小智在结束了在卡洛斯地方的旅行后来到了阿罗拉地区，在那里，小智将体验从未有过的校园生活。他与同学邂逅，与校长见面，见到了在阿罗拉地区新人使用的宝可梦们，究竟他在阿罗拉地区会有怎样的旅行呢？

得到Ｚ手环和电Ｚ而留在阿罗拉地区的小智，在宝可梦学校上学，与他同班的新朋友为他准备了惊奇欢迎会，在见识到大家的实力之后，众人在午餐的时候见到卡璞・鸣鸣，小智更追到森林和它展开对战，在卡璞・鸣鸣教导下使出Ｚ招式…...

住在库库伊博士家的小智，从他那里得到一本宝可梦图鉴，经宝可梦洛托姆进入之后，成为会说话的解说员，成为小智的同伴。另一边厢，来到阿罗拉地区的火箭队三人组：武藏、小次郎和喵喵遇上痛恨皮卡丘的谜拟Ｑ，又很巧合地再遇上小智…

得到洛托姆图鉴之后，小智想收服在阿罗拉地区的第一只宝可梦，但却因为皮卡丘在对战时受伤而失败。就在休息的时候，一只饥饿的木木枭被甜竹竹的香味引来。正当喂饱了它的小智想收服它的时候，它却向森林飞走，要跟同伴们汇合。

小智因为借鱼竿的原故来到水莲家，沿途听到水莲和球球海狮相遇的事迹和他们的理想：利用球球海狮吹气球的能力潜入深海寻找宝可梦。洛托姆却对气球的可塑性存有很大怀疑。翌日户外课时球球海狮竟做出令洛托姆意想不到的事。

小智因为将库库伊博士家的食物全部浪费掉，需要前往购物街补仓，巧合遇上了马玛内。正当两人逛街的时候，购物街的防火闸突然全部关上，使两人和他们的宝可梦分开。突发事件竟然是和火箭队三人组有关。再次遇上劲敌谜拟Ｑ的皮卡丘，陷入险境。

小智在阿罗拉经常遇到一只流浪的火斑喵，是只会周围向人拿东西吃的宝可梦。一天，它抢了小智的午餐，小智即决定要找出它并将它收服。放学时小智遇到受了伤的它，治理后带回家休养，怎料半夜火斑喵独自出门，跟著它的小智终于发现它的用心…

大木校长给了小智他们一项实习，要他们照顾一只宝可梦的蛋。众人都建议由莉莉艾主力照顾，但莉莉艾基于自己连宝可梦的蛋也不敢碰，显得很没信心。放学后小智帮忙护送宝可梦的蛋到莉莉艾家，即兴和管家詹姆斯进行宝可梦对战切磋，就在这时，房间传来莉莉艾的叫声…

决定要挑战诸岛巡礼的小智，首先要在美乐美乐岛通过考验，才能挑战岛屿之王哈拉先生，而考验的挑战，就是要解决目前岛上的严重鼠患。拉达和小拉达群的捣乱，再加上哈拉先生事先声明不以对战解决的要求下，小智能否找到解决的办法呢?

顺利通过考验的小智，不但因为解决拉达和小拉达的问题而得到赞扬，更得到挑战岛屿之王哈拉先生的大考验的机会，而且击败霸主宝可梦之后得到的Ｚ纯晶，令小智他们的实力提升，而战胜哈拉先生的秘诀，就在于由之引发的Ｚ招式。

宝可梦学校放假，小智一大早就和库库伊博士一起努力地进行Ｚ招式的特训。之后偶然遇到了在父母家的牧场帮忙的卡奇，于是，小智为了与卡奇进行对战，决定去卡奇家帮忙。

在阿罗拉地区过着懒散又沉长的生活的火箭队三人组，一天突然接到了本部的来电，被问到如今在阿罗拉地区的活动是否顺利。虽然勉强蒙混过关，但他们也深感如此下去不妙，于是决定要去捕捉新的宝可梦。

小智从同学玛奥那里得知即将举行宝可梦松饼竞跑大赛。这是训练家与宝可梦协力在不弄倒的前提下以最快速度搬运堆积在盘子上的松饼的赛跑。颇有兴趣的小智与皮卡丘一同参加了比赛。可是，卫冕冠军诺雅的雷丘却似乎和皮卡丘较上了劲，处处挑衅皮卡丘。加上火箭队三人组前来捣乱，小智能顺利完成比赛吗？

在大家的悉心照料之下，宝可梦的蛋终于孵化了。小智等人非常兴奋。作为管理人一直努力至今的莉莉艾更是感动。但由于自己无法接触宝可梦，莉莉艾很快又消沉了下来。这天放学回家路上，火箭队盯上了带着白滚滚的莉莉艾……

一天晚上，回到家中的小智和库库伊博士发现看家的岩狗狗居然受了伤。为了找出它受伤的原因，库库伊博士在家中安装了监控，秘密监视着岩狗狗的动向。监控中的岩狗狗居然跑到了外面。慌忙追赶的小智，亲眼目睹了意外的景象。

这天，小智、水莲、玛奥与宝可梦们在海边玩耍。正当木木枭与球球海狮一起进入水气球里玩闹时，突然一阵狂风吹来，木木枭与球球海狮连同气球一起被吹向了远方。在两只宝可梦正因迷路困惑不已时，野生的火斑喵出现了。看样子，火斑喵似乎能把两只带回原来的地方，只是…

小智到学校之后发现贵重的电Ｚ突然不见了，就在小智慌忙的寻找时，沉迷侦探剧阿罗拉侦探拉奇的洛托姆决定化身成侦探去寻找小智的电Ｚ，然而电Ｚ却出现在了……

为了帮助玛奥制作出特色炖菜，小智决定和玛奥一起外出寻找制作特色炖菜的重要材料——金黄色花蜜。

在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予Ｚ手环的不可思议的宝可梦再次出现了！为了测试小智的能力，第二次的对战马上就要开始了！

小智在听说有关宝物岛的信息后，和皮卡丘一起前往小岛探险。羁绊进一步加深的小智和皮卡丘，在黄昏时发现了悬浮在空中闪耀着光芒的宝可梦？