「新しい仲間！！新しい絆！！」 花村望は、外国で暮らす妹・かれんの病状が快復したとの知らせを受けて会いに向かう。りっぷたちはビッグヒューマルの望のもとに向かい、かれんと知り合う。かれんが大切にしているお守りを見せてもらうりっぷたち。なんとそのお守りは、フェアリルが生まれる種、フェアリルシードだった。

「新学期がはじまるよ！」 かれんが持っていたフェアリルシードから生まれたフェアリル、りん。りんとかれんはいつでも通信できるように、フェアリルゴールから魔法の鏡を受け取る。そしてりんは、りっぷたちと共にフェアリルスクールに通うことに。新学期を迎えるフェアリルスクールは、新たな姿に生まれ変わろうとしていた。

「フェアリル魔法薬学、マッシュ教授登場」 りっぷたちの今日の授業はフェアリル魔法薬学。先生の名前はマッシュ教授、助手の名前はめぐみ。マッシュ教授の指導で、りっぷたちは好きな髪形になる魔法薬を作ることに。 「りん、はじめてのお休み」 寝坊してしまい慌てるりんだが、その日は休日だった。りんは学校内を出歩くが、どの子もみんな忙しそうにしていて、りんは一人きりで……。

「友達できるかな？かれんのドキドキ新学期」 日本の小学校に通うようになったかれんは、友達が出来ないことに悩んでいた。一方、カノとハルトは、いつも一人でいるかれんのことが気になっていた。なんとか話し掛けようとするカノたちだが、失敗ばかり。リトルフェアリルのりんたちもかれんが心配になり、いても立ってもいられずに、かれんに会いにビッグヒューマルへと向かう！

「こわ～いこわい！闇魔法学の先生！」 マジカルフェアリルスクール内の肖像画たちのウワサによると、新しい闇魔法学の先生は強い力を持つ恐ろしいフェアリルらしい。そんな話を聞いてしまったりんは、怖くて眠れなくなる。そして翌日、闇魔法学の授業が始まるが、現れた先生は……。 「寮の夜はフシギがいっぱい！」 寮の談話室で夜遅くまで勉強しているりっぷたち。何かの気配を感じて校内を探るが何もない。りっぷたちは怖がりながらも、その正体を突き止めようとする。

「デビュー！フェアドルゆみり！」 望の夢は、フェアリル研究家になって、世界中の人々にフェアリルを信じてもらうこと。夢に向かって勉強する望を見て、りっぷも自分の夢であるアイドルに向けて頑張ろうと、改めて決意する。りっぷは花咲ゆみりとして、テレビのアイドルオーディション番組に応募するが、なんとレオン先生も応募してしまう。そして、波乱のオーディションが始まった！

「魔法洋裁学、シィプ先生登場」 りっぷたちの今日の授業は魔法洋裁学。シィプ先生の指導で、りっぷたちはフェアリルマジックで編み物をすることに。服作りが好きなすみれは、特に熱心にがんばろうとするが……。 「ジョンメケのお笑い学へ、ようこそ！」 リトルフェアリルを支配しようと企み、封印された、ジョンメケ。時は流れ、リトルフェアリルに再び現れたジョンメケは、先生として現れて、お笑い学を教えてくれるという……。

「りんが捕まっちゃった！？」 かれんの家に遊びに来たりんだが、かれんは宿題で忙しかった。邪魔しないために、りんは一人で散歩に出かける。一方、フェアリルに会ったことがある絵里に、もっと詳しく話を聞こうと近付く怪しい三人組がいた。絵里は聞かれるままに、クリスマスの日にフェアリルたちと遊んだことなどを話す。三人組の名はアゲハ、ゼミィ、キリギリ。その正体は、目的は何なのか？

「魔法の鏡で入れ替わっちゃった！」 魔法の鏡を使って、変身して遊んでいたりんとかれん。魔法の鏡の鍵穴にフェアリルキーをさしたら、なんと二人の姿と中身が入れ替わってしまった。元に戻れない二人は、そのままの姿で生活することに。りんはかれんとして小学校に行くが、はたして無事に過ごせるだろうか？

