落ちこぼれクラス「エンドのE組」に担任として赴任したのは、月を爆破し、来年の３月には地球をも爆発するという超生物“殺せんせー”だった！政府はE組に殺せんせーの暗殺を成功報酬100億円で委ねるのだった。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：岸誠二　演出：向井雅浩　作画監督：山形孝二/アミサキリョウコ　美術監督：宮越歩/下山和人

３年E組の生徒である杉野は、特技の野球で殺せんせーに暗殺を仕掛けるも失敗し自信をなくしてしまう。そんな彼を心配する渚。殺せんせーは落ち込む杉野にあるアドバイスをするのだった。 脚本：上江洲誠 絵コンテ：小林孝志 演出：小林孝志 作画監督：山田勝/樋口博美 美術監督：宮越歩/下山和人

停学中だった赤羽カルマが、3年E組に復帰した。初日から今まで誰もダメージを与えられなかった殺せんせーの触手を破壊するカルマ。彼ならば殺せんせー暗殺を成功させることができるのか！？。 脚本：上江洲誠 絵コンテ：峯沢拓也 演出：大橋明代 作画監督：黒澤桂子/幸野浩二 美術監督：宮越歩/下山和人

３年Ｅ組に新たな先生がやってきた。名をイリーナ・イェラビッチ。彼女も政府から派遣された新たな殺し屋だった。着任早々得意のハニートラップをしかけるイリーナ。殺せんせーに色仕掛けは通用するのか！？ 脚本：上江洲誠　絵コンテ：鎌田祐輔　演出：鎌田祐輔　作画監督：アミサキリョウコ/幸野浩二　美術監督：宮越歩/下山和人

3年E組の奥田は殺せんせーに毒薬を飲ませ暗殺をしようとするが失敗する。殺せんせーは奥田に自分を殺せる薬の作り方を教え暗殺に手を貸すのだが。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：岩畑剛一　演出：野亦則行　作画監督：黒澤桂子/山形孝二/イングレッサ　美術監督：宮越歩/下山和人

3年になって最初の中間テスト。E組の生徒達は暗殺さえ成功すればいいとテストに力をいれようとしない。そんな生徒達を見た殺せんせーは生徒達にある条件をだす。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：小林孝志　演出：小林孝志　作画監督：廣瀬智仁/星野真澄/幸野浩二　美術監督：宮越歩/下山和人

待ちに待った修学旅行。E組の生徒達は旅行中に殺せんせーの暗殺も計画していた。だが暗殺場所の下見の途中茅野、神崎が他校の高校生に拉致されてしまう。無事二人を救出できるのか！？ 脚本：上江洲誠　絵コンテ：小林孝志　演出：小林孝志　作画監督：山形孝二/黒澤桂子/樋口博美/藤田亜那乃/大沢美奈/中野彰子 美術監督：宮越歩/下山和人

修学旅行も終わりに近づきプロのスナイパー手を借り殺せんせーの暗殺に臨む生徒達。修学旅行中に殺せんせーの暗殺に成功することはできるのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：小林孝志　演出：鎌田祐輔　作画監督：滝川和男/黒澤桂子/松本剛彦/市川美帆/樋上彩 美術監督：宮越歩/下山和人

3年E組に転校生がやってくることに。しかし教室でE組の生徒達を待っていたのは人間ではなく「自律思考固定砲台」だった。転校生は殺せんせーを暗殺することができるのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：齋藤徳明　演出：木野目優　作画監督：アミサキリョウコ/樋口博美　美術監督：宮越歩/下山和人

すっかりE組になじんできたイリーナのもとに師匠であるロヴロが現れた。彼はイリーナにE組を去るように告げる。イリーナはこのままE組を去るしかないのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：よしもときんじ　演出：いとがしんたろー　作画監督：アミサキリョウコ/樋口博美　美術監督：宮越歩/下山和人

E組に2人目の転校生イトナがやってきた彼は殺せんせーと同じ“ある特殊な能力”を持った暗殺者だった。殺せんせーを追い詰めるイトナ。ついに暗殺成功になるのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：岩畑剛一　演出：木野目優　作画監督：山田勝/樋口博美　美術監督：宮越歩/下山和人

球技大会で野球部に勝つために特訓するＥ組の生徒達。その甲斐もあり試合は善戦。しかし教育理念に背く試合をする野球部に理事長が動き出す。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：松本剛彦　演出：いとがしんたろー　作画監督：樋口博美/幸野浩二　美術監督：宮越歩/下山和人

新たな教官、鷹岡がやってきた。父親のように接してくる鷹岡にE組生徒達ともすぐに打ち解ける。しかし、過酷さを増す練習に根を上げてしまう生徒たちに鷹岡が本性を現す。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：齋藤徳明　演出：福岡大生　作画監督：アミサキリョウコ/中野彰子　美術監督：宮越歩/下山和人

夏の暑い日、殺せんせーが森に自然のプールを作る。そんな中クラスから取り残されていく寺坂。シロに唆された寺坂は、殺せんせーの暗殺にクラスの皆を巻き込んでしまう。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：釘宮洋　演出：大橋明代　作画監督：幸野浩二/樋口博美/鎌田祐輔　美術監督：宮越歩/下山和人

期末テストに向けて勉強するＥ組に、浅野学秀率いる五英傑が立ちはだかる。より多く１位を取った方が何でも命令出来るという条件も加わり、様々な思いが交錯する中、運命の日がやってくる。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：齋藤徳明　演出：伊藤ふみお　作画監督：武本大介/桑原直子　美術監督：宮越歩/下山和人

いよいよ期末テスト当日、激しいバトルを繰り広げるＡ組とＥ組。努力の結果はテストの点数となり明白に、そして残酷に生徒達に突きつけられる。はたして勝負の行方は… 脚本：上江洲誠　絵コンテ：小林孝志　演出：小林孝志　作画監督：藤田亜耶乃/大沢美奈/アミサキリョウコ　美術監督：宮越歩/下山和人

夏だ！虫だ！エロ本だ！南の島への資金集めに昆虫採集をするＥ組。そこに岡島の仕掛けた罠に誘われる殺せんせー。エロは世界を救うのか！？ 脚本：上江洲誠　絵コンテ：釘宮洋　演出：いとがしんたろー　作画監督：原田峰文/アミサキリョウコ　美術監督：宮越歩/下山和人

全ての条件は整った。入念に練られた作戦で、最大級の暗殺計画が殺せんせーを襲う。殺せんせーの運命やいかに！！ 脚本：上江洲誠　絵コンテ：仁昌寺義人/福岡大生　演出：福岡大生　作画監督：西田美弥子　美術監督：宮越歩/下山和人

殺せんせー暗殺計画の直後、突如現れた新たな敵。人質に取られたクラスメイトを救うため、残されたメンバーは出撃する。２４時間以内に治療薬は奪取出来るのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：鎌田祐輔　演出：鎌田祐輔　作画監督：武本大介　美術監督：宮越歩/下山和人

ホテルに潜入したＥ組生徒達。クセのある刺客達が次々と立ちはだかる。はたして無事、最上階まで辿り着けるのか。 脚本：上江洲誠　絵コンテ：政木伸一　演出：大橋明代　作画監督：大沢美奈/吉本拓二　美術監督：宮越歩/下山和人