強化装甲＜ウィルウェア＞を使用した金塊強奪事案が発生。 警察庁警備局第五特別公安課第三機動強襲室第八係——通称＜ダイハチ＞に出動要請が下った。 室長・山吹凜の指揮のもと、ウィルウェアを装着して出動する瀬名と黒騎。 目まぐるしく変化する状況の中、 新たに配属された若き警部補・花咲里あさみが見た＜ダイハチ＞の実態とは!?

ダイハチの内偵を続けるあさみ。事案の後処理に奔走する凛。 そんな中、凛の妹が通う光貴教育学園に暴走ウィルウェアが侵入、破壊行為を行なっているという情報が入る。あさみが出動するも、装着した最新型ウィルウェアは、未調整のままだった！

男の娘アイドル・神明天夢のコンサート会場にウィルウェアが出現した。 犯人は天夢の熱烈なファンだ。黒騎と瀬名が急行するが、反撃に合い大ピンチに。舩坂の大胆な機転であさみも出動！コンサート会場を舞台に、あさみの必殺ワザが炸裂する！

何者かにより、飛行中の206便主脚格納室に爆発物を仕掛たとの犯行声明が届く。 指定旋回空域を離れても、高度が一定以下に下がっても爆発するという。 急遽出動した瀬名を、予想外のアクシデントが次々と襲う！

小野寺というポーカーの名手に勝たないと、都心にミサイルが発射される。 稲城の依頼でダイハチはポーカー勝負に挑むこととなったが、対戦相手・小野寺にはまったく歯が立たない。そこに現れたのは……！？。

ウィルウェアの台頭によって過去の遺物と化した巨大人型重機・猛銃號(モーガンごう)が強奪された。かつてロボット少年だった舩坂は、もうひとつの巨大人型重機・怒龍號(ドリューごう)を甦らせるため、いまは介護老人となったかつての設計者・霞ヶ関博士に協力を仰ぐ。

都知事粛精と称し、電磁ドームを展開して都庁を目指すウィルウェアの男・小針。出動した黒騎たちだったが、都の認可が下りず動くことができない。はるかの提案で、都の管轄外である鉄道敷地内を利用した迎撃作戦が始まった！

都内に頻発する事件、そこは現れる謎のウィルウェア・アルティメイド。 ダイハチのウェアをしのぐ性能と活躍に、全国規模で人気が沸騰する。ダイハチ不要論もでてくる中、黒騎は瀬名を飲み会へ誘う。そこに現れた人物は……！？

改造ウィルウェアで銀行などか襲撃される事件が連続し、黒騎たちが捜査を開始する。 犯人はロゴスのドック。ロゴスの主旨に反する身勝手な行動に、ミュトスはドックの粛清を決める。

ここしばらく、改造ウィルウェアによる犯罪は起きていない。 警視庁はロゴスが瓦解したと判断するが、黒騎や瀬名たちは、まだ見ぬ主犯格たちが他にいると考え、捜査を続行する。

オロチ=国家公共統合情報基盤の半分を手中にしたミュトスにより、首都圏の交通・通信網はすべて止められてしまった。黒騎たちダイハチは、この非常事態解決のために動き出す。

オロチがミュトスに完全に掌握されてしまった。ミュトスを追うダイハチに、最強のウィルウェアが襲いかかる！