近未来日本首都、ネオサイタマ。 超高層ネオン街の中、ひときわ高くそびえ立つマルノウチ・スゴイタカイビル。 邪悪なニンジャ組織「ソウカイ・シンジケート」の抗争に巻き込まれ瀕死の重傷を逐ったフジキド・ケンジのもとに、 事件の目撃者を始末すべく、血に餓えたニンジャたちが迫る。 だがその時、邪悪なニンジャソウルが突如憑依し、フジキドを死の淵より呼び戻した！ 「ドーモ、ニンジャスレイヤーです……！」 スシ！　カラテ！　ニンジャ！　情け容赦ない死闘！ ニンジャスレイヤーの復讐の戦いがいま幕を開ける……！

妻子の復讐のため、ソウカイヤのニンジャを殺し続けるニンジャスレイヤー。 次なる敵は「カトン・ジツ」を操るニンジャ、アーソン。 さらに上空からはオムラ社の差し向けた武装マグロ・ツェッペリンが迫り、 レーザーと追尾ミサイルの波状攻撃が彼を襲う。 ピンチに陥るニンジャスレイヤー、果たして勝負のゆくえは……！？

キョート共和国から転校してきた女子高生、ヤモト・コキ。 一見すると平凡な女子高生だが、彼女にはアーチ級ニンジャソウル「シ・ニンジャ」の力が宿っていた。 彼女はいかにしてその力を得たのか？ そのカギを握るのはアフロヘアーの男子転校生、ショーゴー・マグチにあった。 謎めいたジツによりヤンクを始末するショーゴー……彼もまたニンジャソウル憑依者だったのだ！

ニンジャソウルの力を隠しながら、普通の女子高生として平穏に生きようとするヤモト。 だが親友のアサリとともにカラオケにやってきた彼女のもとに、 ソウカイ・シンジケートの手先となったショーゴーことスーサイド、 そして兄貴分のソニックブームが現れた！ シ・ニンジャの力を解放し、オリガミ・ミサイルで抵抗するヤモト！ ソニックブームの情け容赦ないソニック・カラテが、彼女を襲う！

シガキ・サイゼン。彼にはプロの墨絵師になるという夢があった。 だがある日、勤め先のトーフ工場のトーフプレス機で右腕を失ってから、彼の人生は大きく狂いはじめる。 失意の中でスシを食べていた彼は、ひょんなことからサカイエサン・トーフ社の工場襲撃に参加することに。 だがそれはソウカイヤの陰謀であった！ 一方、ソウカイヤの秘密を追うニンジャスレイヤーもトーフ工場を目指し……！

目障りなドラゴン・ドージョーの本拠地を発見し放火すべく、 ソウカイ・シンジケートからヒュージシュリケンとアースクエイクが出撃した。 ドージョーにはかつてニンジャスレイヤーを破滅から救ったドラゴン＝センセイと孫娘ユカノがいるのだ。 民間人に対して情け容赦ない拷問を加えながら、ドラゴン・ドージョーに迫るソウカイ・シンジケートの刺客！ この卑劣な企みを阻止すべく追跡を開始したニンジャスレイヤーだったが……！ 急げ！　ニンジャスレイヤー！　急げ！

有能なるハッカーにしてフリージャーナリスト、ナンシー・リー。そのバストは豊満である。 相棒ホゼによるナビゲートを受けながら彼女が向かった先は、フルタマ地区。 ここに、ヤンバナ・サシミ事件のカギを握る人物、タラギ・ウェイが潜伏しているはず。 だがタラギは既に、何者かの手で殺されていた。 タラギが残したダイイング・メッセージ「タヌキ」の謎とは！？ そして残忍なるソウカイニンジャ、「コッカトリス」に襲われたナンシーの運命やいかに！？

相棒ホゼを殺されたナンシーは、 憎きソウカイ・シンジケートや暗黒メガコーポの陰謀を暴くべく、再び危険な潜入作戦にのぞむ。 ヨロシサン製薬のオカキ工場を突き止めたナンシーは、 「タケウチ」の解毒剤を探し求めていたニンジャスレイヤーに協力を持ちかけ、合流を果たしたのだ。 二人が工場の奥で見つけたものは、恐るべきクローンヤクザの生産施設だった！ さらに「フォレスト・サワタリ」率いる異形のバイオニンジャたちが、彼らの前に立ちはだかる！

