異能 ー「エクシード」に目覚めた少女たち、「プログレス」の保護・育成を行う「青蘭学園」。 繋がった5つの世界から集められたプログレスたちは、彼女たちの力を強化する能力を持った 「αドライバー」とともに日夜訓練に励んでいた。

御影葵をはじめとする先輩プログレスとのブルーミングバトルを終えた紗夜たち。 そして、些細な一言がきっかけで、紗夜と天音の関係には変化が生じる。 一方で、世界の敵「ウロボロス」とプログレスの戦いも本格化しようとしていた。

ウロボロスとの戦いを終えた紗夜たちは出撃したプログレスたちが戦闘を行っていた 「龍神諸島」へ調査に向かう。 そこで彼女たちが見た物はウロボロスとの激闘の痕跡だった。

黒の世界「ダークネス・エンブレイス」に赴くことになった紗夜たち。 そこでは、各世界にとって重要なエネルギーである「エクストラ」の減少が確認されていた。 調査を進める彼女たちの前に、立ちはだかったのは――

ヴァンパイアなのに「恥ずかしくて吸血ができない」というコンプレックスを持つアルマリア。 そんな彼女に、ソフィーナは自分の血を吸うよう迫る。 尊敬する先輩からの誘いに、動揺するアルマリアだったが…

ウロボロスの動向を調査するため、赤の世界「テラ・ルビリ・アウロラ」に向かう紗夜たち。 そこで待ち受けていたのはエルエルの親友レミエルだった。 闇堕ちしたレミエルはエルエルに「私たちは友達？」と問いかける。