『心をひとつに、みんなで創る、みんなの世界』。掲げられたスローガンの元に行われるゲルサドラの改革によって、急速に変化していく日本。その支持率もまさにうなぎのぼりで、人々の間には明るい笑顔が溢れる。ゲルサドラと自分が夢見た、みんなの心が一つになった、争いのない平和な世の中が訪れつつあるのを確信するつばさ。しかし、そのあまりにも急ぎ過ぎる変革に、少なからぬ不安を覚える者たちもまた存在していた。

ゲルサドラの異変によって現れた赤いふきだしさまから、突如生まれた謎の生物。その出現は吹き荒れる強風に乗って日本全国へと拡散。あっという間にあらゆる街の、あらゆる人々の間に溢れ返った。この予想だにしなかった事態に、直ちに出動し全国各地へと散らばるＧメンバー。混乱を収めるために謎の生物たちを排除しようとするのだが、それらは更にガッチャマンたちの予想を超えた行動を取り始めるのだった。

ついに暗雲が立ち込め始めた理想の世界。ほんの小さなきっかけは先導者の介入によって増幅され、次々と湧き出す波紋は次第に大きく、加速度的に広がっていく。しかし、その中心にいるゲルサドラ自身は、いまだ自分が全ての人々の望みを叶えているのだと信じ、屈託のない微笑みを浮かべていた。その頃、ゲルサドラとガッチャマンの元を離れ長岡へと戻ったつばさは、出迎えたゆるじいと、そして自分自身と向き合っていた。

全国各地から続々と集結し、街中に溢れ返る無数のくうさまの群れ。総力を挙げてそれを駆逐していくガッチャマンたちであったが、その数は一向に減る気配を見せない。倒されては復活を繰り返すくうさまに対してはどんな攻撃も意味はなく、手詰まりの状況に流石に疲弊し、焦りを隠せないＧメンバー。成す術もないこの絶望的な事態を打開するために、ガッチャマンはある大きな決断を迫られる。

皆の願いを受け、その望みを叶えるために、固い決意と共に己の持てる力の全てを掛けて戦いに挑んだガッチャマンたち。熾烈を極めた攻防とその壮絶なる決着は、それを見守った多くの者たちの心に深く刻み込まれた。辛く苦しい戦いの果てに、ガッチャマンが、そしてこの国の人々が辿り着いた真実とは……。今、全ての人々に向けて放たれた問い掛けに、一つの答えが導き出されようとしていた。