老人のような見た目の冴えないサラリーマン・犬屋敷壱郎。 念願のマイホームを建てるも愛する家族に疎まれ、やるせない日々を送っていた。 そんな犬屋敷を末期の胃がんという更なる悲劇が襲う。家族にもがんの事を言い出せず途方に暮れていた犬屋敷はその夜、突如飛来したUFOの墜落に巻き込まれ、兵器ユニットを搭載した機械の体に生まれ変わる。 「私は、私ではない...私は機械...」人間ではなくなってしまった犬屋敷。自分の存在に悩む犬屋敷は偶然、男性が少年たちに襲われそうな場面に遭遇する。 勇気を振り絞り助けに入った犬屋敷を少年たちはバットで殴りつける。犬屋敷が意識を失ったその時、彼の体に眠る人智を超えた力が目覚めて...。

生まれ変わった機械の体で人を救っていくことに自身の存在意義を見出した犬屋敷。 一方、犬屋敷と同じく機械の体に生まれ変わった高校生・獅子神皓。獅子神は家族や親友以外の人間にはまるで思い入れを持たず、機械の体の力で無差別に殺人を繰り返していた。 彼は犬屋敷とは逆に人の死を間近に感じることで、生の実感を得ていたのだ。 ある日の夕方、学校帰りの獅子神は軽い足取りで適当な民家に立ち入ると、そこに住む住人一家を機械の力で容赦なく皆殺しにする。獅子神の凶行を察知した犬屋敷は急いで民家へと向かう...。

殺したはずの犬屋敷が無傷で立ち上がったことに獅子神は動揺すると、その場から飛び去った。 その姿を見て、犬屋敷は獅子神が自分と同じ機械の体であることを確信する。 その翌日から犬屋敷は飛行能力や治癒能力など新たな能力が使えることに気づくと、その能力を駆使して更に人助けを行っていく。 一方、獅子神はなぜ犬屋敷を倒せなかったのか戸惑いながらも、親友である安堂直行をいじめの標的としていた不良グループと対峙する・・・。

全身に入れ墨をまとった極悪非道な暴力団員・鮫島は気に入った女性を見つけると拉致し、 薬漬けにした上で乱暴することを繰り返していた。 弁当屋で働くふみのは背は小さいが美人で、恋人の悟ちゃんからのプロポーズを受け、幸せな日々を思い描いていた。 しかし、ある晩、ふみのは鮫島に目をつけられ、手下たちによって拉致されてしまう。 ふみのは何とか鮫島の元から逃げ出して、悟の家に逃げ込むが、そこに鮫島たちが押し入ってくる。 ふみのを守ろうと立ちはだかる悟の首に手をかける鮫島。その時、鮫島の凶行を察知した犬屋敷が駆け付けるが、鮫島に銃弾を撃ち込まれて昏倒してしまう...。

連続民家襲撃事件が大きく報道され、獅子神の犯行を唯一知る安堂は苦悩する。 そんな安堂は偶然目にした「各地の病院で治療困難な患者が回復している」というニュースから、獅子神と同じ能力を持った人物がもう一人いるのではないかと仮説を立てる。 安堂が助けを求めるウソの声を上げたところ、安堂の家を大慌てで犬屋敷が訪れた。 犬屋敷がニュースで報じられていた重病人を回復させている人物である事を聞いた安堂は、 犬屋敷を本物のヒーローだと称賛し、獅子神を止めて欲しいと懇願する。 一方、離婚して別居している父親の家から帰宅した獅子神は、 最愛の母から末期のがんに侵されていることを告げられる...。

十人以上の警察から逃れた獅子神であったが、 直後、連続民家襲撃事件の容疑者として全国に指名手配され、母との幸せな時間は終わりを告げた。 行き場を無くした獅子神は、彼に好意を寄せるクラスメイト・渡辺しおんの家に身を寄せる。 一方で犬屋敷は安堂のサポートを得て、機械の体の能力を使いこなしつつあった。 そんな折、獅子神の母・優子がテレビで謝罪する姿を見た犬屋敷と安堂は、獅子神の動向に不安を感じる。 獅子神も優子の身を案じていてニュースをチェックしていたが、 「連続民家襲撃事件　犯人の母親が自殺」と速報テロップが入る。 獅子神は上空へと飛び出すと、終わらない慟哭を響き渡らせるのであった・・・。

