脚本：檜垣亮／絵コンテ：岡村天斎／演出：許琮／作画監督：石井百合子　西畑あゆみ／総作画監督：石井百合子 立山国際高校に通う白羽由希奈は、三者面談に駆けつけ嵐のように去っていった母・洋海が忘れたスマートフォンを届けるため、友人の荻布美夏と共に母の仕事場でもある黒部研究所へと向かう。母に無事スマホを手渡し、顔見知りの研究員・荒俣たちと話していると突如火の玉が飛来し、その衝撃波で研究所の窓ガラスが砕け散った。警報が鳴り響く研究所敷地内で、正体不明の侵略者と警備員たちが戦闘を繰り広げる中、地下に避難しようとした由希奈はラボで怪しく光るキューブに目が留まる。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：岡村天斎／演出：岡村天斎／作画監督：宮川智恵子　伊藤依織子／総作画監督：石井百合子 キューブから現れた謎の青年・青馬剣之介時貞。由希奈のことを「姫」と呼び、彼女を侵略者から救うが、駆け付けた警備員たちに気絶させられてしまう。時を同じくして富山湾から新たな大型ジオフレームが出現。さらに日本以外にも三体が現れ、各国で戦闘状態に突入していた……。捕らわれの身となった剣之介だったが、洋海たちの一瞬の隙をつき脱走。こっそり様子を見に来た由希奈を見つけると、いきなり手を掴み走り出した。状況が把握できない由希奈の前に突然キューブが現れる。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：許琮／演出：許琮／作画監督：川面恒介／総作画監督：石井百合子 訳が分からぬまま剣之介と共にアーティファクトに乗り込み戦うことになった由希奈。海から出現した大型ジオフレーム「イエロークラブ」を撃破寸前まで追い詰めたが、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。悔しがる剣之介だったが、城主のいない富山城や由希奈のセーラー服、スマートフォンなどを前にして、自分の置かれた状況を理解できずにいた……。剣之介は再び捕えられ、由希奈も研究所で身体検査を行うことに。一方、イエロークラブと共に出現した小型ジオフレーム「カクタス」の一部は、山岳地帯へと逃げ込んでいた。

脚本：待田堂子／絵コンテ：岡村天斎／演出：鳥井聖美／作画監督：上竹哲郎／総作画監督：西畑あゆみ 自分が長い間眠っていたと分かり、侍ふべき主もいない今、生きる意味を見失ってしまった剣之介。だが由希奈の叔父である薬師和尚に誘われ、由希奈や小春が暮らす和尚の家に身を寄せることになった。電化製品や食事、洋服など見るもの触るもの食べるものすべてが珍しく、いちいちオーバーリアクションで驚く剣之介に困惑する由希奈。そんな様子を微笑ましく見守る薬師和尚は、剣之介が使う日用品の購入と現代に早く慣れるためにと、由希奈とショッピングモールへ買い物に行くことを提案する。

脚本：森田繁／絵コンテ：平松禎史／演出：高橋正典／作画監督：宮下雄二／総作画監督：石井百合子 剣之介と由希奈の神経系には、剣之介が「クロムクロ」と呼ぶアーティファクトと接続するための分子回路がインプラント形成されていた。現代の科学技術で取り除くことは難しく、唯一クロムクロを動かせる剣之介と由希奈は、国連の指揮下に入ることになる。国連所属の軍属となったものの、同じ部隊にはクラスメイトのソフィー・ノエルが所属しており、今まで通りに学校へ行くことも許されていた。ようやく平穏な日々が戻ってきたかに思えた由希奈だったが、久しぶりの学校で待ち受けていたのは転校生、剣之介の姿だった。

