为了出战卡洛斯联盟，小智一行人向著最后一个道馆的所在地映雪市继续旅程。他们在休息途中遇见一只连宝可梦图鉴都没有资料的软绵绵宝可梦！他们可能发现了新品种的宝可梦，因此感到兴奋，此时却突然被神秘的眼镜军团袭击！

小软加入团队后，小智一行人继续前往映雪市的旅程。莎莉娜和伊布在休息时进行三冠卫星赛的练习，突然出现了一只野生的胖胖哈力！胖胖哈力看来对伊布一见钟情。胖胖哈力不停示爱，不过对内向的伊布好像有反效果…

小智一行人在寻找宝可梦中心途中遇上了右脚被夹在岩石中的乔伊小姐，这个乔伊小姐似乎对布拉塔诺博士的超级进化研究很有兴趣。小智一行乘坐乔伊小姐的车终于来到宝可梦中心，门口却被阻塞无法进去里面？

小智一行人来到一个大草原，并发现一只离开火炎狮族群，孤身上路的小狮狮。小狮狮虽然体形细小，但是为了独当一面仍然努力前进，让小智一行十分感动。但是，此时有奇怪的影子对小狮狮有所企图……

小智一行人这晚在森林中露营。皮卡丘和喵喵在晚上醒来，遇见了小智一行的宝可梦，而且它们都进化或退化了，并像喵喵一样懂得说人类的语言！皮卡丘和喵喵大感疑惑，此时小软出现，并请求它们帮助…

小智在前往映雪市途中遇上三平和甲贺忍蛙，三平并邀请小智一行人参加忍者村的祭典。他们第一次到访忍者村，认识了三平的兄长一平和二平，并和村民交流。但此时忍者村突然被神秘的忍者军团袭击！

为救出被掳走的首领，小智和三平追著神秘的忍者军团。敌人的头目景友和三平的兄长一平单挑，而小智和三平则与景友的手下对战。在激烈的对战中，小智的呱头蛙突然出现变化，连小智身上亦出现神奇的现象！

莎莉娜再次挑战三冠卫星赛！今次开始伊布会一同参加，令表演的内容更丰富！虽然胆小的伊布看来感到有点担心，不过在莎莉娜，长尾火狐和顽皮熊猫的鼓励下，下定了决心！伊布究竟能否在首次登台为莎莉娜带来胜利呢？

小智一行人在前往映雪市途中，来到了终结洞窟。进入洞窟不久后小软就自己一个走开了！虽然他们在洞窟深处找到小软，但小软突然又消失了！此时，闪焰队突然出现，并在小软消失的地方不停攻击！

虽然小智一行人成功击退了闪焰队，但小软却失去了踪影，令柚丽嘉非常担心。大家在附近寻找小软时，不小心触怒了毒骷蛙，掘掘兔更因此受了伤！柚丽嘉觉得掘掘兔是因为自己而受伤，她为了作出补偿…

小智一行人在森林附近休息时，突然听到嗡蝠惨叫。原来嗡蝠在森林飞翔时撞到野生的斗笠菇，惹怒了对方，并因为对方的攻击中毒。此时，碰巧经过的花叶蒂为嗡蝠解毒，为甚么此事会令斗笠菇更加愤怒呢？

莎莉娜收到一封邀请信，招待她参加一个以宝可梦表演家为对象的舞会。表演家和宝可梦要以一男一女的组合参加，莎莉娜和伊布的舞伴是希特隆和掘掘兔，此时，米茹菲突然出现并邀请小智成为她的舞伴？！

小智一行人在旅程中与翔太重遇，并开始对战。在对战期间，小智的甲贺忍蛙再次改变形态！究竟是甚么原因导致这个现象出现呢？另一早上，火箭队袭击熟睡中的皮卡丘！是谁把皮卡丘从危险中拯救出来呢？

死缠小智一行人不放的火箭队，意外地与在卡洛斯地区暗中活跃的闪焰队成为敌对势力。火箭队在调查闪焰队途中遇上和小软很相似的神秘生物。此时闪焰队出现并袭击火箭队，后来更出现了一个意料之外的人物…

小智一行人在旅程中遇见一个在荒野种植的机械人，经调查后，发现这个地方以前是一个绿意盎然的森林，但在某个时候急速枯萎。为了帮助机械人和同行的布里卡隆，他们运用希特隆的发明和宝可梦的能力不断尝试…

莎莉娜为了取得最后的公主金钥，和小智一行人来到举行新人级初阶赛的芙丽市。当地名门出身的表演家艾米莉亚也参加了这次大会。面对强敌，莎莉娜感到不安。同时，有名的制作人兼前卡洛斯女王八汐也来到了会场…

小智一行人在前往闪电鸟祭典的途中，因闪电鸟引发的雷电而躲进洞穴。他们在洞穴认识了思坦，并得知洞穴和举办祭典的雷土镇相通，于是便前进了。但途中因岩石塌下，小智和其他人分开了。小智只好独自一人前进。从洞穴里出来的小智不幸遇到闪电鸟而无法继续前进。小智能够继续前进抵达祭典吗？

小智一行人来到加克乌鲁镇，正要去参观一个宝石展，此时，警钟突然响起，一个自称怪盗拿酷的人在现场出现，把宝石箱的锁打开，却没有偷走宝石。正当小智他们感到奇怪时，突然有一个黑影袭击柚丽嘉…

终于来到大师级高阶赛举行当日！莎娜、米茹菲、宁宁、武藏薇等等一直互相竞争的劲敌都齐集会场！但是，能够挑战卡洛斯女王爱儿的就只有成功晋级决赛的一人。莎莉娜要把旅程中培养的技术和想法在舞台上表现出来！

经过连番激斗，莎莉娜终于进入了三冠卫星赛大师级高阶赛的准决赛！对手是武藏薇和好友莎娜。三个人出尽浑身解数表演，只要有少许出错就足以影响结果。但是，莎莉娜在表演最后落地的时候……