1910年代……由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。那里是一个为了获取可用于军事的力量，而收集、研究各地超常现象的特殊机构。栖凤中学三年级的岩元胡堂根据军方的训令，前往各地进行调查。此次岩元前往的，是一个飘落着“黑雪”的村庄。在那里，岩元遇见了一位生活在宛如地下牢房般的石墙中的、显得十分脆弱的少年。这与能够消除痛苦记忆的神秘超常现象之间，究竟有何关联……！？

奉校长之命，岩元前往某座神社对该神社的灵验程度进行“补充调查”。在那里，他遇到了“前任”——原町海。虽然岩元对能力成谜、难以捉摸的原町感到困惑，但他还是与他一同前往神社进行调查。在那里，他们发现了一棵巨树，树上密密麻麻地插满了写着人们怨言的镰刀，俗称“断缘镰”。据说这棵巨树拥有实现插镰者“愿望”的神奇力量，但这种超自然现象的真相究竟是什么……

栖凤中学·前线部队的宿舍里突然出现了一个巨大的“虫茧”。这个一夜之间出现、将各种事物卷入其中的茧，乍一看便知是异形之物。统率前线部队的鸠柳老师对此景象勃然大怒，断定这是隔离设施里学生所为。岩元为了洗清隔离设施的冤屈而展开调查，但其出人意料的结局究竟是……！？随后，奉校长之命前往调查“尸人传说”的岩元面前，出现的竟是那位有辍学倾向的后辈——天羽总一郎。

岩元和天羽正在调查《尸人传说》。两人混在一群可疑的黑衣人中潜入瓦斯工厂，眼前所见却是身着白大褂的男子们正在粉碎冰冻的尸体。面对因对方行为而勃然大怒的岩元，他们却淡然道出了一个令人震惊的事实……！？随后，岩元、原町和天羽三人奉校长之命前往料亭“龙宫城”。抵达后，他们看到的是一大堆尸体和黑玫瑰。就在这时，一个脸上绽放着黑玫瑰的男人突然挡在了他们面前。

刚在与飞沫原的生死搏斗中获胜不久，突然出现了一位一手拿着威士忌的英国人——沃特冈。他专程从大英帝国远道而来，为“推荐”岩元，随即发动袭击企图将岩元带回。面对自称“规格狂人”且拥有操控水之能力的沃特冈，擅长操控火焰的岩元处于下风，陷入苦战。而被沃特冈抓获的天羽则采取了背水一战的行动，然而……！？