１２歳の少年、茂上駿太はバトスピチャンピオンシップで優勝して、世界に一枚しかないＸレアカード「午の十二神皇エグゼシード」を手に入れる。 その夜、駿太は謎の声に導かれ、バトスピ始まりの世界、スピリッツワールドに呼び込まれた。 そこで出会った司祭の末裔エトは、かつて邪神皇を封じて何処かへ行き眠りについた十二神皇があり、そのひとつ「午の十二神皇エグゼシード」を持つ駿太こそ十二神皇に選ばれた勇者だという。 邪神皇復活阻止のために共に戦ってくれと頼むエトに戸惑う駿太だが、そこに邪神皇復活を目論む暗黒バトラーのイヌイ将軍が現れ、バトルする羽目になる。 駿太はスピリットが本当に召喚されるスピリッツワールドのバトルに驚きながらも、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚。十二神皇の持つ効果【封印】を使って、【走破】を発揮！イヌイ将軍を打ち破る。 こうして、十二神皇を探す駿太の旅をはじまった。

駿太とエト達は、スピリッツワールドに現れた勇者のひとり、ヨク・アルバトロサと出会う。 国の交渉ごとまで何でもバトスピで決めるというバルガルドから来たヨクに、エトは勇者として邪神皇復活阻止のため力を貸して欲しいと頼む。ヨクは関係ないと断る。だが、スピリッツワールドが崩壊すると、バトスピでつながった世界にも危険が及んでしまう事をエトから知らされる。 そこへ暗黒バトラーの赤騎士カブトーが現れ、イヌイ将軍に勝った駿太にバトルを挑む。 バルガルドも危ないと聞いたヨクは、駿太に代わってバトル相手を買って出る。 ヨクはバルガルドとまったく違うバトルに戸惑い、カブトーに追い込まれる。しかしヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、反撃に出る。≪封印≫時の効果【飛翔】によって、カブトーを圧倒！カブトーのスピリットとライフを一掃して、勝利するのだった。

十二神皇の一枚、「未の十二神皇グロリアス・シープ」が伝わる村を駿太たちは訪れる。しかし、村は暗黒バトラーの襲撃を受けた後だった。村長から十二神皇をメイという少年に託して逃がした事を聞き、助けに向かう。 逃げるメイだったが、その道中でサンドラットに十二神皇を奪われてしまう。そこへ暗黒バトラーたちを束ねる最強バトラーのタツミが現れる。 タツミにバトルを挑まれたサンドラットは、メイに十二神皇を返してバトルを押しつける。メイはタツミとカードを巡ってバトルする羽目になる。 そこに駿太達も駆けつける。 追い込まれながらもメイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚し、守りを固める。しかしタツミは、異魔神ブレイヴ「龍魔神」を召喚してスピリット２体とブレイヴさせ、アタック。「未の十二神皇グロリアス・シープ」を破壊して、メイのライフを削りきる。敗北したメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を奪われてしまう。

タツミが見せた異魔神ブレイヴの戦いぶりは凄かった。十二神皇と一緒に異魔神ブレイヴも探すことにする駿太達。 メイも旅に誘うが、メイは尻込みして断ってしまう。 村長からもらった船で村から出発する駿太達。 だが、双子の暗黒バトラー、ワビーとサビーが立ち塞がる。 駿太とヨクは互いに自分がバトルすると言い張って仲違い。結局、駿太がワビーと、ヨクがサビーとバトルして、どちらが早くバトルに勝つかで勝負することになる。 バトルフィールドの出現を見たメイは気になって駆けつける。 優勢にバトルするワビーとサビー。ライフ残り２個に追いつめられる駿太とヨクだが、「午の十二神皇エグゼシード」と「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、あっという間に形勢逆転。ワビーとサビーに勝利する。 しかし早くライフを削りきった駿太とスピリットを一掃して勝ったヨクは、自分の勝ちだと譲らず、また仲違いを始めてしまうのだった。

メイは奪われた十二神皇を取り戻すため、旅についていく事を決意する。 その道中、荒野のとある町に寄った駿太たちはバトスピで遊ぶ子供達を見かける。駿太は、バトスピチャンピオンシップ決勝戦を思い出す。そこで久し振りに決闘ではないバトスピをメイと楽しむことにする。 そんなメイの様子を見ていたヨクはメイを連れ出し、決闘を申し込む。 十二神皇を取り返すためには、決闘で勝たなければならない。ヨクの叱咤で決意したメイはバトルアーマーを装着、ヨクとの決闘に応じる。 一切容赦せずメイのライフを削るヨク。しかしメイは守るばかりで、ヨクのライフを削れない。 そんなメイにヨクは十二神皇を取り返す覚悟があるのか、と問う。あるに決まっている、メイはヨクのライフを削って、その覚悟を示す。 そこに「未の十二神皇グロリアス・シープ」を託された暗黒バトラー、ケンゴーが現れる。ケンゴーは駿太とヨクに互いの十二神皇をかけた決闘を申し込む。

