大ファンのアーティスト、FreyMENOWのライブのため、 東京にやってきたつばめ。 しかしライブは異様な雰囲気に包まれ、FreyMENOWは囚われ、 つばめも命を狙われる。 そこに神楽坂トライナリーのメンバーが駆け付け、 事態の収拾に当たるが、その混乱中で、 つばめの力が目覚める。

新人隊員としてトライナリーに参加することになったつばめ。 同じく新人隊員の神楽も合流し、２人は急速に仲良くなってゆく。 トライナリーとしての任務をこなしつつ、 カフェでのおしゃべりや、気になる男子とお祭りに繰り出したり、 ゆるやかな普通の日常を送るつばめたち。

アーヤの秘められた日常を探るガブ、 神楽と秋葉原でデートするつばめ…… 普通の女の子としての、トライナリーのメンバーの時間が流れて行く。 ある時、まるでゲームの中の空間を模したようなフェノメノンが発生。 事態に当たるメンバーは、まるでゲームのキャラクターのように、 戦いを繰り広げることになる。

トライナリーは、みやびの実家のある海岸で合宿をすることに。 各々が海での楽しい時間を満喫する中、 前回の任務の際、神楽との関係がぎこちなくなったつばめは、 なんとか仲直りしようと会話を試みる。 しかし神楽は予想外の態度を取り、 そしてそこに、フェノメノンまでが発生するのだった。