少年たちが夢をたくして闘うベイブレード。蒼井バルトは何よりもベイが大好きな少年。学校の体育館でバルトとヴァルキリーは強豪・黄山乱太郎ことクミチョーとラグナルクにバトルを挑む。しかし勝負に敗れ、好きなだけで基本が出来ていないことを指摘される。そんな中、親友で天才と名高い紅シュウのバトルに感化され、基本を身につけるための特訓を重ねる。そして地区大会１回戦を迎えるが、なんと相手はあのクミチョーだった！

１回戦突破で調子に乗るバルト。シュウには浮かれて勝てる程ベイは甘くないと諭され、その直後のクミチョーとのバトルでは痛恨のバーストフィニッシュで敗北。再び特訓に精を出すも気負い過ぎたバルトに、双子の弟妹トコナツとニカは気分転換のため人形劇に誘う。劇の主人公なのに弱い勇者はまるで今のバルトの鏡写しのようで……。そして迎えた大会２回戦、相手はケル＆ベス人形を操る異色のブレーダー緑川犬介だ！

ヴァルキリ－ＶＳケルベウス。セカンドバトルは両者同時のスピンフィニッシュとなり、勝負はサードバトルへ。緊張がバルトを縛り、ガチガチになった手から落ちるヴァルキリー。動揺して転んだバルトの目の前に飛び込んできたのはケルとべスの人形。バルトは人形劇で見た勇者を思い出す。緊張がほぐれたバルトは、みんなの応援に応え、ついに完璧なラッシュシュートでヴァルキリーをシュートする！！

突然の閃きでベイブレードクラブを作ろうと思い立つバルト。クミチョーは快く入部してくれたが、クラブを成立させるには後３人必要だ。そこでバルトは心当たりを誘うことにした。お目当ては緑川犬介。だが犬介はバルトに１つ条件を出す。それは紅シュウとのベイバトルだった。バルトは快諾し、バトルを実現させるためにシュウを説得する！

朝寝坊で遅刻したバルトの元へ現れた次の対戦相手、黒神ダイナ。大会前にも関わらずバトルを申し込むダイナに不審なものを感じる犬介。その予感は的中。バルトのラッシュシュートを探るための芝居だった。さらに、ダイナの挑発で感情的になったバルトはいつも通りのシュートを打てなくなってしまう。バルトは自分を取り戻せるのか？

地区大会では優勝候補のシュウや、他の強豪たちが勝ちすすんで行く。バルトは、母・千春から言われた家の手伝いを、ベイの特訓として全力でこなす。一方、学校ではクミチョーや犬介、ダイナから、バルトの弱点は感情の不安定さだと指摘される。そこで、平常心をきたえる特訓を始める。何度も放たれるバルトの失敗シュートを観察しているうちに、ダイナはある事に気付く。

新必殺技を狙って打つことが出来ず、試行錯誤するバルト。しかしシュウの助言が解決のきっかけとなり、バルトは新必殺技を確実に打てるようさらなる特訓を重ねる。一方、バルトの次の対戦相手である紺田ホウジは悩んでいた。とある事情で、真剣勝負ができないかもしれないためだ。ホウジは、バルトのもとを訪れる事にして…

バルトはみんなの応援を受け、ホウジはワキヤに勝利を誓い、それぞれの想いでバトルにのぞむ。ホウジはホルスードの特徴を活かした強力な必殺技を持っているブレーダー。シュウを始め、まだ見ぬ強豪たちも注目する中、そんな強敵とのバトルにも関わらずバルトの顔には笑みが！？バルトとヴァルキリーはホウジの必殺技を攻略できるのか？

会場で迷子になったニカを助けた銀刃オロチ。神の耳を持つ彼は、バルトの放つシュート音に興味をしめす。一方、ワキヤもバルトに興味を持ち、大量のパンをバルトの家に注文。配達でおびき出されたバルトと強引にバトルをする。すると、ワイバーンの鉄壁の防御にヴァルキリーは苦戦。バルトはワキヤの誘いに乗り続けて感情的になってしまい…

