どこにでもいる普通の女子高生・宮下アキ、牛丸ミク、白銀レイカの3人。 彼女たちは不思議な招待状に呼び出されて「GIRLS」という組織を訪れる。 そこで待ち受けていたのはピグモンと名乗る女の子であった。

GIRLSの指導係・ピグモンから、自分たちが「怪獣娘」であることを知らされたアキたち。 変身のキーとなるデバイス「ソウルライザー」も支給されるが、そう簡単に変身できるはずもなく……。

怪獣娘へ変身できるようになったミクラス（ミク）、ウインダム（レイカ）。 アキは自分だけが変身できないことに焦りを覚えていた。そんな中、アキは最強の怪獣娘・ゼットンに出会う。

立派な怪獣娘になるため、見習いとしてGIRLSの仕事を手伝うことになったアギラ（アキ）たち。 しかし、初めての仕事は街角でのチラシ配りという激しく地味なものだった。

久しぶりの休日。アギラはミクラス、ウインダムに連れられて初めて原宿へ遊びに行くことに。 ところ変わっても大怪獣ファイトの話ばかりしているミクラスに近づく怪獣娘の姿があった。

アギラたちは、ピグモンから正規のGIRLS隊員になるためのテストがあることを知らされる。 怪獣娘としてどんな進路を選ぶのか。何を目標にするのか。3人はそれぞれに思いを巡らせる。

最近、街で頻発している火災騒ぎ。 どうやら暴走してしまった怪獣娘のしわざらしい。 これ以上被害が広がる前に暴走怪獣娘を保護しなければならない。 アギラたちは、初めての怪獣バトルに挑む！

初めての地方出張。行き先は大阪。 待ち構えるは、大怪獣ファイトの若手ナンバーワン選手にしてアイドル怪獣娘・ゴモラ。 果たして、アギラはゴモラの試練を乗り越えられるのか……！

エレキングの手伝いで札幌までやってきたアギラたち。 ウインダムは同好の士であるエレキングと「おまぴと」トークができるかも、と期待に胸を膨らませる。 しかし、予想外のハプニングが彼女を襲う。

古都・京都。 ゴモラと再会したアギラたちは、せっかくなので観光をすることに。 ふらりと訪れた清水寺で何やら騒いでいる二人組がいる。 それはレッドキングと、その弟子ザンドリアスだった。

いよいよGIRLSのテストが始まった。 筆記試験と面接でクタクタの3人。 最終試験の怪獣バトルが始まる直前、エレキングから緊急連絡が入った。 人類、そして怪獣娘の敵・シャドウが動き出す。

無数に出現する謎の敵・シャドウ。 先輩怪獣娘たちに負けじと活躍を見せるアギラ、ウインダム、ミクラス。 しかし、さらなる強敵シャドウ・ビーストが出現！3人は窮地に立たされてしまう。