新人训练家在常磐森林收服了皮卡丘，从此与皮卡丘一起开始了精灵宝可梦世界的旅程……

国际警察帅哥搜寻坂木的下落，并发现坂木是常磐道馆的馆主。然而，当他们进入常磐道馆时，却发现坂木早已离开……

少年青绿前来挑战四天王，他能否成功？而在他之后，赤红也来了，他能否最终与青绿决一胜负？

在宝可梦联盟的建筑前，国际刑警帅哥拦住了小银，问起他是否有父亲坂木的消息。小银回忆起了三年前最后一次见到父亲的情景……

执着于寻找水君的米那君来到了当年凤王复活三圣兽的烧焦塔，回忆起关于三圣兽的故事……

熔岩队的最终计划即将开启，篝火要登上潜艇和其他成员一起前往寻找固拉多时，被赤焰松叫住……

海洋队老大水梧桐找到盖欧卡，准备释放它的力量来实现自己改变世界的愿望时，泉突然出现了 ……

记者玛莉和小戴来到绿岭宇宙中心，在一个秘密的房间里找到了一个绝佳的独家新闻素材……

少女芽米带着她的吉利蛋穿过百代森林看到了一座洋馆，在那里等待着他们的是什么呢？

银河队老大赤日终于召唤出了帝牙卢卡和帕路奇亚来创造他所想要的新世界，神奥联盟的冠军竹兰前来阻止他，却看到了惊人的一幕……

冥王和银河队余党试图召唤席多蓝恩重振银河队，麦可赶来时发现晚了一步，他的念力土偶也被席多蓝恩打伤，正当麦可不知所措之际，一只敏捷的不良蛙出现了……

艾莉丝和她的赤面龙来到了宝可梦联盟，看到等离子队的基地建筑——N的城堡从地下升起，接着，等离子队除了魁奇思之外的六位七贤人也随之出现。他们一个接一个地说了一大堆大道理，被艾莉丝训斥后恼羞成怒想要围攻她，这时候似乎有什么人过来了……

等离子队在城市中为所欲为，而维奥也找到了夏卡，和控制了酋雷姆的阿克罗玛两路夹击，逼迫他交出基因之楔。酋雷姆的力量，让整座城市陷入了冰封……

N带着莱希拉姆前去阻止魁奇思的阴谋，却让酋雷姆和莱希拉姆实现了合体，魁奇思把一直视他如父亲般的N称为“怪物”，还命令合体后的焰白酋雷姆攻击他。N试图用心灵感应来感化被合体的莱希拉姆，可是焰白酋雷姆依然对他发动了攻击……

故事来到卡洛斯地方。弗拉达利实验室的主人弗拉达利发布了他的全息影像投影技术，大受欢迎，而他也向卡露乃宣称自己要让美丽的东西保持它永恒的美丽。看似为人民谋求福祉的背后，弗拉达利和他这个会带来永恒的美丽的“Y计划”到底隐含着什么秘密呢？

一个冷酷无情的邪恶人物“艾丝普莉”在街上抢夺别人的精灵球，帅哥带着他从前女助手玛琪艾儿的妙喵——“喵茸”去抓捕她，可是喵茸却在她的腿边撒起了娇……

A new champion rises. An ancient king returns. A sorrow that has lasted 3,000 years is brought to an end.