時はバトスピ戦国時代。 バトスピはスピリットの３Ｄバトル化を実現。各地にＳ級と呼ばれる強豪バトラーが群雄割拠。バトラー達が目指すのは天下布武！バトスピのてっぺんだ！ 主人公の烈火幸村は、関東一バトスピが盛んな都市ムサシに連れの黒田環奈とやって来た。 街の少年、暁佐助は有名なカードバトラーの炎利家に勝って名を上げようとする。しかし、佐助の前に炎組の赤井長頼が立ち塞がる。長頼とバトルをする佐助だが、ライフを失いたくないあまりアタックを次々とブロック。さらに後先考えず手札を使い切ってしまい、素人同然の戦いぶりで惨敗する。 佐助のデッキを戦利品の如く奪おうとする長頼に怒った幸村は、長頼にバトルを挑む。 専用バトルマシンを呼び出す幸村。幸村はＳ級バトラーなのだ。 幸村はソウルコアを使ったバトルで長頼に圧勝。炎組の面々はいきり立つが、炎利家がそれを制する。そして利家は幸村にバトルを挑むのだった。

幸村にバトルを挑んだ利家は、専用バトルマシンを呼び出す。利家もＳ級バトラーだったのだ。さらに利家は幸村と同じ赤属性の使い手。ソウルコアを使いこなしてバトルする二人は、すぐに相手の強さを認めてバトルを楽しみ出す。 利家はキースピリットの「センゴク・タイガー」を召喚し、幸村のライフを攻める。 対する幸村も「センゴク・グレンドラゴン」を召喚、利家のライフを削って残り2に追い込んだ。 だが、利家は「センゴク・タイガー」で幸村の「センゴク・グレンドラゴン」を破壊し、さらにソウルコアの力で「センゴク・タイガー」を回復、再アタックして幸村のライフを残り１に追いつめた。 勝負のターンで幸村は「サムライ・ドラゴン」を召喚する。｢サムライ・ドラゴン｣の【覚醒】とソウルコアの連動で、幸村は利家に勝利する。 関東一の赤属性の使い手、利家が敗れた報は全国を駆け抜け、各地のＳ級バトラーが色めき立つ。

利家に勝ってなお、強くなりたい、天下を目指すという幸村に感動した佐助は、弟子にしてくれと追いまわす。断り逃げる幸村たちだが、あてにしていた友人が引っ越ししていて困ってしまう。そこに佐助が現れ、空きビルへ案内してくれる。幸村はそのお礼として佐助とバトルをする。 翌日、一度も勝てなかった佐助は幸村に再戦を申し込む。 一方、利家の敗北を知った二人のＳ級バトラーがムサシに現れる。 青属性の使い手の群青早雲と、緑属性の使い手の宝緑院兼続だ。二人の目的は利家を倒した勝者、幸村とのバトルだ！ 佐助は幸村と戦いたければ自分を倒せと割って入り、早雲とバトルすることになる。ソウルコアを活かしたバトルをする佐助。だが、早雲は青属性が得意とするデッキ破壊で攻める。早雲はキースピリット「蒼海明王」でデッキアウト、勝利する。 次はお前だ、と早雲は幸村に迫るが、そこに炎組がやってくる。早雲は利家の顔を立て潔く退くのだが……。

スタジアムから追い出された幸村と早雲だが、Ｓ級バトラー同士にはスタジアムは不要だ。専用マシンがあれば、バトルフィールドも出現するからだ。その二人のバトルを、高見から兼続と利家が見物する。 早雲のデッキ破壊に対して、幸村はデッキアウトする前にライフを削りきる赤属性らしい攻めに徹した作戦で対抗する。 しかし、早雲のデッキ破壊を止められない。幸村は「サムライ・ドラゴン」を召喚して形勢逆転を計る。早雲はそれに対してキースピリット「蒼海明王」を召喚、さらにデッキを破壊して幸村の「センゴク・グレンドラゴン」をトラッシュに送る。 残りは５枚、幸村はそこから「戦国龍ソウル・ドラゴン」をドロー！ソウルコアの力で【連刃】を発揮させる。早雲のスピリット２体をバトルで破壊、さらにバトルに勝利した数だけライフを削る荒技で大逆転の勝利を決めた。

