古代の秘宝の手がかりが無くなり困り果てるジョーカー。そんな時、テレビに映ったロシアの研究所にある宝石『レッドコメット』に大興奮するホッシーを見て、早速その研究所に向かう。同じニュースを見た赤井翼も研究所へと向かうが、そこでは宇宙人を捕獲しようとする危険なマッドサイエンティスト、ドクター・ネオが待ち構えていた。

古代の秘宝の手がかりを求めて広大な砂漠へと来たジョーカーとハチは、お宝『ファラオの仮面』を狙ってやってきたクイーンと偶然出くわす。しかしそこは、ファラオが支配する王家の砂漠だった。ファラオは魔術で魂を『鉄の仮面』に移し、仮面をかぶった人間を操り太古から支配してきたのだ。クイーンの身体を乗っ取り、新たな王の身体にしようと襲い掛かるファラオ。果たしてジョーカーは無事クイーンを救出し、古代の秘宝の手がかりを掴めるのか！？

次にジョーカー達は、古代の秘宝への手がかりを追ってインドの寺院にある『ガルーダの像』を探しに来ていた。そこでは神の目を持つと崇められているチャパという少年が村人達に数々の奇跡を行っていた。変装して近づくジョーカーとハチだが、チャパにやすやすと正体を見破られてしまう。捕まってしまったハチ救出のため、ジョーカーは突飛な方法でチャパに勝負を挑む。

スペードの飛行船に遊びに来たジョーカーとハチは、幼いアイドルのコンサート写真を見つける。それはなんとダークアイの幼い頃の姿「プリティーアイ」だった。ジョーカーとスペードがまだ怪盗見習いだった頃、お宝を狙って忍び込んだコンサート会場でアイと出会う。しかし、３人は同じお宝を狙う怪盗パンプキンに執拗に追いかけられ大ピンチ。３人は協力してなんとかパンプキンを撃退しようとするが…。

日頃の宝探しの疲れを癒そうと、金有のゴージャス温泉に立ち寄ったジョーカー達４人。療養ついでに温泉にある『特大ゴージャスダイヤ』も頂こうと計画する。だが怪盗に邪魔はつきもの、待ち構えていた鬼山警部、デビル・ファングの怪盗キューピッド、果てはコマンドー殺子も乱入し、四つ巴の大混浴、いや大混戦に。怪盗キューピットの放つ愛の矢が、全員を更なる大混乱を招き…。

卑弥呼の不老不死にまつわるお宝「命の壷」に古代の秘宝への手がかりがあると見たジョーカーたちは甲賀の里へ向かう。それを知った里のご隠居は百鬼丸に壷の警護を任せるが、フェニックスへの手掛かりが欲しいドクターネオ率いるロボット軍団に奪われてしまう。ジョーカー、ハチ、百鬼丸は協力して壷を取り返そうとするが…。