ヴェネツィア上空に突如として現れた、巨大ネウロイの巣に対し、 1945年7月、連合軍はその総力を上げてオペレーション・マルスを実施。 第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」の赫奕たる活躍により、 巨大ネウロイの巣は消滅、ヴェネツィアは解放された。 その後、同部隊は解散、ウィッチたちは世界各地へと帰還したのだった。 それから半月後―― ウィッチたちは今も世界の空を駆けている それぞれの大切なモノを守るために――