史上最高にハゲしくアツかりしカードバトル、デュエル・マスターズ！デュエマ！ 八尾町に突如オープンした超巨大テーマパーク！それが『デュエマーランド』っ！！ 勝太たちは、全てが無料のデュエマーランドを満喫っ！ パレードの最中、デュエマーランドのマスコット・デュエマウスと戦うことになった勝太は、デュエマウスの恐ろしい本性を知ることになる……っ！？ 新章突入っ！！新たなるデュエマが今、始まる！！

デュエマウスとの勝負に勝ち、ゴキゲンの勝太！しかし、みんなでデュエマーランドに行った日以降、ぶっちゃけの姿が見えない……っ！？心配したりしなかったりの勝太たちは、ぶっちゃけ捜索のヒントを得るため、夜のデュエマーランドへの潜入を試みる。 そこで勝太たちを待ち受けていたのは飢えた獣のようなアイツだったっ！？ 深まるぶっちゃけ失踪の謎っ！不気味な夜のデュエマーランドで、アツいデュエマが今はじまるっ！！

消えたぶっちゃけを探すうちに、妙な噂を耳にしたるる。夜な夜な、閉園後のデュマーランド内を疾走する赤い光っ！その光を見たものは消えてしまうという……！「闇を駆ける紅蓮の彗星」と呼ばれるその噂を信じていない勝太だが、放課後に出会ったバイクの男によって、紅蓮の彗星の恐怖を目の当たりにするっ！！ 謎の男・赤城山バサラの実力とはっ！？そして目的とはっ！？謎が謎呼ぶ超高速デュエマが繰り広げられるっ！！

バサラの操る新能力「侵略」により、たったの３ターンで敗北してしまった勝太っ！ 負けた勝太が落とされたのは、デュエマーランドの地下に広がる巨大空間、通称「地下帝国」っ！！ 地下帝国では、デュエマに負けた人々が言葉巧みに騙され「侵略」カードを手に入れるため謎の特訓に取り組んでいた。勝太も見事に騙され「侵略」カードを追いかける中、藁で巻かれた謎の男と、憎きライバルに遭遇し……っ！？地下帝国編、ドロドロとスタートっ！

ぶっちゃけに続き勝太も消え、デュエマーランドを疑い出するる。るるの行動に気づいたデュエマーランドの幹部・御茶ノ水博士は、恐ろしき刺客を送り込むっ！！ るるのもとに送り込まれたロボ勝太は、見た目はどう見てもロボだが紳士的な振る舞いでるるの乙女心をがっちりキャッチっ！！「これが本物のかっちゃんだ！」と記憶を書き換えようとするるるを、ホカベンとべんちゃんは止めることができるのかっ！？

地下帝国を脱出するために、過酷な環境を生き抜く勝太っ！……のはすが、温泉でリラックスしまくりの勝太たち。地下帝国に詳しいおっさん・ワラマキさんによれば、地下帝国のデュエマー健康ランドに「革命」カードが眠っているらしいのだが……っ！？ 一見温厚な管理人・ウルトラブッダーラに見張られつつも、「革命」カードを探す勝太たち。ふと放たれたワラマキさんの一言により、衝撃の展開にっ！？ 湯けむりの先に見えたものは何だっ！？決死のデュエマスタートっ！！

消えた勝太とぶっちゃけを探すべく、デュエマーランドに忍び込んだるる・ホカベン・ベンちゃん。地下が怪しいと睨んだるるは、文字通り力づくで地下帝国へ！そこで見たのは、地下帝国に広がるアイドルオタクの聖地！アキハバラ・・・ではなくチカハバラだった。ライブハウスでオタ芸をする怪しい人影の正体は・・・地下生活に慣れ、変貌を遂げたぶっちゃけ！果たしてみんなで地下から脱出できるのかっ！？そして、古来より伝わるデュエマの決闘方とは・・・！？激辛注意のデュエマ・スタート！

ついに伝説の革命カードが眠る洞窟へとたどり着いた勝太たち。しかし、巨大な封印岩は押しても引いてもびくともしない。悩む勝太たちの前に現れたのは、巨大なロボットに改造されたウルトラブッダーラだった！ワラマキの指導のもと、ウルトラブッダーラ改め「DXデュエマーロボ」を倒すべく特訓を開始した勝太とギョウ！その弱点は昔の特撮番組「デュエマーファイブ」に隠されていたっ！？革命カードを手に入れるため、勝太の心が燃え盛るっ！！

ついに「燃える革命 ドギラゴン」を手に入れた勝太っ！！囚われたるる達を救い出し地下帝国から脱出すべく、地下帝国のボス・ガチロボの元へと向かう！！ ガチロボの力は圧倒的で、そのガチっぷりで幾多の脱走者を返り討ちにしているという。果たして勝太は無事に地下帝国から脱出することができるのかっ！？ そして、「燃える革命 ドギラゴン」に秘められた革命の力がついに明かされる！！今こそ革命の時！地下帝国を揺るがす一大デュエマの火蓋が切られる！！

地下帝国を脱出した勝太たち！しかし、地上ではなぜかお祝いムード！デュエマウスいわく、地下帝国はただのアトラクションの一つだという。納得のいかない勝太たちに、デュエマウスは新たなイベントへの参加を促す。その名も「デュエルマ・スターカップ」だ！勝敗によって星をとりあい、星の数に応じて願い事が叶えられるという夢あふれる企画に、まんまと乗せられる勝太。さっそく渡されたデュエマホンを片手に、意気揚々とデュエマを始めるが！？怪しき陰謀が動き出すっ！！