駿太とヨクは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を取り返すため、どちらがケンゴーとバトルするかで揉め、駆けっこで勝負をつけることになった。 一方、イヌイ将軍は、ケンゴーが赤の勇者である駿太に勝つと自分の面子が保てないと悩んでいた。それを聞いたサンドラットは、駿太の足止めを引き受けた。 日の出を合図に駆けっこはスタート。だが、駿太は寝坊し、ヨクに置いて行かれる。 しかし、ヨクはサンドラットに赤の勇者と勘違いされ、足止めされてしまう。そのおかげで駿太は先に決闘の場にたどり着き、ケンゴーとバトルを始める。 ケンゴーが使う「未の十二神皇グロリアス・シープ」の鉄壁の守りを崩せず、駿太は残りライフ１個まで追い詰められる。だが、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、一気に反撃。ケンゴーのライフを削りきって逆転勝利。 取り戻した「未の十二神皇グロリアス・シープ」を駿太は約束通り、メイに渡すのだった。

新たな十二神皇を探す駿太たちは、古い神殿があるという渓谷へ向かう。しかし、別れ道で駿太とヨクが、またまた喧嘩。二人は譲らず、二手に分かれて進む。だが、すべては暗黒バトラー、ズッチーの罠だった。駿太とヨクは道を塞がれ、エト達の待つ船に戻れなくなってしまう。 二人を分断したズッチーは十二神皇を奪うべくメイにバトルを挑む。メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を守るため、そのバトルを受けて立つ。 バトルドームの光を見て駿太とヨクはメイの危機に気づいて、船に戻ろうと急ぐ。 バトルは「甲殻剣士ラミニフェンサー」を召喚したズッチーが一気に勝負を決めようとしていた。負けるかも、と弱気になるメイ。 そこに塞がれた道を協力して抜けてきた駿太とヨクが戻ってくる。二人の声援を受けたメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚。≪封印≫を使って、ズッチーを撃破。 駿太とヨクは勝利したメイの健闘を褒めまくるのだった。

エトが様々な世界からバトスピカードが集まるソウルスポットを発見する。 異魔神ブレイヴを求める駿太達は、さっそくソウルスポットに向かう。 辿り着いたのは不気味な大神殿。大神殿の奥、カードを手にできる聖域に辿り着くには『厳しい試練』をくぐり抜けなければならない。 大神殿に入った駿太、ヨク、メイの三人は数々の難関を知恵と勇気と気合いでクリアし、最後の大広間に辿り着く。 すると突如、バトスピカードが現れ、スピリットが出現する。『厳しい試練』とはバトルだったのだ。三人は異魔神ブレイヴを手に入れるべく、全員で試練に挑む。だが、次々と繰り出されるＸレアの総攻撃に次第に追いつめられていく。 ヨクとメイの十二神皇までもやられる絶体絶命の状況を駿太が「午の十二神皇エグゼシード」で突破し、試練に打ち勝った。 だが手に入ったのは、緑の異魔神ブレイヴで……駿太ではなく、ヨクの手に渡るのだった。

メイはヨクに故郷のバルガルドのことを聞く。 バルガルドの名門アルバトロサ家に生まれ、幼い頃から厳しいバトスピの特訓を受けてきたヨク。そのヨクの心の支えは優秀な兄ザルクだった。兄のようになりたいと思うヨクは、スピリッツワールドで何かを掴みたい、とメイに語る。 一方、異魔神ブレイヴが欲しい駿太は新たなソウルスポット探しに躍起になっていた。その道中で、一行はキャラバン隊と遭遇、もてなしを受ける。だが、これは罠だった。暗黒バトラーのアザスは、眠り薬を使って駿太たちの十二神皇を奪おうとする。 罠にかからなかったヨクは十二神皇を守るため、アザスと決闘することになる。 ヨクは青属性を巧みに使うアザスに苦戦を強いられる。だが、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚、さらに「風魔神」とブレイヴさせて、反撃。見事、アザスを打ち破る。 その活躍に駿太は異魔神ブレイヴがもっと欲しくなるのだった。