獅子神は自身の無実を信じるしおんに自分の体が機械になったこと、 また生を実感するためにこれまで多くの人の命を奪ってきたことを告白する。 「もっともっと人を殺す...この国の人間を全部...」しおんに無情な宣告をする獅子神。 しかし、しおんはそれでも獅子神に置いていかないでほしいと懇願する。 これまで獅子神が奪った人にも未来や大切な人がいたと泣き叫ぶしおんに獅子神はある提案をする・・・。

侵入した特殊部隊から銃の乱射を受ける獅子神。 獅子神は銃撃の巻き添えになり倒れたしおんとしおんの祖母を抱え、何とかその場を脱出する。 気絶した2人を安全なところに避難させると、しおんとの幸せな生活に別れを告げ、涙を流し飛び去る。 別の日、獅子神や安堂のクラスメイトで犬屋敷の娘、麻理は偶然にも犬屋敷と安堂が一緒に病院に入るところを目撃し、彼らの後を追う。 彼らが入っていった病室の様子を窺うと、そこでは麻理には信じられない出来事が起きていた。 その後、犬屋敷が火災現場へと飛び立っていく姿を見て呆然とする麻理。同じ日の夜、深い絶望に打ちひしがれた獅子神は復讐を決意し、警察署を襲撃する・・・。

獅子神による警察署襲撃事件が大きく報じられる中、獅子神は各地の街頭ビジョンをジャックし、 日本に対し宣戦布告をするとともに「今から100人殺します」と宣言。 手始めに新宿で無差別に殺人を開始する。 獅子神が携帯電話を通して無差別殺人を行っていることに気づいた安堂は、 犬屋敷の能力で緊急警報を発信し、人々を携帯から遠ざけることに成功する。 携帯からの殺人を邪魔された獅子神だが、今度は街頭ビジョンを通して引き続き発砲を行い、 100人を殺害すると「明日から1日1000人」殺害すると宣言し姿を消す。 獅子神の凶行を止められず肩を落とす犬屋敷。 あくる日、獅子神はまたも非情な行動に出る。

新宿での無差別殺人を行った翌日、より多くの人を殺害するために獅子神が取った行動は、 都内に飛行機を次々と墜落させるという非情なものだった。 安堂から連絡を受けた犬屋敷は墜落を阻止すべく、能力を駆使して何機もの飛行機を操り、 ギリギリのところで無事に着陸させることに成功する。 更に犬屋敷は、飛行機墜落による火災で高層ビルに閉じ込められている麻理の救出に向かおうとするが、 そこに現れた獅子神から攻撃を受ける。 一刻の猶予も無い中、必死で麻理のもとへ向かおうと飛ぶ犬屋敷とそれを追う獅子神。 同じ機械の体を持つ者同士の戦いは熾烈を極めていく・・・。

新宿で多くの人を救い、自宅に戻る犬屋敷。犬屋敷は帰宅を待っていた家族に自身が機械の体である事を告げ、家族のもとを去ろうとする。しかし、家族は機械になった彼の存在を受け入れ、涙を流して抱き合う。 一方、犬屋敷との戦いで両腕を失った獅子神は安堂のもとを訪れていた。安堂は獅子神の来訪に戸惑うが、獅子神を激しく断罪する。大切に思っていた親友に強く存在を否定された獅子神は、失意の中、安堂の前から姿を消す。 犬屋敷は自分を受け入れてくれた家族と幸せな時間を過ごしていたが、巨大隕石が直撃する未曽有の危機が地球に迫っている事を知る。世界中が絶望に暮れる中、犬屋敷は家族を守るという決意とともに隕石に向けて飛び立つのだった・・・。