聖地アルビオンでキャスカを取り戻し、無事に鍛冶屋ゴドーの小屋に帰り着いたガッツ。そこで彼が目にしたのは、リッケルトと旧交を温める、アルビオンで受肉したグリフィスの姿だった。激情に駆られて斬り掛かるガッツ！そこに因縁深き使徒ゾッドが割って入る。剣技を高めた二者による、極限の攻防が始まった！！

烙印がもたらす災いから逃れるため、ガッツはパックの故郷・妖精郷を目指す。しかしキャスカを連れての旅路は厳しく、ガッツの内にはいつしか闇が膨らみつつあった。一方、アルビオンでガッツと別れたファルネーゼとセルピコは、騎士団を捨ててガッツを追っていた。寒空の下でセルピコは、自分がファルネーゼに拾われたころを思い出していた……。

クシャーン軍に占拠された都市・シェトにグリフィスが現れた。異形の兵を駆っては都市を解放する鮮烈な姿に、捕虜の少女・ソーニャを始めとする人々は預言の「光の鷹」が舞い降りたことを知る。その一方、ガッツの元にはファルネーゼとセルピコ、そしてイシドロが訪れていた。彼らは旅の同行を願い出るが、ガッツの返答は――。

ガッツに同行するファルネーゼは、旅において無力な自分に打ちひしがれてしまう。それでも聖都に帰ろうとしない彼女に、セルピコは驚きと戸惑いを感じていた。人里を避けて旅する一行。ある森では、キャスカとファルネーゼがトロールにさらわれてしまった！手柄を立てようと張り切るイシドロだが…!?そして離れた場所では、彼らを見守る謎の影が――。

森で行き倒れていた老人モーガンを助けたガッツ一行は、霊樹の館に迷い込む。そこで彼らを迎えたのは魔女フローラとその愛弟子のシールケ。モーガンはフローラに、トロールに襲撃を受ける村を救ってほしいと懇願。魔女はシールケを遣わすことを決め、ガッツに助力を求めた。その夜、魔女の館で久々に羽を伸ばす一行。そこでガッツたちは魔術や、この世界の深淵について聞かされるのであった……。

トロール退治のためイーノック村に到着したシールケとガッツ一行。しかし司祭を始め、村人の対応は冷たい。ガッツの機転で村に留まるものの、シールケの気持ちは晴れない。さらにはガッツに「ガキの使い」と言われ、彼女の苛立ちは募るばかり…。直後、ガッツたちは異様な気配を察知！百匹を超えるトロールの群れがイーノック村に迫りつつあった。戦が、始まる――!!

トロールに追われて寺院に避難する村人たち。シールケが張った結界はトロールを退けるが、そこに巨体の化け物・オーグルと、水を操る化け物・ケルピーが出現。ガッツとセルピコは魔術の時間を稼ぐため、それぞれが強敵と対峙する！　ガッツたちが死闘を繰り広げる間、シールケは術の行使を進めていた。そして彼女は精神世界で、この地を守護していたある神殿を見つける。

トロールにさらわれたキャスカとファルネーゼを奪還するため、ガッツたちは敵の巣くう洞穴に侵入。そこはクリフォトと呼ばれる幽界で、魑魅魍魎がひしめく異様な空間だった。そのころ、目を覚ましたファルネーゼは捕らわれていたイーノック村の女性と出会う。しかし彼女はファルネーゼの前で、無残な死を遂げる。ファルネーゼの悲鳴が洞穴に、そして念話でつながるガッツたちに響く……！

霊樹の館ではフローラが不気味な甲冑に護符を刻んでいた。彼女のそばには旧知の友人・髑髏の騎士の姿が。髑髏の騎士は甲冑の危険性を忠告するが、フローラは静かに愛弟子たちへの信頼を語る。一方、ガッツ一行はフローラが待つ館へと向かっていた。消されていた結界と不穏な気配に、シールケの不安は膨らんでいく。そして彼らが目にしたものは、燃え盛る館と戦魔兵の襲撃だった……！

第１期からの振り返り特別編。

使徒・グルンベルドに対抗するため、ガッツはフローラが遺した狂戦士の甲冑を装着する。身体の奥底から湧き上がる凶暴性に染め上げられ、ガッツは狂戦士として覚醒！ 甲冑の力は凄まじく、ガッツはグルンベルドを徐々に追い詰めていく。しかし甲冑は、生命や理性と引き換えに力を得る危険な呪物であった。闇に駆られて暴走するガッツを前に、シールケはある行動に出る！

海岸線を旅するガッツ一行。海ではしゃぐイシドロや海鮮料理を振る舞うセルピコなど、それぞれ久々の穏やかな時間を楽しんでいた。しかし裏では連戦の傷がガッツを蝕んでいく…。その夜、ガッツとシールケは髑髏の騎士と出会う。相手はガッツに狂戦士の甲冑の来歴、そしてキャスカを復活させる「花吹雪く王」の名を告げる。希望を見出し笑みをこぼすガッツ。そこにクシャーンの魔導生命体が迫る――！

スケリグ島へ向かう船を探すため、法王庁教圏の鎮守府・ヴリタニスを訪れたガッツ一行。直後、イシドロの無神経な言動でシールケが走り去ってしまった。シールケは街中で、クシャーン奴隷の亡骸や、木々を犠牲に建造された大型船を見る。残酷な森の外の世界に打ちひしがれるシールケ。そこに、不思議な雰囲気の少女が声を掛けてくる。果たして彼女の正体は…。