駿太は、こっそり船を抜け出して、異魔神ブレイヴを探しに行く。 それを知ったサンドラットは、レアカードが集まるバトスピ市場へと駿太を誘う。 ここなら見つかるかも、と駿太は大興奮するのだが、空振りが続いてしまう。そこに占い師に化けたサンドラットが近づく。 サンドラットは異魔神ブレイヴを餌に、駿太の十二神皇を盗もうとする。 だが、その時、「午の十二神皇エグゼシード」が市場に出るという声を聞く。 十二神皇は世界に１枚しかない、駿太は市場のカードがニセモノばかりだと気づく。 騒ぎになる市場、そこへ市場の主カシラーが現れ、駿太に決闘を挑んだ。 受けて立つ駿太だが、市場のニセカードがデッキに紛れて大苦戦。残りライフ１に追いつめられる。 だが、ニセモノの中に本物の異魔神ブレイヴ、「炎魔神」が紛れていた。 駿太は「炎魔神」と「午の十二神皇エグゼシード」をブレイヴして、反撃。カシラーのライフを一気に削って逆転勝利を決めた。

駿太達は山の前で通行止めに遭う。麓の村で聞くと、ノブシーというバトラーがバトルで勝たなければ通さないと、道を塞いでいるという。 村の少年トワは、山の向こうに出かけて帰れない両親に会う為に駿太のデッキを盗み、ノブシーにバトルを挑もうとする。 事情を知った駿太はトワに替わってバトルを引き受けるが、ノブシーは駿太達を狙う暗黒バトラーだった。道の解放と、十二神皇をかけて駿太はバトルする事になる。 バーストを使うノブシーに駿太は苦戦する。「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して駿太は反撃するが、「超覇王ロード・ドラゴン・セイバー」でノブシーにライフを回復されてしまう。しかし駿太は異魔神ブレイヴ「炎魔神」を召喚し、一気に逆転。「午の十二神皇エグゼシード」と「庚獣竜ドラリオン」にブレイヴさせ、【走破】の連続アタックでノブシーのライフを削りきる。 ノブシーを倒したことで、道は解放され、トワは両親と再会したのだった。

新たなソウルスポット、ガイオーの壁。その前で駿太達とイヌイ将軍は鉢合わせした。 そのガイオーの壁の試練に挑む駿太、ヨク、イヌイ将軍。だが、10ターンを耐えるという試練に駿太とヨクは失敗してしまう。 タツミのためにと、精一杯頑張るイヌイ将軍は、堅固な防御でしのいでいくが、スピリットは全て破壊されてしまう。それでも諦めず、「黒天狐ネガ・ナインテイル」を召喚して、最後の10ターン目を迎える。 最後のターン、ガイオーの壁から「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」が繰り出され、「黒天狐ネガ・ナインテイル」を疲労させられてしまう。 万事休すかと思われたが、イヌイ将軍はマジック「ピュアエリクサー」で「黒天狐ネガ・ナインテイル」を回復させて、ブロック。さらにガイオーの壁が繰り出したスピリットを全て手札に戻し、10ターンを耐えきった。 試練をクリアしたイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を手に入れる。

十二神皇を手に入れたイヌイ将軍は、さらなる十二神皇を手に入れようと考える。 一方、ヨクは試練に失敗し、十二神皇がイヌイ将軍に渡ってしまった事を悔やんでいた。そこにサンドラットがやってくる。サンドラットはイヌイ将軍の頼みで、駿太を探していた。それを知ったヨクは駿太の替わりに自分を連れて行け、とサンドラットに迫る。サンドラットもそれを受け入れ、ヨクを連れて行く。 そして、ヨクとイヌイ将軍、互いの十二神皇をかけたバトルが始まった。 イヌイ将軍はデッキ破壊をしかけ、ヨクの「風魔神」を破棄する。ヨクはデッキアウトされる前に勝負を決めようと「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」で攻める。 それを凌いだイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」で反撃。≪封印≫から【突進】を発揮し、ヨクのスピリットを全滅、さらにデッキまでも削りきる。 デッキアウトでヨクは敗北、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を奪われてしまう。

イヌイ将軍が手に入れた「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」はバトルで勝った者に譲られることになり、張り切る暗黒バトラー達。 一方、駿太達はエトからタツミの正体を明かされる。 かつて邪神皇を封印した十二神皇に選ばれし勇者の長、タツミはその末裔だった。平和になったスピリッツワールドで、一族が衰退していく事にタツミは焦っていた。一族の復興と異世界へ流れ出ているソウルコアの力を取り戻すためタツミは十二神皇を探す旅に出る。その中で、シシと出会う。シシは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」をタツミに託し、封印されている邪神皇をコントロールすれば、スピリッツワールドを救う事が出来るという、予言を伝える。 一方、十二神皇争奪戦の場にタツミと同じ勇者の末裔のキキが現れる。そのパートナー、ヨロイが争奪戦に参戦。カブトーに勝利して「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を手に入れる。 更にタツミは駿太達をおびき寄せる罠を張る。

