脚本：ufotable・平尾隆之／絵コンテ：平尾隆之／演出：平尾隆之・髙橋タクロヲ／作画監督：清水慶太 突如として現れ世界のすべてを喰らいはじめた謎の巨大生物、アラガミ。すべてのアラガミを倒す決意を胸に、一人の少年がフェンリル極東支部へゴッドイーターに志願するためにやってきた。少年の名は空木レンカ。レンカは新人ゴッドイーターの訓練担当教官である雨宮ツバキの下、同期の藤木コウタとともに、さっそく厳しい訓練を課せられる。はやく実戦に参加したいと気持ちが募るレンカ。そんな時、アラガミが極東支部へと侵入してきた。思わぬ攻撃に作戦室の緊張が高まる中、事態を知ったレンカは決意を固める。

脚本：ufotable・平尾隆之／絵コンテ：平尾隆之／演出：宇田明彦／作画監督：加藤やすひさ・菊池隼也・石塚みゆき・塩島由佳 自らの神機を手に戦地へと飛び出したレンカ。傷ついたエリックを助けようと戦うレンカのところに、第一部隊のゴッドイーターであるリンドウ、サクヤ、ソーマが現れる。しかし、強大なアラガミ・ヴァジュラの力の前に、リンドウたちも攻めあぐね、レンカは傷つき、倒れてしまう。レンカが意識を取り戻した時、そこは独房だった。命令違反の罪で身柄を拘束されたのだ。「おまえは出るべきではなかった」と言い放つツバキ。そのころロシア支部を出発し極東支部を目指すゴッドイーターの少女がいた。

脚本：ufotable・恒松 圭／絵コンテ：平尾隆之／演出：栖原隆史／作画監督：高橋聰・小笠原篤・青木拓也・小磯由佳 ロシア支部から極東支部を目指す輸送機を小型アラガミの大群が襲う。そこにはレンカと同じく、新型の神機を操るゴッドイーター、アリサが搭乗していた。リンドウたち第一部隊はレンカを連れ、アリサの救助を試みようとするが、アリサはその申し出を断る。アリサを守るため援護に徹するレンカたちだったが、そこにさらなるアラガミの援軍が接近し、状況は悪化。リンドウは、レンカを連れて直接アリサの救助へと向かうが、アリサは頑なに同行を拒否する。アリサが輸送機を離れたがらないその理由とは……。

脚本：ufotable・平尾隆之・恒松 圭／絵コンテ：平尾隆之／演出：野中卓也／作画監督：佐藤哲人・茂木貴之・永森雅人・辻 雅俊 アリサの救助任務から無事帰投したレンカは、第一部隊への配属を告げられる。アリサや同期のコウタも同じく第一部隊配属となった。コウタに誘われて初めて市街地に出たレンカは、遠く離れた海上に浮かぶエイジス島の存在を知る。フェンリル極東支部は、アラガミの脅威から人類を守るため、巨大な人工島をシェルターとして全人類を収容するエイジス計画を最前線で進行させているのだ。一方、メディカルルームでチェックを受けるアリサは、レンカの眼差しを思い出し「Ужас（ウージャス）」と地獄を意味するロシア語をつぶやく。そして3人は、第一部隊の一員としてゴッドイーターの任務の初陣に臨む。

脚本：ufotable・平尾隆之・恒松 圭／絵コンテ：平尾隆之／演出：白井俊行・竹内 將／作画監督：石塚みゆき・加藤やすひさ・高橋 聰・菊池隼也・小笠原篤・小磯由佳・塩島由佳 エイジス計画の達成への道のりがまだまだ遠いことを知り戸惑うレンカ。エイジス計画を実現させるためにはさらに大量のアラガミ由来のオラクル資源が必要だった。そんなレンカを後から蹴り飛ばすソーマ。「オレたちに出来ることは、アラガミを倒す……それだけだろ」。ベテラン神機使いのリンドウとソーマが不在のため、次の作戦のターゲットから危険な大型種のアラガミを外すサクヤ。だが、大型種の持つ大きなコアの方がエイジス計画の達成にはより貢献できると考えたレンカは大型種の討伐を提案。コウタとアリサもその提案に同調し、サクヤは新人の３人に半ば押し切られる形で大型種のアラガミ・ヴァジュラの討伐任務を選択する。