭したベルリは、調査部に身柄を移送されていたアイーダと再会。クンパはアイーダ所属の宇宙海賊がアメリア軍公認の独立部隊だという情報も握っていた。 　調査部に収容されていたラライヤは、ベルリ達のいたクンパの執務室へ現れ、ベルリと同行していたノレドと会って混乱状態から落ち着くのだった。 　そんな中、突如ミノフスキー粒子が散布され、通信が途絶する。アメリア大統領の息子クリムがアイーダ救出作戦を開始したのだ。 　クンパからG-セルフに向かうよう命じられたベルリは、調査部に保管されていた機体へ向かう。ノレドとラライヤとアイーダもついて行く。 　モンテーロを駆るクリムは、キャピタル・アーミィのモビルスーツを次々撃破していくが、デレンセン大尉のカットシーには苦戦。 　一方、G-セルフを勝手に起動させたアイーダは、クリムに戦闘中止を促すと、コックピットにベリルとノレドとラライヤを乗せたまま、海賊部隊の母艦メガファウナへの帰還の途についてしまうのだった。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：綿田慎也 作画監督：[キャラ] 菱沼義仁　[メカ] 戸部敦夫

　アイーダが操縦するＧ-セルフは、ベルリとノレドとラライヤを乗せてメガファウナに帰還した。 　一方、キャピタル・アーミィはジュガンとベッカーの指揮の下、宇宙海賊の居所発見とベルリ達人質の救出作戦という名目で法皇の許可を取り、カットシーとダベーで構成されたデレンセン部隊を出撃させた。 　アメリア大統領の息子クリムにノレドとラライヤを人質に取られ、Ｇ-セルフの操縦をさせられていたベルリは、キャピタル・アーミィの攻撃を止めようとする。そのＧ-セルフの動きに油断したデレンセンをクリムのモンテーロが攻撃するが、デレンセンはクリムを圧倒する。 　さらにデレンセンはカットシー3機同時攻撃でＧ-セルフを追い込むが、コックピット内のベルリが持っていたＧメタルが輝くと、Ｇ-セルフのフォトン装甲が輝いてカットシー隊の武装を無力化し、退却させることに成功する。 　メガファウナに帰還したベルリは、アイーダがアメリア軍総監グシオンの娘であることを知る。 そして、アイーダもベルリが持っていたものと同じＧメタルを持っていた。それはまだカーヒルが生きている頃、彼女が密かにＧ-セルフのコックピットで見つけたものだった。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：吉沢俊一 作画監督：[キャラ] 可児里未　[メカ] 高瀬健一

　技術を発展させてはいけないというタブーを破ったキャピタル・アーミィは、新型ＭＳエルフ・ブルックを開発。その新型を与えられた仮面の男マスクは、ベルリ達救出を口実に、海賊討伐に出撃する。 　カリブ海のビクエスト島に潜んでいたメガファウナは、腕利きの女性パイロット、ミック・ジャックの補給を受ける。ヘカテーの運用試験を兼ねた補給任務を無事遂行したミックは、クリムとも旧知の仲だ。 そんななか、アメリア軍の宇宙艦隊の弾道飛行が早まり、補給は中止になる。宇宙艦隊からキャピタルの目をそらす囮任務を命じられたメガファウナは、島近くの海上から離水、宇宙へ進路を取って浮上する。 そのメガファウナをマスク部隊が急襲した。 メガファウナを守るため出撃しようとするベルリだが、Ｇ-セルフから取り外されていたコア・ファイターで誤って発進してしまう。マスク機に翻弄されたクリムの窮地を水の玉を使って救ったベルリは、Ｇ-セルフにドッキングして、マスクの撃退に成功する。 　メガファウナ艦長ドニエルは、艦を守ったベルリに礼を述べる義務があるとアイーダを諭す。だが、ベルリに礼を言ったあとで、アイーダはカーヒルの仇に頭を下げたと悔し泣きするのだった。 　そして、メガファウナは弾道飛行に移行して、宇宙へ上がる。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：越田知明 作画監督：[キャラ] 田頭真理恵　[メカ] 小松英司

地球周回軌道に上がったメガファウナに対し、キャピタル・アーミィはベルリ達救出を口実にしたＧ-セルフ奪還作戦を立案。デレンセンの駆るエルフ・ブルと、ダベーとカットシーで編成されたジロンド隊による挟撃が開始された。デレンセンは、教え子ベルリ達の救出を優先する構えだ。 　ノレドとラライヤはキャピタル・アーミィ迎撃に出撃するフライスコップに潜り込む。隙を見て脱走できるようにベルリが指示したのだ。 　リフレクターパックに換装したＧ-セルフで出撃したベルリは、キャピタル・ガード候補生としての自覚の下、周回軌道にいるアメリア軍の宇宙艦隊を偵察、撮影に成功する。だが、その直後、ミノフスキー粒子が散布され、空域は戦場と化した。 　メガファウナを攻撃したジロンド隊。カットシーを戦線に投入して、限界高度のダベーは戦場から離脱する。 　一方、強襲するデレンセンのエルフ・ブルに対し、ゼロ距離でビーム・ライフルを撃ち、倒すベルリだが、その強敵が恩師のデレンセンだったと気づき、衝撃を受ける。 　だが、感傷のいとまはない。自由落下してしまったクリムのモンテーロに気づくと、救出に向かい、メガファウナへの帰還を果たす。 　しかし、撃破した相手がデレンセンだった事実はベルリの心に重くのしかかる。信じたくないベルリにノレドは黙って寄り添うのだった。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：京田知己、斧谷　稔 演出：亀井　治 作画監督：[キャラ] 杉本幸子　[メカ] 中谷誠一

　洋上に浮かぶガランデンに配属されたマスクは、クンタラ出身の部下達に自分もクンタラであると明かし、打倒宇宙海賊の目的意識で一気に結束を図る。 　キャピタル・アーミィのジュガン司令は、キャピタル・タワーの第一ナットの前進基地化を進めていた。運行長官の自分に無断で行うジュガンに憤るウィルミットだが、隙を見て第一ナットにあった年代物の大気圏グライダーを使うと単独での地球降下を試みる。息子のベルリを探すつもりなのだ。 　一方、メガファウナには、アメリア本国から「艦隊の衛星軌道へ上げるスケジュールが繰り上がった」と連絡が入る。すぐさま陽動作戦を開始する海賊部隊。 　Ｇ-セルフを動かせる３人のうちの一人、ラライヤに興味を持ったクリムは言葉巧みにそそのかすと、ラライヤにＧ-セルフを操縦させて、発進させてしまう。 　そんななか、エルフ・ブルック部隊を率いたマスクが強襲してきた。 　Ｇ-セルフを捕獲しようとするマスクは、クリムのモンテーロを圧倒。海面に落ちたＧ-セルフにラライヤはパニックを起こす。 　Ｇ-セルフを持ち去られてジャハナムで出撃したベルリは、ラライヤを救助するとＧ-セルフに乗り換え、アイーダのＧ-アルケインと連携して迎撃にあたる。 　だが、エルフ・ブルックを駆るマスクに劣勢に追い込まれる。 　そこへ到着したアメリア軍の援軍アーマーザガンは、強力な火力を展開してマスク部隊を追い払っていく。 脚本：富野由悠季 絵コンテ：斧谷　稔 演出：久藤　瞬 作画監督：[キャラ] 豊田暁子　[メカ] 阿部邦博