自同阿多米尼斯多雷特的激斗起已经过了半年。爱丽丝带着失去右臂、变成废人的桐人在故乡卢利特村村外安静生活着。望着同他一起守护的世界，爱丽丝回忆起至今为止的经历。这时，在她的面前，同为整合骑士，且是她弟子的艾尔多利耶·辛赛西斯·萨蒂万出现了。

黑暗领域的军队袭击了卢利特村。乘着飞龙“雨缘”，爱丽丝赶往村中。依“禁忌目录”不能违背卫士长命令、无法从哥布林手中逃离的村民们还在那里。迷失了战斗目的的爱丽丝，为了自己的家人，为了桐人和尤吉欧想要守护的人们，再次身穿整合骑士的铠甲，挥舞起“金桂之剑”！

袭击“Ocean Turtle”的神秘组织——那是接受美国国家安全局机密任务的特殊工作部队。率领部队的队长加百列，过去曾与桐人和诗乃交战过……以抢夺用“灵魂翻译技术”创造的人工灵魂“A.L.I.C.E”——爱丽丝为目标的加百列，为了寻找“Underworld”内的爱丽丝，尝试了某个秘计。

率领暗黑帝国的暗黑骑士团的骑士团长夏斯塔，以阿多米尼斯多雷特死去为契机，向人界提出和平的意愿。可是这一尝试因皇帝贝库达回归暗黑界而被打碎。加百列使用贝库达的账号登录了“Underworld”。他为了找出“A.L.I.C.E”，指示暗黑帝国的军队进行与人界的全面战争。

分隔人界与黑暗领域的“东之大门”。就在其附近，暗黑帝国的军队逼近。为了人们决定战斗的爱丽丝，带着桐人和人界军会合。可是和压倒性的暗黑帝国军队的兵力相比，在人界军中能够战斗的整合骑士，只有十三人。绝对的劣势中，爱丽丝在犹豫是否将同废人一样的桐人带到前线……

“最终压力测试”开始，“东之大门”终于崩塌了。在成为了暗黑神贝库达的加百列面前，组成大规模军队的暗黑军团，向人界进军。少数精锐的人界军，分头迎击。尽管是绝望的战力差距，人界军的整合骑士们还是以一骑当千的可怕力量将敌人打倒。但暗黑军团以其压倒性的兵数慢慢将人界军击散。

整合骑士莱恩利·辛赛西斯·特文蒂赛门被命令守备补给部队。因初次战斗十分害怕而逃了出来。结果，暗黑军团的哥布林们入侵到了桐人所在的补给部队的帐篷。

由于整合骑士爱丽丝放出了强大的术式，暗黑军团受到了大损伤，起死回生的策略成功了。在人界军处于胜利的沸腾时，爱丽丝遭遇敌方败退的残兵，得知皇帝贝库达的目的是寻找“光之巫女”。另一边，察觉到“光之巫女”存在的皇帝贝库达，即加百列，展开了不顾己方军队牺牲的无情的作战。

捕捉到“光之巫女”爱丽丝身影的加百列为了抓住她，下达了全军突击的命令。负责暗黑军团一角的精锐——拳斗士先于本队出发，追赶着爱丽丝等人的游击队。爱丽丝和贝尔库利思考着迎击因心意而拥有坚固肉体的拳斗士军的作战。此时毛遂自荐的，是迄今一直保持沉默的整合骑士谢塔·辛赛西斯·忒尔夫。

Asuna已使用超级女神Stacia（超级女神）的超级用户帐户登录了黑社会。下降后，多亏罗尼（Ronie）和铁斯（Tiese），她与Kirito团聚。但是很快爱丽丝到来，导致局势不稳定！

亚丝娜通过“地形操作”制造出了无底的峡谷。为了抵达人界军所在的对岸，暗黑骑士与拳斗士将草绳当作桥梁前进。发现此良机的贝尔库利率领游击队出击。另一边，在现实世界的RATH内部，从加百列率领的工作队成员之一克里特那里，得知奇妙的新大型虚拟现实多人在线角色扮演游戏要进行限时β测试……

由于加百列的策略，现实世界的美国玩家被给予了暗黑骑士的账号。他们陆续登录“Underworld”，不分人界军和暗黑军团将“人工摇光”杀害。亚丝娜注意到杀戮集团他们是从现实世界登录的玩家，拼命想要阻止他们。另外，在对岸目睹这一切的伊斯卡恩，对漠不关心同伴之死的皇帝感到愤怒……