ジョーの新たなる冒険が幕を開ける！ ある日キラを追ってたどり着いたのは、未開の地"自然文明"だった。そこは一面に木々が生い茂り、たくさんの植物や昆虫のクリーチャーが暮らしていた。はしゃぎまわるジョーだったが、不用意な行動からトラブルに・・・。

ジョーに続き自然文明に足を踏み入れたボルツ。合流したジョーと共に遊び回っていたが、自然文明ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの１人カブト鬼が現れるのだった！！

ももちゃん一家からピクニックに誘われたジョー。イラストレーターの父を持つももちゃんとお絵かき大会をする約束をしたのだが、二人とも肝心の画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが・・・。

ジョー行きつけの親父のうまいラーメン屋の味を盗むべく、スパイを企むシャチョー。企みに気づいたジョーと親父が阻止するも、シャチョーに逆恨みされてしまう。ラーメン屋のお客を横取りするためライバル店を立ち上げたシャチョー。お客争奪を巡るグルメ大戦争が勃発する！！

山で出会った少年トンボと謎の少年トテントを町で見かけたジョー。声をかけるが凄い勢いで逃げられてしまうのだった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い２人の後を追跡するジョー。怪しすぎる行動を繰り返す２人の正体とはいったい・・・

商店街の福引で旅行を当てたるるは、ジョーやぴょんこ姫たちとクルージング旅行を楽しんでいた。しかし、ひょんな事から無人島に吹き飛ばされてしまったジョー。孤島に取り残されたジョーの生き残りを賭けた無人島サバイバルが始まる！！

どんな事にも「ＯＫ」としか答えられなくする恐るべき能力を持った「オッケーBｒｏｓ」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なるイエスマンへと変えていく。そんな状況に目をつけたウサギ団は、ジョーにレアカードを渡すよう要求するが・・・！？

自然文明に次々落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへさらうその星の正体は、ゼーロが仕掛けた罠だった。何も知らないトンボは黒い星に触ってしまい、闇文明へと飛ばされる。そこに待ち受けていたのはゼーロとの闇のデュエマだった。

自分の考えたヒーローを映画に出演させられる「最強ヒーローコンテスト」の開催を知ったジョー。映画デビューを目指し、今まで作ったジョーカーズの中から代表を１人決める事にする。

ゼーロの手下ゲジスキーがジョーの前に姿を現した。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を持ち、ジョーカーズを次々に襲っていく。ついにデッキーまで倒れ、悲しみにくれるジョー。絶体絶命のピンチに駆けつけたのは、頼もしいあの男だった！

新作ゲームがやりたくて、ショッピングモールのゲームコーナーに出かけたジョー。そこで偶然、自然文明ガイアハザードの一人・ミノマルと知り合う。二人は協力して、ジョーが作り出したクリーチャー「キング・ザ・スロットン」攻略に挑むことになるのだが・・・！？

「ゼーロと友達になる」。そう言い残し、ミノマルはみずから黒い星に触れ、闇文明へ出向くのであった。待ち構えるゼーロと対峙するミノマル。破壊と和平を賭けた真のデュエルが幕を開ける。果たしてミノマルの願いは叶うのだろうか・・・

激しさを増す、ミノマルとゼーロによる真のデュエル。ミノマルはマスターカードで応戦するが、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロの前に、徐々に追い詰められていくのだった。

平穏なジョーカーズ島で事件が起きる。突如、何者かに殺害されたデッキー。後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様が！？探偵になりきるジョーとオバケになったデッキーが捜査に乗り出す中、第二の犯行が起きる。そして闇に潜む黒い影。いったい誰が犯人なのか！？

カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗りこみ真のデュエルを挑む。互いの切り札を使い激しくぶつかり合う両者は、一進一退の攻防を繰り広げるのだった。果たして勝利はどちらの手に！？

ジョーとカブト鬼は互いの信念をぶつけ合い激しいデュエルを繰り広げる。追いつめられ、絶体絶命のジョー。その時、ジョーの耳にある声が聞こえてくる。

待ちに待った夏休み！ジョーはデュエマ映画化計画を始動させる。一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催するが、集まったのは一癖も二癖もある面々で・・・！？

夏休みの自由研究にちょうど良いからと、デッキーに半ば強引にプロレス観戦に誘われたジョー。たまたま居合わせたウサギ団とシャチョー達のいざこざから、なぜか３対３の「プロレスデュエマ」へと発展してしまう。

ある日、デッキーが腹痛を訴え苦しみだした。デッキーを救うため、再びデッキーのお腹の中に足を踏み入れるジョー。なんとそこには謎の池が出現していた。

カバまろのクシャミで何故か自然文明へワープしてしまったウサギ団。たどり着いたのはガイアハザードのでんでんが侵入者用に罠を仕掛けたテーマパークだった。何も知らないウサギ団は高額時給につられアルバイトを始める。