利家と早雲、二人のS級バトラーを倒した幸村に西ムサシ一の実力者、宝緑院兼続から果たし状が届いた。 翌日、幸村は指定された場取ヶ原に向かい、兼続とバトルを開始する。兼続は緑属性の得意戦法コアブーストとネクサス「吹き荒ぶ旋風」を使って、戦局を有利に運ぶ。そしてバトルの最中、バトスピの天下を目指す理由を幸村に問う。兼続は“愛”のために戦っている事を明かし、愛なき力で戦う幸村を認めないと告げる。 バトスピにかける思いなら誰にも負けない幸村は「戦国龍ソウル・ドラゴン」を召喚して、反撃する。 しかし兼続は２体の「蜂王フォン・ニード」を召喚し、幸村のライフを残り１個に追いつめる。絶体絶命のピンチを迎える幸村だが「サムライ・ドラゴン」の【覚醒】を使い、耐え凌ぐ。危機を切り抜けた幸村は「戦国龍ソウル・ドラゴン」の【連刃】を発揮、兼続の残りライフを削りきって、勝利を収める。

利家、早雲、そして兼続。Ｓ級バトラー３人に連勝した幸村の噂はムサシ中に広がった。 その幸村にも、かつて兄と慕ったＳ級バトラーがいた。幸村のキースピリット「戦国龍ソウル・ドラゴン」はその男から託されたものだという。その後、幸村は勝利を続けてＳ級バトラーになったが、その男は姿を消してしまっていた。喪失感を覚え、バトルから遠ざかっていた幸村だったが、バトスピ戦国時代の到来に闘志を燃やし、再びその男に会うために天下を取ると決意したという。 その話にがぜん盛り上がる佐助に幸村は「センゴク・グレンドラゴン」を貸す。そして、郊外にあるカミヤスタジアムでバトルの特訓をする。 その頃、利家も炎組バトラー相手にバトルの錬磨を続けていた。だが、真白藤吉郎率いる猿面軍団がムサシを荒らしにやってくる。 一方、カミヤスタジアムでは佐助が「センゴク・グレンドラゴン」を使って幸村相手に善戦を展開する。その上達ぶりに喜んだ幸村は、佐助に「センゴク・グレンドラゴン」を託す。そこに藤吉郎たち猿面軍団と、炎組が乱入してきた！

利家と藤吉郎は、カミヤスタジアムを賭けてバトルを開始。 Ｓ級バトラーで白属性の使う藤吉郎は【超装甲・赤】で利家の赤属性の効果を無効化してしまう。しかし利家はひるまず、藤吉郎のライフを削っていく。 藤吉郎はその利家の苛烈な攻めにライフ残り2個まで追い詰められてしまう。 藤吉郎、大ピンチ！？しかしそれは猿芝居、藤吉郎の作戦だった。 「機巧武者シラヌイ」を召喚する藤吉郎。「機巧武者シラヌイ」はソウルコアがあれば疲労状態でもブロック可能という鉄壁のスピリット。防御を固めた藤吉郎はここぞと攻めて、利家をライフ残り１個まで追い込む。 調子に乗った藤吉郎に赤属性を馬鹿にされた利家は激怒し、ブレイヴ「刀将鎧アシュ・ライオン」を召喚、「センゴク・タイガー」にブレイヴさせる。ブレイヴスピリットのＢＰで「シラヌイ」を圧倒し、残りのライフを一気に削って利家は藤吉郎に勝利する。 負けた藤吉郎は配下と共に退散するのだった。

利家のブレイヴを目の当たりにした幸村はどうすれば勝てるか悩んでいた。そこに百人斬りのＡ級バトラー、山村村重から挑戦が届く。悩んでいても仕方がない、と幸村は呼び出されたスタジアムに向かうが、村重は琵琶を弾く謎の少年に倒されてしまっていた。 幸村は少年にバトルを挑む。少年の名は百黄半蔵、環奈も全く情報を持っていない謎のＳ級バトラーだった。 黄属性を使う半蔵はスピリットが破壊されると大泣きして、スピリットを召喚するとすぐ泣き止む。その奇妙なペースに幸村は調子を狂わされてしまう。 しかし半蔵の実力は確かなもの。黄属性のマジックを使いこなす半蔵を幸村は思うように攻められない。 だが幸村はフラッシュタイミングで【覚醒】を使って、反撃。半蔵のペースを崩した幸村は「戦国龍ソウル・ドラゴン」の【連刃】で更に攻め、赤属性のパワーで押し切って勝利する。 幸村は利家のブレイヴに対しても、自分らしく戦えば良いのだと気付くのだった。