罠と知らず古城に着いた駿太達を待ち受けていたのはヨロイだった。 「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を取り戻すためヨクがヨロイの相手を引き受け、駿太達は城中へ急ぐ。しかし城内ではキキが待っていた。 駿太にバトルを挑んだキキは黄属性の使い手だった。【聖命】やマジックで、駿太を翻弄し、異魔神ブレイヴ「天魔神」を召喚する。 異魔神ブレイヴの登場に驚く駿太。キキは「天魔神」を「魅惑の覇王クレオパトラス」と「賢獣スピンクス」にブレイヴさせ、アタックする。 一方、ヨクはヨロイが使う「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」に完敗する。 同じ頃、駿太は「炎魔神」を召喚し、「午の十二神皇エグゼシード」と「ドラリオン」にブレイヴさせる。異魔神ブレイヴと十二神皇の力で、駿太は何とかキキに勝利する。敗けたキキは「十二神皇」を手に入れてのリベンジを誓う。 そして、駿太達は、遂にタツミと対面する。

十二神皇を渡せと駿太に迫ったタツミは、勇者一族の栄光と繁栄復活のため、ソウルコアの力も、邪神皇も、全ての十二神皇の力も手に入れるという。バトスピで繋がる全ての世界を滅ぼしかねない危うさに戦慄するエト。 タツミの計画を阻止しようとバトルを挑んだ駿太は「午の十二神皇エグゼシード」と「炎魔神」のブレイヴアタックでタツミのライフを一気に削るが、とどめの瞬間、マジック「ポイズンブレス」に阻まれる。 駿太のアタックを防ぎ切ったタツミは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を召喚する。そして《封印時》効果の【呪縛】で「午の十二神皇エグゼシード」諸共、駿太のスピリットを全て消滅させ、駿太に迫る。その攻撃を駿太は防ぐことができず、負けてしまい、「午の十二神皇エグゼシード」をタツミに奪われる。 ライフのソウルコアを砕かれた衝撃で意識を失った駿太を連れ、エトたちはその場を脱するのだった。

「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を取り返せず、落ち込んでいたヨクだが、かつて兄ザルクに言われた「どんな時でも、勇気を持って次の一歩を踏み出すんだ！」という言葉を思い出し、勇気を取り戻す。 そして駿太も目を覚まし、「取られたら取り返せばいい」とタツミたちへのリベンジを誓う。 一方、シシは新たな「午の十二神皇エグゼシード」の使い手として、駿太のライバル、大牙和巳をスピリッツワールドに召喚する。駿太が持っていた「午の十二神皇エグゼシード」に執着する和巳は手に入れる為、ケンゴーとのバトルでその実力を示す事になる。 同じ頃、エトシンモリの神官達が駿太とヨクにＸレアカード２枚を届ける。エト達の役に立ちたいとあちこち探して見つけてきたのだ。 一方、和巳は駿太に敗れた怒りと憎しみ、勝利への執念でケンゴーに競り勝ち、「午の十二神皇エグゼシード」を手に入れる。 そんな和巳にタツミは駿太へのリベンジをけしかける。

邪神皇復活の兆しの嵐が吹きすさぶ中、駿太とヨク達の船は落石で止まってしまう。 そこへ、「午の十二神皇エグゼシード」をタツミに与えられた大牙和巳が現れる。 ライバルとの再会に喜んでいた駿太だが、和巳がタツミたちの仲間になっていると知って、戸惑う。そんな駿太に和巳は敵意を剥き出しにしてバトルを挑む。駿太は「午の十二神皇エグゼシード」を取り返すため、受けて立つ。 和巳は「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、【走破】で駿太のライフを一気に削る。 駿太も「庚天獣レディアント・ペガス」と「炎魔神」を召喚して反撃に出る。「炎魔神」に「庚天獣レディアント・ペガス」、「庚獣竜ドラリオン」をブレイヴさせて、和巳に迫る。 だが、和巳は「双光気弾」で「炎魔神」を破壊して、「庚天獣レディアント・ペガス」を返り討ちにする。 駿太に「大嫌いだったんだよ！」と言い放った和巳は、駿太のライフを削りきって勝利してしまうのだった。