探偵事務所でくつろぐ明智小五郎、小林少年とマユミ。 明智の読む新聞に興味をみせる小林少年。 そこに黒いアイツがあらわれる…

目が覚めると赤い部屋にいる小林くんたち。 目の前には明智椅子に座った怪人二十面相がいる。 怪人二十面相「ようこそ我輩の赤い部屋へ」・・・珍しくシリアス！！

悲嘆にくれる少年探偵団。憎しみに燃える小林少年。 本当に明智小五郎はしんでしまったのか？ そこに現れたのは、お手伝いさんのばあや！ばあや？

怪人フェスティバルに突如現れた、少年探偵団と明智。 ばあやの正体は？！明智の正体は？！･･･説明しよう！！！

ついに怪人二十面相と最終決戦！！！ 果たして少年探偵団は未来を守れるのかっ！？守れるのかっ！！！？？？