幸村は、ブレイヴ使いの利家に勝つため、佐助を相手に特訓を続けていた。 同じ頃、幸村に負けた悔しさに苛立つ兼続の前に、Ｓ級バトラーで紫属性の使い手の紫鬼神蘭丸が現れる。そして、いきなり兼続にバトルを挑む。バトルを受けて立つ兼続だったが、紫属性の効果【不死】を使いこなす蘭丸に翻弄されてしまう。 兼続はそんな状況を打破するべく「蜂王フォン・ニード」で蘭丸を攻める。しかし、蘭丸はそれを「妖術師ムメイ」でいなしてしまう。状況は一転、兼続は追い込まれてしまう。 しかし、返しのターンで蘭丸は何故か何もしない。兼続は続くターンで再びアタックをしかけ、勝利を収めた。 バトルの結果に納得いかない兼続に蘭丸は、利家が幸村に再戦を申し込んだことを教える。さらに利家と幸村が「まだソウルコアの本当の力を使いこなせているとはいえない」という謎の言葉と１枚のカードを残し、去っていくのだった。

赤属性の最強バトラーを決する、幸村VS利家の再戦が決まった。だが、幸村はいまだに利家のブレイヴに対する攻略法が見いだせずにいた。 バトルを聞きつけた早雲と兼続も、幸村との再戦に名乗りを上げるが、利家は譲らない。 引き下がるわけにはいかない兼続は幸村と利家、その勝者と戦う約束を取りつける。しかし、引き下がれないのは早雲も同じだ。早雲は兼続にバトルを挑み、その勝者が幸村VS利家戦の勝者と戦うことになった。こうして、ムサシの最強バトラーを決める戦いが行われる事が決まった。 その状況を謎の男に報告する藤吉郎。男のそばには蘭丸の姿もある。 一方、幸村は利家のブレイヴに対抗する策を特訓で見いだそうとしていた。「戦国龍ソウルドラゴン」での戦いにこだわる幸村。 環奈は、そのカードを幸村にくれた信兄の言葉をヒントに、利家のブレイヴに対抗できるカードを見つけ出した。

ムサシ最強バトラーを決するバトルの第一戦、幸村VS利家戦がついに始まった。 利家の手の内を知る幸村は序盤から慎重にバトルを進めていく。しかし、先に動いたのは利家だった。利家は「センゴク・タイガー」を召喚し、幸村を苛烈に攻め立てる。防戦を余儀なくされる幸村はなんとか意中のカードをドローする。そして「戦国龍ソウルドラゴン」を召喚し、そのカードをバーストセット、利家への反撃を開始する。 対する利家も「刀将鎧アシュ・ライオン」を召喚して、「センゴク・タイガー」にブレイヴ。ブレイヴスピリットのアタック時効果で、「戦国龍ソウルドラゴン」を破壊する。 だが、その破壊によってバースト、「武将転生」が発動、幸村は破壊された「戦国龍ソウルドラゴン」を再召喚して、利家のブレイヴスピリットを返り討ちにする。 返しのターン、幸村は「戦国龍ソウルドラゴン」の【連刃】で利家の残りライフを削り、大逆転勝利するのだった。

ムサシの最強バトラーを決する第一戦は幸村が勝利を収めた。 そして続く第二戦、兼続VS早雲の戦いが始まった。 兼続と早雲はかつて同じチームだった。しかし、早雲は兼続のコアブーストを超える戦術を探すため、袂を分かったという。 早雲は序盤から「蒼海明王」を召喚して、得意のデッキ破壊を敢行する。 だが、勝負を分けるのは、コアブーストでもデッキ破壊でもなかった。 デッキ破壊を受ける兼続はリザーブのソウルコアを使い、緑属性の効果【ソウル神速】を発揮。「烈風忍者キリカゲ」を召喚する。さらにマジック「風遁之術」で「烈風忍者キリカゲ」のBPを上げ、「蒼海明王」を撃破する。そのままの勢いで早雲に勝利する。 兼続はバトスピ愛を掲げ、大きな理想を見据えて戦いの場に臨んでいた。目先の勝敗にこだわる早雲が勝てるものか、と兼続は言う。 幸村と兼続、ムサシの最強バトラーをかけて戦う二人がここに決まった。

ムサシ最強決定戦は、幸村ＶＳ兼続となる。兼続に敗れた早雲は戦いを最後まで見届けようとスタジアムに残り、藤吉郎と主の能面の男はＩＢＳＡ支部のモニターで、蘭丸はひそかにスタジアムに潜入して、二人のバトルを観戦する。 幸村は序盤から果敢に攻めていくが、兼続もコアブーストと【ソウル神速】で対抗する。さらに兼続は幸村のコアを極力増やさないようにバトルを進め、コストの高いスピリットを召喚できないようにする。 そんな中、幸村は「戦国龍ソウルドラゴン」を召喚して、バーストをセット。【連刃】で「烈風忍者キリカゲ」と相討ち覚悟の作戦に出る。しかし、兼続は幸村の「武将転生」を読みきり、その作戦に乗らず、ライフを失う選択を取った。 残りライフ一個まで追い込まれる兼続だったが、ソウルコアの使用で無条件に発動できるバースト、ソウルバーストで「忍将軍クロハガネ」を召喚。その想定外の一手に幸村は敗北してしまう。