ガチロボを倒され、勝太に復讐を誓うデュエマーランド幹部の一人、ハカセ！勝太たちをおびき寄せるべく、デュエマーランドに新アトラクションを完成させる！ カジノ風に遊べるゲームセンターに、さっそく夢中な勝太たち。ゲーム用のコインがなくなり、デュエルマ・スターカップの星を賭けようとした時に現れたのは、ディーラーに変装したハカセだった！！ハカセのハイリスク・ハイリターンのギャンブルデュエマを前に、勝太は勝率０％っ！？熱いドローが運命を切り開くっ！！

カードショップ滝川に押しかけた黒づくめの男たち！その目的は、デュエマーランドが「カードショップ滝川」の土地を買い取ることだった！！かつて店の持ち主だった寿司屋の大将との約束を守るべく、るるは買収を断固拒否！しかし次の日の朝、るるが見た衝撃の光景はっ！？ ついに侵略の魔の手が日常生活に忍び寄る！襲い来る紅蓮の彗星、そして新アトラクション「デュエマーシー」！！星と店とプライドをかけて、るるのおでこがキラリと光る！

デュエルマ・スターカップが始まり、星を集めるのに夢中のデュエリストたち。しかし、中にはデュエマしないで星を集める者も・・・。ぶっちゃけが大ファンのハラグロXは、熱狂的ファン、通称「カモ」から星を巻き上げていたっ！そんな彼女たちのもとに現れたのは、分厚いコートを着てマスクで顔を隠し、アブない凶器を全身に持ったデュエマーランドの怪人だった！？過剰に星を取り締まる怪人を止めるべく、デュエマの貴公子ルシファーがついに復活！薔薇と凶器が飛び交う白熱デュエマ、スタート！！

デュエルマ・スターカップの裏に、デュエマーランドの陰謀があると感じたるる。学校では、何故かデュエマウスが勝太たちを盗撮していたり、星を全てなくしたデュエリストは「デュエマ不能」になるという噂があったり、何やら怪しすぎる雰囲気！？そんな中、「デュエマーランドはデュエリストを洗脳している」という新たな情報を持ってきたベンちゃん。しかし、その額には侵略マークが・・・！？果たして勝太はベンちゃんの洗脳を解くことができるのか！？空前絶後の大ピンチに新たな革命の力が解放される！！

誕生日を迎えたぶっちゃけ！サプライズパーティーの気配を感じ、妄想全開でカードショップ滝川に向かう！しかし、そこでぶっちゃけが見たものとは！？一方、デュエマーランド３幹部のひとり、江戸川ランボーは、バサラに代わって勝太たちを付け狙う。自称「デュエマーランドで一番平和を愛する男」のランボーが用意したのは、新アトラクションの完成記念パーティだった！！恐るべき新種族、ゲリラ・コマンドの脅威の能力が明かされる！！そしてランボーのデュエマの実力とはっ！？勝太たちに魔の手が迫る！！

デュエルマ・スターカップがスタートしてから数日が経ち、デュエマーランド３幹部のひとり、ハカセはスター獲得状況を調査する。ずば抜けて星の数が多いのは、CM出演のため闘志を燃やすコジロー！・・・かと思いきや、さらにその上をいくデュエリストがいた！その名は・・・滝川るる！？それぞれの胸に秘めた願いを叶えるため、るるとコジローは超大量のスターをかけて大勝負に出る。果たして、スターはどちらの手に渡るのか！？そして、本当に願いは叶うのか！？

デュエマーランドのスペシャルイベント開催決定！その名も『寒がってはいけない！フローズンファイト』だ！ルールは簡単。どんなに寒くても「寒い」と言ってはいけないのだ。優勝賞品のフローズンカレーパン目当てに参加を決める勝太。同じく参加者として現れたのは、なんと聖エンジェル中のヘレンだった！！ルシファーのために優勝し、カレーパンをゲットしようと奮闘するヘレン！一方の勝太も、カレーパンがかかっていては負けられない！意地と意地がぶつかりあう、究極のガマン比べが始まる！！

夏真っ盛り！プールに遊びに来たホカベンたちだが、プールそっちのけでデュエマホンに夢中。その理由は、デュエマ動画投稿サービス「デュエチューブ」だ！！その中でも、一番の再生数を誇るのはNOZOKIN（ノゾキン）というデュエリスト。NOZOKINは、リアクションが抜群の「神ボーイ」にドッキリをしかけて盗撮し、再生数を稼いでいた。その行為に憤るホカベンは、NOZOKINを懲らしめようとするが・・・！？「神ボーイ」の正体とは！？そしてホカベンの隠れた本性が明らかに！プールサイドの大乱闘、開幕っ！！

夏休みの自由研究のため、カレーパン模様のチョウを探す勝太。しかし大草原で出くわしたのは、チョウではなく宇宙人だった！？はじめはビビりまくる勝太であったが、宇宙人がカレーパンにそっくりなことに気がつくと、態度が一変。「カツカレー」と名付けられた宇宙人は、勝太と一緒に暮らすことになる。カレーパンを食べるたびに大きくなるカツカレー。そしてカツカレーを付け狙う謎の黒服集団の魔の手が迫る！地球を飛び越え、宇宙規模のデュエマが今、始まるっ！！

周りを海に囲まれて以来、さっぱりお客さんが来なくなってしまったカードショップ滝川。なんとかお客さんを呼ぼうと必死なるるのおじいちゃんは、るるの写真を使ってチラシを作ることにしたのだが、そのチラシが思わぬ珍客を呼ぶことに！？その頃、地下帝国に置き去りにされたまますっかり忘れられていたワラマキさんは、いつの間にか子分を作って地下生活を快適に過ごしていた。しかし、そんなワラマキさんが地下帝国脱出を決意！ついにワラマキさんはワラを脱ぐのか！？地下帝国に革命が起こるっ！！