脚本：森田繁／絵コンテ：許琮／演出：熨斗谷充孝／作画監督：向川原憲／総作画監督：西畑あゆみ 衛星軌道上から大型ジオフレーム三体が降下を始めたことを確認した黒部研究所のグラハム少佐は、パイロットたちに緊急出動を発令。剣之介、由希奈、ソフィーの三人も学校から現場へ急行することに。いち早く現場である富山きときと空港に到着した剣之介と由希奈は、ジオフレームと戦闘を開始。その足元で市民たちが自衛隊の誘導に従い避難を始める中、スマートフォンを片手に人の波に逆らうよう進む由希奈のクラスメイト、赤城涼斗と茅原純大の姿があった。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：吉原正行／演出：岩月甚／作画監督：小倉恭平　斉藤大輔　宮川智恵子　上村牧子　金情銀　沼田くみ子／総作画監督：石井百合子 大型ジオフレーム「イエロークラブ」から現れた人型のパイロットは、ヒドゥと名乗り自爆して命を絶った。咄嗟の機転でクロムクロへの被害は最小限に抑えられたが、その様子はネット上でリアルタイム配信されており、瞬く間に世界各国へと拡散され大きな波紋を呼んでいた。パイロットがヒューマノイドであったことにショックを受けた由希奈は、これ以上戦うことを拒否。意気消沈したまま登校する由希奈は、カルロスから赤城と茅原が先日の戦いを見に行ったまま戻らないことを聞かされる。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：細田直人／演出：高橋正典／作画監督：宮下雄次　杉光登　野道佳代　さのえり　永田正美／総作画監督：西畑あゆみ 突如送られてきた侵略者からのメッセージ。彼らは「エフィドルグ」と名乗り、クロムクロの返還を要求してきた。国連本部ではどう対応するかで意見が割れたものの、現状維持を選択。黒部研究所も今まで通りクロムクロの運用を任されることになった。そんな状況下で由希奈は周囲から期待を寄せられるが、戦いたくないことを理由に家を出てしまう。由希奈を探そうとする剣之介だったが、改めて自分は彼女のことを何も知らないことに気付く。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：伊藤秀樹／演出：伊藤秀樹／作画監督：三浦茉奈　鄭喆敎／総作画監督：石井百合子 鬼について研究をしていた父・岳人の手記に書かれていた「鷲羽の城があった山の中腹」という言葉を手がかりに、黒鷲谷に向かった由希奈は、山中で「カクタス」と遭遇。驚きのあまり足を滑らせ転んで気絶してしまう。状況を知らない剣之介、そして赤城と茅原は由希奈の行方を追うのだが……。

脚本：待田堂子／絵コンテ：高橋正典／演出：秦　義人／作画監督：山崎敦子　山本径子／総作画監督：石井百合子　西畑あゆみ 大型ジオフレーム「ロングアーム」のパイロット・フスナーニは黒部研究所へと連行され、精密検査が行われることとなった。国連地球外生命体研究局員の尋問にも大人しく応じ、450年前に訪れたとき築いた“枢”がある事故で破損したこと、そしてその“枢”の破片“枢石”を探索していると告げる。

脚本：待田堂子／絵コンテ：岡村天斎／演出：菅沼芙実彦／作画監督：川面恒介　秋山有希 警備兵を倒し脱走したフスナーニは、遠隔操作で倒れたはずのロングアームを起動。グラハム少佐は突然動き出した敵に対処すべく、GAUSとクロムクロの出撃命令とフスナーニ捜索を指示する。出撃のため格納庫へ向かう由希奈だったが、突如目の前に現れたフスナーニに捕らえられてしまう……。由希奈の危機を知った剣之介は、刀を受け取り由希奈の助けに向かった。

脚本：森田繁／絵コンテ：許琮／演出：許琮／作画監督：関口可奈味　大東百合恵　秋山有希　川面恒介　三浦茉奈 明日から夏休みという剣之介たちだったが、彼らには一時の平穏も訪れず……。由希奈と剣之介には夏休みの間、黒部研究所でソフィーたち守備隊メンバーとの地獄のトレーニングが待っていた。湖上デッキでトム教官が檄を飛ばす中、そこにはもう一人、GAUSパイロットを目指す彼の姿もあった。

