時は寛永、太平の世。“慈尊院村”で腕を磨く忍び達の中に交じる、異彩を放つ少年と少女。甲賀八郎、伊賀響――実の兄妹にして契りを結ぶことを宿命づけられた若き棟梁達――響はその事実を受け入れているようだが、八郎は…。

賊に襲われた徳川忠長は精鋭“甲賀五宝連”に救われる。が、そこに棟梁である八郎の姿はない。八郎は村を密かに出て行こうとしていた。八郎と響の、お互いの瞳術が交錯することで生じた“何か”が再び発現するのを恐れて…。

突如現れた“成尋衆”なる者達の一人、孔雀啄。その人智を超えた絶技に蹂躙されていく甲賀五宝連の面々。最後に残された老獪なる甲賀忍者、七斗鯨飲は一計を案じ、死中に活路を見出さんとする。