ムサシ最強バトラーとなった兼続は、ムサシの統一に乗り出す。宝緑院組は、スタジアムから炎組を追い出し、街の少年達に開放する。 ソウルバースト「忍将軍クロハガネ」を兼続に渡した蘭丸は藤吉郎とともに、さらなる協力を申し出る。手始めに、早雲に群青組のスタジアムを明け渡せと迫った。拒む早雲に藤吉郎はバトスピでの勝負を挑む。 同じ頃、幸村はソウルバーストを知らなかった自分への怒りと同じ赤属性の利家の期待を裏切ったことに傷つき落ち込んでいた。 藤吉郎は「機巧武者シラヌイ」と「鉄砲機兵タネガシマ」を駆使し、早雲の青属性のデッキ破壊を封じ込めて勝利。早雲たちをスタジアムから追い出してしまう。 一方、ムサシの外れで幸村と再会した利家は厳しい態度で幸村の再起を促す。そこへソウルバーストを発動可能なスピリット「剣武龍ムラマサ・ドラゴン」を見つけたと環奈達が来る。 そんな中、ムサシの空港に一人の少女が降り立った。

幸村達は「剣武龍ムラマサ・ドラゴン」で発動させるソウルバーストを探していた。そこに、その赤属性のソウルバーストのカードを持つ少女が現れる。 彼女の名はお市。全国のバトスピを統括する組織、ＩＢＳＡの最年少幹部だ。 お市は、ソウルバーストと「剣武龍ムラマサ・ドラゴン」を賭けてお付きの勝家とのバトスピ勝負を幸村に持ちかける。 勝負に応じる幸村だが、混色デッキを使う勝家の優勢でバトルは進んでいく。 「紫電の霊剣ライトニング・シオン」を召喚した勝家は「白蛇帝アルデウス・ヴァイパー」にブレイヴ。トリプルシンボルのアタックで幸村のライフ３個を一気に削る。 だが、幸村は「武将転生」で勝家の攻撃を耐え抜いて、「戦国龍ソウルドラゴン」を召喚する。そして【連刃】で一気に勝家のライフを削りきって、勝利する。 バトルに勝った幸村は念願のソウルバーストを手に入れる。そして、兼続への再戦に向けて動き出すのだった。

幸村はソウルバーストを組み込んだ新たなデッキを完成させる。そして西ムサシに乗り込み、兼続に再戦を申し込んだ。しかし、兼続の弟子達に門前払いされてしまう。幸村は、それでも兼続が来るのを信じて、西ムサシを後にする。 そして再戦の日。スタジアムで待つ幸村の前に兼続は現れた。実は兼続も再戦を望んでいたのだ。 幸村は「戦国龍ソウルドラゴン」を犠牲にして、「烈風忍者キリカゲ」の【ソウル神速】を誘い出す捨て身の戦法でバトルを進めていく。対する兼続はソウルバースト「忍将軍クロハガネ」で対抗し、幸村のライフを一気に削っていく。 残りライフ二個まで追い込まれる幸村だが、「剣武龍ムラマサ・ドラゴン」を召喚して、バーストをセット。逆転の状況を作り出して、ソウルバースト「炎龍刀オニマル」を発動！「剣武龍ムラマサ・ドラゴン」にブレイヴさせ、ダブルシンボルのアタックで兼続のライフを削り切って、勝利する。

蘭丸は兼続に対して、幸村に敗北した責任を問う形でバトルを挑む。 その頃、兼続に勝利したことを佐助たちと祝っていた幸村は、ふと信兄のことを思い出す。かつて「最強のバトラーになったら？」と尋ねた時、信兄は「その先に行く」と答えたが、あの時、何を考えていたのだろうと。 一方、蘭丸は【不死】の効果で兼続に思うようなバトルさせず、追い込んでいく。追い込まれた兼続は【ソウル神速】で「烈風忍者キリカゲ」を、さらにソウルバースト「忍将軍クロハガネ」を召喚、蘭丸の隙をついて反撃に出る。しかし、その隙は蘭丸が仕掛けた罠だった。 蘭丸は「妖術師ムメイ」で「烈風忍者キリカゲ」を破壊し、キースピリット「妖術師ヤクモ」を召喚。トラッシュからスピリットを復活させ、兼続のライフを削りきる。 勝利した蘭丸は宝緑院組を配下にして、藤吉郎率いる猿面軍団とともに西ムサシの支配に乗り出した。