夢川ゆいは楽しいことやゆめ可愛いものを想像したり夢見ることが大好きな、パパラ宿に住む小学6年生。女の子の憧れであるアイドルテーマパーク「プリパラ」へ行くことを夢見ていたが、パパラ宿にはプリパラがなく、周りの友だちも女の子アイドルには興味がない様子。そんなある日、ゆいはパラ宿のプリパラで大人気のアイドル・真中らぁらと出会う。

開店したてのパパラ宿のプリパラでアイドルデビューの夢をを叶えたゆい。プリパラをもっと活気づけようと意気込むゆいとらぁらだったが、ひょんなことからゆいはプリパラに行けなくなってしまう。悲しむゆいを救うため、らぁらは破天荒な作戦を思い付く。

6月に行われるプリパラの大会に向けて、メイキングドラマを考えるゆい。豊かな想像力のおかげでたくさんの案が思い浮かぶが、どれも決定打とならない。先輩アイドルとしてらぁらも様々なアドバイスをするが、ゆいは自分の世界に入り込んでしまいらぁらは振り回されっぱなし。何とか作り上げたゆいのメイキングドラマとは一体・・・！？

パパラ宿のプリパラはオープンしたてでアイドルやお店も少なく、寂しい雰囲気に包まれていた。ゆいとらぁらが先頭に立ち、盛り上げようと努力するが道は険しい。そんな中、オオサカ・プのプリパラに所属している神アイドルのみれぃがパパラ宿に遊びに来ることになった。2人は慌てて活気あるプリパラに見せようと、あの手この手を使うが・・・。

プリパラを盛り上げるためレッスンに励もうとするゆいとらぁら。早速レッスン室の予約をプニコンに頼むが、プニコンは何もわからない様子。困った二人はパラ宿からやって来たクマに、マネージャーの先輩としてプニコンの指導をお願いする事に。張り切るクマだがプニコンのマネージャー修行は一筋縄ではいかなくて・・・。

プリパラに来てくれる女の子は少しずつ増えてきたものの、まだまだパパラ宿では男プリの方が大人気。どうやったら女の子の心をつかめるのか？そのヒントをつかむために男プリ潜入を決意したゆいとらぁらは、男プリファンクラブのヒツジ隊と一緒に地下トンネルを通って男プリへ。そこで初めてWITHのライブを目の当たりにしたゆいは・・・。

ゆいとらぁらがプリパラの紹介番組を持たせてもらえることになった。プリパラの良い宣伝になると喜ぶ2人にさらに心強い仲間が加わった。それはなんとそふぃ！みれぃに続く神アイドルの来訪をプリパラの集客に繋げるべく、様々な番組企画を用意し待つ2人。ところが当日、2人の前に現れたのはハシビロコウで・・・！？

パパラ宿プリパラの大会の参加資格は、新人のみ与えられることを知ったゆいとらぁら。このままアイドルが増えず、大会が開かれないとなるとパパラ宿のプリパラは閉鎖、同時にらぁらの神アイドル資格も剥奪されてしまうというのだ。アイドルのスカウトにいっそう力を入れる2人は、前から目をつけていた女の子に早速声をかける。

プリパラの噴水広場は未だお店が増えず閑散としていた。そこでアイドルにとって大切な要素である「メイク」にまつわるお店をオープンさせようと、ゆいとらぁらはチアガールのちあこをメイクアップアーティストとしてプリパラに勧誘する。最初は乗り気でなかったちあこだったが、メイクを教えることに少しずつ楽しさを見出していた。ところが気付かぬうちにチアガールのメンバーとは溝ができていて・・・

ゆいとらぁらは、あと一押しすればにのがアイドルデビューしてくれるのではないかと、今日もスカウトに向かう。一方にのは、2人があらゆる手段を使ってプリパラに自分を勧誘する熱意を尊敬しつつも、アイドルデビューには興味がない様子。そんな時、意外な人物がにのの心を揺さぶって・・・

にのが出場するソフトボールの試合とアイドルタイムグランプリが重なり、いよいよプリパラの存続が危ぶまれる。なんとかしてにのを出場させたいゆいとらぁらはにのに試合で早く勝ってもらい、大会へ向かってもらおうと手を尽くす。始めは有利に試合を進めるにのだったが、だんだん雲行きが怪しくなる。

にのをアイドルタイムグランプリに出場させるべく、ついにらぁらもソフトボールの試合に参加する。相手チームにペースを崩され、点差が縮まらず焦るにのだが、何とか仲間の救援で逆転のチャンスを迎える。次の打者はにの。にのは試合とアイドルタイムグランプリ、2つの勝利を手にするのか！？

パラ宿のプリパラに遊びに来たゆいとらぁら。ゆいは憧れのパラ宿のみんなと会い大感激。らぁらも久々にみんなと再会し喜び合っていたが、突如メカ姉ぇが現れ、自爆装置のカウントダウンがスタートした！自爆を止めるにはライブでメカ姉ぇを感動させることが必要だが、メカ姉ぇの心の琴線に触れるライブは出来るのだろうか！？

パラ宿を追放され、パパラ宿にやってきたガァルマゲドン。らぁら達が喜んだのも束の間、自由奔放なあろまとみかんのイタズラにアボカド学園は大騒ぎ。パパラ宿の支配を目論むあろまは、肩こりに悩まされる気弱な少女、みちるに手下として小悪魔になるよう契約を持ちかけるが・・・。

みちるを手中におさめたと調子づくあろまにらぁら達は呆れ顔。さらにあろまはみちるをプリパラデビューさせようとあれこれ計画を練っていた。みちるはあろまに逆らえず言いなりになってばかりだが、プリパラには行かないとあろまに伝える決意をする。

プリパラが人気を集めることに焦りを抱き、プリパラに関わる生徒への取り締まりを強化し反感を買うミミ子。ミミ子が唯一信用していたババリアもプリパラを支持するようになってしまったのが取り締まりにさらに拍車をかけたようだ。そんなババリアは孤立を深めるミミ子を心配し、ゆいとらぁらにミミ子救済の相談を持ちかける。

第2回アイドルタイムグランプリを有利に進めることができるグッズをかけ、借り物競争大会がプリパラで開催されることになった。ゆい達はそれぞれ強力な助っ人をつけレースに臨む。しかし各チームに課せられたお題はなかなかハードルの高いもので・・・！？

ゆい達の地道なプリパラの宣伝活動が実を結び、賑わうプリパラタウン。そのおかげで第2回アイドルグランプリも無事に迎えることができ、ゆいは興奮していた。この勢いのままグランプリも制覇したいと意気込むゆいだが、にのやみちるもグランプリに対する思いは熱い。ゆいは無事に二連覇を飾ることができるのか。

第2回アイドルタイムグランプリを大成功におさめたゆい達。ほっと一息つく間もなく、ゆい達はめが姉ぇに旅に出るよう命じられてしまう。話を聞くとどうやらパパラ宿のプリパラの宣伝大使として全国各地に赴き、宣伝活動をして欲しいということらしい。快く引き受け旅立つゆい達だが、最初に到着したプリパラはある問題を抱えていて・・・。

最初の巡業を終え、次に向かった先はポッカイドウ・プラノのプリパラ。らぁら達はアイドルタイムも貯めるべく、プラノのプリパラカフェでお手伝いをすることになった。食の宝庫の名の通り、プラノはご飯がおいしくカフェも大盛況。ユメプリカのおにぎりもあっという間に完売してしまった。ゆいは追加のユメプリカを調達しようとおつかいに向かうが、その途中ショウゴと出くわす。