脚本：森田繁／絵コンテ：鎌倉由実／演出：神原敏昭／作画監督：佐藤友子　山本径子　桝井一平／総作画監督：西畑あゆみ 夏休みが明け、由希奈たちの教室では文化祭の企画会議が進められていた。ありきたりの企画が並ぶ中、茅原の「教えて！ エフィドルグ」という討論会企画に注目が集まる。文化祭準備は滞りなく進み、いよいよ文化祭の当日。世間の注目を集める中、公開討論会が始まったのだが……。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：伊藤秀樹／演出：岩月甚／作画監督：杉光登　三浦奈菜／総作画監督：石井百合子 剣之介に再度刀を振り上げるムエッタを、突如現れた謎の男の刃が止める。二人が交戦するなかソフィーたちは剣之介を外へ連れ出し、ヘリで黒部研究所へと運ぶも、それを追うためにエフィドルグの母艦から大型ジオフレームが投下される。

脚本：森田繁／絵コンテ：今泉賢一／演出：太田知章／作画監督：金銀善／総作画監督：西畑あゆみ 立山町内では先の戦いにより、町から離れる人々が急増。それは研究所職員も例外ではなく、職員の子どもたちが通う立山国際高校でも転校する生徒が多くなっていた。親友たちが去ってしまうことに沈む教室内。その中に転校のことを言い出せないカルロスの姿があった。

脚本：森田繁／絵コンテ：山本秀世／演出：高橋正典／作画監督：川面恒介　秋山有希　杉光登　三浦奈菜 黒部研究所では、一人乗り用GAUSのテストのためシェンミイとセバスチャンが運用シミュレーションを行っていた。どちらも優秀な成績をあげる一方で、交代したソフィーは精彩を欠く結果となる。いつもとは雰囲気の違うソフィーを不思議に思う剣之介だったが、彼女が両親から帰国を迫られていることを知る。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：柿本広大　橘正紀／演出：大西景介／作画監督：ハン・ミンギ　門智昭　大東百合恵　上村牧子 潜入したミラーサとムエッタの所在を突き止めるため、グラハムは黒部川下流域の全面的な捜索を指示する。ムエッタのことを雪姫と疑わない剣之介は由希奈と共にクロムクロで捜索に出るが、時を同じくしてエフィドルグの母艦から一体のジオフレームが投下。予想落下地点の近くにはGAUSの部品を輸送中の米空軍輸送機があった。

脚本：待田堂子／絵コンテ：岡村天斎／演出：太田知章／作画監督：三浦菜奈　杉光登　福井麻記／総作画監督：西畑あゆみ 剣之介と由希奈に、洋海から三ヶ月分の給料が手渡される。最初は研究所に仕えたわけではないと拒否していた剣之介だが、背に腹は変えられぬと受け取ることに。思わぬ収入を喜ぶ由希奈は、小春と和尚、剣之介と温泉旅行に行くことにする。さらに美夏も誘おうと学校で声をかけると、なぜか話が大きくなり転校するクラスメイトたちまで巻き込んでしまい…。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：許琮／演出：今泉賢一／作画監督：山崎敦子　猪飼一幸／総作画監督補佐：杉光登　三浦菜奈／総作画監督：西畑あゆみ 黒部研究所へと連れて行かれたムエッタは、研究によりDNA型が由希奈と完全に一致することが判明。一同は由希奈がムエッタと間違えられて連れ去られたことを確信する。洋海は由希奈を奪還するため奔走するのだが……。

脚本：檜垣亮／絵コンテ：平牧大輔／演出：平牧大輔／作画監督：森島範子　秋山有希　佐竹秀幸　金弼康　伊藤奈美／総作画監督：西畑あゆみ 由希奈はミラーサの追撃をかわしながらエフィドルグの母艦内を逃げ回っていた。そんな由希奈を奪還すべく、剣之介はムエッタと共にクロムクロに乗り込み母艦への侵入を目指す。またその頃ソフィーの元に現れたゼルは、エフィドルグの目的について語り始める。