未だナンシーに対して不信感を抱くニンジャスレイヤーだったが、 「タケウチ」の解毒剤をヨロシサン製薬から奪取するには、彼女のサイバー攻撃が不可欠と知り、 ネットワーク上で極秘ミーティングを行う。 生体LAN端子を持つナンシーは、超人的なタイプ速度を誇り、 ハッカーたちの間で「コトダマ空間」と呼ばれる電脳IRC空間を自在に飛翔できるのだ。 だがそこへ、ソウカイ・シンジケートの電脳セキュリティ担当ニンジャ、ダイダロスが襲い掛かる！ 「ファイアーウォールなど、私の前ではショウジ戸も同然……！」　アブナイ！

対ニンジャ生物兵器「タケウチ・ウィルス」の解毒剤を求め、 ヨロシサン製薬のユタンポ・プラントに侵入したニンジャスレイヤーとナンシー。 彼らの前に立ちふさがったのは、四本の腕を持つバイオニンジャのノトーリアス、 そして再び現れたフォレスト・サワタリであった。 さらに、電脳IRC空間内ではナンシー・リーが再びダイダロスによる襲撃を受け、ピンチへと陥る！ 急げ！　ニンジャスレイヤー！　急げ！　今はKICKあるのみ！

ドラゴン・ゲンドーソー。ドラゴン・ドージョーのかつてのマスターにしてローシ・ニンジャの異名を持つ男。 だが彼はいま、タケウチ・ウィルスによって死と隣り合わせの状態にあった。 彼の元へたどり着いたニンジャスレイヤーは、ヨロシサン製薬から入手したアンプルを渡す。 解毒剤の入ったチャを飲み干した瞬間、爆音が響き渡る！ 外へ飛び出したニンジャスレイヤーの前にソウカイヤの刺客ダークニンジャが現れ、妖刀ベッピンを抜き放つ。 妖刀ベッピンを見たニンジャスレイヤーの脳裏に、あの夜のジゴクめいた光景が甦る。 ダークニンジャこそが、マルノウチ抗争の中で愛しき妻子を殺めた男だったのだ！ フジキドの怒りが燃え上がる！　……ニンジャ、殺すべし！

ニンジャスレイヤーとの死闘の末、妖刀ベッピンを砕かれ敗北したダークニンジャ。 彼は日焼けサロンビル内に隠された非合法プライベート・プレイスで生命維持装置に繋がれ、眠りについていた。 そこへソウカイヤ内のニンジャ二人が忍びこみ、彼の地位と命を狙ってショウジ戸を開く。 サツバツ！　果たして何者の差し金か！？ これを無慈悲なカラテで抹殺したダークニンジャは、 己に刺客を差し向けたソウカイヤ内の裏切者を探し出し始末するため屋形船へと向かい、 これを焼き落とすのであった。

重金属酸性雨が降りしきる灰色の電脳メガロシティ、ネオサイタマ。 そこに生きるフリーランスのニンジャ、シルバーカラス。本名カギ・タナカ。 彼は「サイバーツジギリ」と呼ばれる闇ビジネスを生業としていた。 己の身体が病魔に冒され、余命幾許も無いことを知ったカギは、ある日コインランドリーでひとりの少女と出会う。 彼女の名はヤモト・コキ。他愛も無い会話。別れる二人。 そこへソウカイヤの賞金首となった彼女を追跡し、ソウカイヤの刺客「ナッツクラッカー」が迫る。ナムサン！ 「ソウカイヤ関係のニンジャか……面倒は嫌なんだよ」 カギ・タナカはカタナを抜き、ヤモトを救うべくコインランドリーに引き返した。

シルバーカラスことカギ・タナカは、偶然助けた女子高生ニンジャ、ヤモト・コキにカラテを教え始める。 だが彼の元に新たに届けられたミッションは、今まさに己の家にかくまっている賞金首の女ニンジャ、 すなわちヤモトの発見と抹殺であった。 それを知りながらもヤモトをドージョーで鍛え続け、イアイドーを授けるカギ。 そして、穏やかな時間は無情にも過ぎ行く。 ついにヤモトの痕跡を追い、ソウカイヤからふたりの手練、 「ソードダンサー」と「サードアイ」が送りこまれたのだ。 ナムアミダブツ！　ヤモト・コキの運命は！？　消え行くカラスが最後に歌う歌とは！？ カギ・タナカはヤモトに何を伝え、何を残そうとしたのか！？