「ヒミツのパジャーマパーティー！」 自分たちでパジャマを作り、かれんも誘い、夜の寮室で女の子だけの秘密のパーティーを計画するりっぷたち。しかし、りっぷたちの様子を怪しむダンテたち男の子が、こっそり調べに来て……？ 「魔法対決！？帰ってきたドン＆くり！」 ぼっくり先生の元に突然現れた、かつての友人であるドンとクリ。二人はぼっくり先生を倒すために帰ってきたらしい。三人の過去に何があったのか？そして戦いの行方は！？

「カラフルマジカルピーコック！」 りっぷたちの今日の授業は魔法美術学。ピーコック先生の指導で、りっぷたちはお絵描きすることに。しかし、りんはお絵描きに自信がなかった。 「きびし～い寮長、ミセスセルバン！」 いつも厳しくマジカルフェアリルスクールをとりしきる、ミセスセルバン。そんなミセスセルバンには、とある秘密があった……。

「あこやの思い！夢をかなえるドーナッツ！」 モデルのオーディションに出ることになった、マーメイドフェアリルのあこや。あこやのモデルの先輩であるルコも出場したオーディションだったが、結果はなんと、あこやが選ばれることに。それ以来、二人の仲はなんだかギクシャクしてしまう。そんな二人のために、マーメイドフェアリルのフィッシュたちが立ち上がるが……。

「フェアリルキーで空を飛ぼう！」 ホッパーコーチがマジカルフェアリルスクールの先生になった。りっぷたちは体育で「エアーステッキー」の授業を受けることに。エアーステッキーとは、フェアリルキーを使って空を飛ぶこと。いつも成績優秀なローズは、エアーステッキーでも一番を狙うが、なんとフェアリルキーが言うことを聞いてくれなくて……？

「星に願いを」 トゥインクルフェアリルのスピカは、仲間のベガとケンカになってしまい、リトルフェアリルにやって来る。ちょうどその日は七夕で、スピカはみんなと一緒に、願いごとを短冊に書くことになるが……。 「オリーブの修行」 リトルフェアリルとビッグヒューマルのため、フェアリルゴールのために、自分は何ができるのかと日々思い悩むオリーブ。そんなオリーブを、フェアリルゴールは散歩に誘う。

「あなたへの音楽」 フェアドル花咲ゆみりとして、望に正体を明かせないままアイドル活動を頑張るりっぷ。一方のローズは、ヴァイオリニストとしての活動に消極的な優斗にやきもきしていた。そんなある日、優斗にテレビの出演依頼がやって来るが、優斗は気にもかけない。優斗の音楽を大勢の人に聞いてもらいたいローズは、優斗のために自分は何ができるかと思い悩む。

「魔法の鏡で大きくなっちゃった！」 フェアリルゴールたちの許しを得て、魔法の鏡を使ってフェアリルチェンジでヒューマル姿になる練習をするりん。かれんも一緒に大きくなって、二人は外に遊びに出かけることに。いつもより大人の姿になった二人に、街ではいろんな事件が待っていた！

「フェアリルキーとバディの魔法」 りんたちの今日の授業は、バディについての報告会。ビッグヒューマルに行ったことのない生徒たちも、ヒューマルに興味津々に。魔法の鏡を通して、かれんやカノ、ハルトとお話しすることに。カノとハルトも、いつでもバディのひまわり、ダンテと話せたらいいのにと思う。そんなハルトが試しにフェアリルキーで呪文を唱えたら、なんと魔法が使えちゃった……！？

マッシュルームフェアリルののこ、ドット、ダケたちマッシュシスターズは、三人でビッグヒューマルに行くことに。フェアリルチェンジの魔法でヒューマルに変身した三人は、ビッグヒューマルを見て回る。立ち寄ったカフェの店主・しめじは、あまりにも引っ込み思案で、客の相手をできないでいた。のこたちはほうっておけず、協力を申し出るが……。

ジュエルペットたちが暮らすジュエルランドでは、ルビーとラブラが、ガーネット、サフィー、エンジェラに、クリスマスにフェアリルたちと出会った時のことを話していた。ルビーはりっぷたちにまた会いたくなり、魔法を使って会いに行くことに。一方、ビッグヒューマルに遊びに来たりっぷとりんは、アゲハたちに追いかけられていて……！？

リトルフェアリルでは、りんやりっぷたちが課外授業でサマーキャンプに出掛けることに。りんは、かれんもフェアリルに変身して一緒に行こうと誘う。今までキャンプに行ったことのないかれんだったが、勇気を出して参加することに決める。はたしてかれんたちに、どんな冒険が待っているのか？