ワキヤに打ちのめされて、悔しさのあまりスランプに陥るバルト。朝食も、クミチョーも、何もかもがワキヤに見えてしまう。心配したクミチョーたちが気分転換をはかろうとするも、全て空回り。負け続けに嫌気がさしたバルトは部屋に引きこもってしまう。一方、オロチは病院から出てくるシュウの姿を見かける。

病院から出てきたシュウを見たニカは、自分が原因でシュウが怪我をした事をさとった。それを聞いたバルトはシュウの怪我が心配で、学校でも余計な世話を焼き始める。呆れたシュウは、あえてダイナとベイバトルすることで問題ないことを見せ付ける。肩に走る痛みを隠して。そして地区大会は準決勝を迎えた。第１試合はバルト対ワキヤ。因縁の対決が始まる！！

全身に着けていた重りを全て外すワキヤ。ここまでずっと自分自身にハンデを課して戦って来たワキヤに、バルトは驚きながらも感心する。ワキヤ全力のシールドクラッシュは、バルトのフラッシュシュートと激しい攻防を繰り広げ、一進一退のバトルが続く。そして、バルトのフラッシュシュートが失敗かと思われたその時、ヴァルキリーが見たことのない動きを見せる！

準決勝第２試合、シュウVSオロチ。オロチは観客へパフォーマンスを披露して心理戦をしかける。しかしシュウは動じず、オロチとオーディンを追い詰めていく。シュウの予想以上の力に驚くオロチは、今度は必殺技でのバースト勝利を予告する。一方、シュウも悪化する肩の痛みをこらえて勝負に出る。激突するスプリガンとオーディン！決勝に駒を進めるのはどちらか！？

怪我をしているシュウの肩を心配するバルト。余計な事をシュウに言ってしまい、喧嘩となる。シュウは夕暮れの公園にバルトを連れ出す。そこは２人が初めてベイバトルをした思い出の場所。そこでシュウは、交わした約束への想いをバルトにぶつける。そして迎えた決勝戦当日。会場にはもう一人の四転皇である灼炎寺カイザ、通称シャカの姿もある。ついに、約束のバトルの幕が開ける！

シュウの新必殺技に全力で挑むバルト。しかし、シュウは圧倒的な実力でバルトを追いつめる。打つ手が無くなるが、それでも諦めないバルトは、大きく深呼吸をしてヴァルキリーに語りかける。そして、バルトの放ったシュートは、フラッシュシュートから軌道を変化し、誰もが予想をしない動きを見せる。勝利を取るのはどちらのブレーダーか！？

シャカのエクスカリバーの強さに驚くバルト。四転皇の一人であるシャカの実力はバルトを圧倒するが、勝負の行方は？一方、次は自分が相手だと名乗りを上げたのはクミチョー。特殊スタジアム・灼炎寺スペシャルでシャカと対峙するクミチョーは、バルトの戦いを参考に、ラグナルクに有利な戦法でエクスカリバーに立ち向かう！

再びシャカの道場を訪れるバルトたち。初めての団体戦に意気込む中、そこに現れたのは雪吹右京。彼はシャカのベイクラブの一員で、前回のバトルでは姿を隠してバルトたちを観察していたという。ならばと手の内を見せていないダイナが一番手をかって出た。ダイナは灼炎寺スペシャルのスパイクを上手く利用して攻め込むが、右京は余裕の表情を見せて…

抱えた悩みと負けられない焦りで本来の力を発揮できない犬介。その様子を見て思わず道場を飛び出してしまうバルトは、追ってきたシュウに犬介が転校する事を打ち明けた。悩むバルトにシュウが伝えた事とは……。一方、バルトを待つ犬介の気持ちをくんだシャカは、セカンドバトルの開始を遅らせていた。ようやく戻ったバルトに犬介は、次のバトルに勝利することを誓う。放たれた２つのベイ。勝負の行方は！？