オムラ社が開発した新型ロボニンジャ「モーターヤブ」の攻撃により、 トットリー・ヴィルのダム建設反対レジスタンスは壊滅寸前へと追いつめられていた。 反企業レジスタンスを支援する革命的闘争組織イッキ・ウチコワシのエージェント 「ラプチャー」と「アムジニア」が彼らのために戦うも、 オムラ社は爆発物の取り扱いに長けるニンジャ「エクスプロシブ」をも派遣していた！ 飛び交う銃弾！　カラテ！　バクチク爆発！　窮地に陥るレジスタンス！　そこに突如現れたニンジャスレイヤー！ 彼はアムニジアを助け、彼女を「ユカノ」と呼んだ。 そう、彼女こそは行方不明になり記憶喪失に陥ったドラゴン・ユカノその人だったのだ！

進歩的革命組織「イッキ・ウチコワシ」の戦闘エージェントとなっていたアムニジアことユカノ。 彼らの本質を見極めるため、ニンジャスレイヤーは自らイッキ・ウチコワシの一員となる。 戦闘エージェントの「フリックショット」とともに、 ソウカイヤの息がかかった二両編成輸送新幹線「ギャラクシー号」襲撃に向かうニンジャスレイヤー。 そこに現れたのはソウカイニンジャの「プロミネンス」！ 戦いの末にプロミネンスを追い詰めたニンジャスレイヤーたちだったが、 彼の耳に飛び込んできたのは、乗客のブルジョワ幼稚園児たちの悲鳴であった。 無力な園児を守ろうとする職員すらも容赦なく粛清せんとするフリックショット。 殺せ！　ニンジャスレイヤー！　殺せ！ いまやイッキ・ウチコワシの暴力的ニンジャ本質は白日のもとにさらされた！

ソウカイヤから追っ手を差し向けられ逃亡の日々を送るヤモト・コキは、 流れ着いた教会の中で「ジェノサイド」と名乗る恐ろしいニンジャに出会う。 聞くと、彼はここに来るまでの記憶がほとんどないという。 実は彼は、ラオモトの下で働くマッドサイエンティスト「リー先生」に作られたゾンビーニンジャであり、 自我に目覚め、リー先生のラボから逃亡したのだった。 教会で束の間の休息を取るヤモトとジェノサイドのもとへ、 リー先生の助手フブキ・ナハタが作った最新バイオニンジャ「マンティコア」が、 さらにヤモトを追うソウカイヤの刺客「グレネディア」、ふたりの刺客が送りこまれた！ ナムアミダブツ！　共闘を決めたヤモトとジェノサイドの運命やいかに！？

平凡な大学生のナラキは、あこがれの女性であるマナメと親密な関係になるため、 マルノウチにおけるデモ行進に参加することとなった。 一方、イッキ・ウチコワシの暴力的ニンジャ本質を見抜いたニンジャスレイヤーは、 その戦闘エージェントとして洗脳されたユカノ、すなわちアムニジアに対して最後の説得を試みるべく、 やはりマルノウチのデモ行進の現場を目指していた。 なぜなら、武力闘争組織イッキ・ウチコワシが、今回の市民デモを利用しに現れるであろうことは、自明であったからだ。 かくしてデモ当日……ナラキは市民デモ参加者の首を貫く矢と、 それをきっかけに暴力と闘争が爆発寸前となる瞬間を目の当たりにする…… イッキ・ウチコワシ、アムニジアの矢を！

廃映画館に築いた秘密アジト。 ナンシー・リーはニンジャスレイヤーのラオモト襲撃作戦の準備を進める。 だが計画には予想外の邪魔が入った。 ボスであるラオモトの首を取って自らがソウカイヤのドンになるべく、 裏切りニンジャのウォーロックと、その相棒バジリスクが動き出していたのだ。 彼らに身柄を確保されてしまったナンシー・リーの命運やいかに！？ そしてニンジャスレイヤーの身にも恐るべき罠が迫る！

ナンシーはソウカイヤに捕まってしまったと確信するニンジャスレイヤー。 全てはミヤモト・マサシのコトワザの通り。 「情にサスマタを突き刺せば、メイルストロームに流される……」。 隣人アガタを暴力から救い出した善意が、巡り巡って最悪の事態を作り出してしまったのである。 ナンシーを乗せた装甲車を追うニンジャスレイヤーは、 「フドウカナシバリ・ジツ」を得意とするバジリスクと対峙する。 謎のシャドーギルドにかつて身を置き、見たものを硬直させるジツの使い手に、 ニンジャスレイヤーはいかなる手段を用いて戦うのか？！