在新翔龙市近郊的简易房里居住着的刘雷昂，与妹妹可依一起过着安稳的日子。作为量子反应堆研究者的雷昂，为了能够对抗由于“翔龙危机”而突然出现在世界各处的特异进化生物B.R.A.I，在持续着独自一人的研究。但是，一场意料不到的大型B.R.A.I的袭击，改变了雷昂他们的命运。 脚本：根元歳三　コンテ：河森正治・佐藤英一　演出：佐藤英一　演出補佐：小森秀人・野崎真代 作監：安彦英二・小森秀人・清水貴子

引发了机器的全新力量，从而打倒了大型B.R.A.I的雷昂。雷昂的这个研究成果甚至可能会毁灭新翔龙市。超极引擎——那是为了对抗日益持续着高速进化的B.R.A.I的最后手段。亲眼见识了这份力量的凯恩，对雷昂提出了某个建议。 脚本：根元歳三　コンテ：河森正治・佐藤英一　演出：野崎真代 作監：安彦英二・清水貴子・塚本歩・高田和典・森悦史・大久保義之・大河内忍

超极引擎——那是雷昂想出来的人类对抗B.R.A.I的杀手锏。公主亲眼见识到了仅凭1台MOEV就打倒了大型B.R.A.I的力量后，马上下令对雷昂所使用的系统进行量产化。但是云杰对雷昂开发的系统抱有疑心。云杰提出了严格的条件，决定进行超级引擎的引入测试…… 脚本：根元歳三　コンテ：清水聡　演出：佐々木純人　作監：安彦英二・小森秀人・谷口繁則

在几天前出现的大型B.R.A.I，对新翔龙市展开了侵入进攻。在接连突破了绝对防御战线的强大力量面前，发起了总体战后感到无计可施的新翔龙军。面对即将抵达新翔龙市的大型B.R.A.I，云杰决定使用超大型量子炮“无极炮”。但是，雷昂对这决策表示反对，不顾自己生死地坐上了MOEV，奔赴了战场。 STAFF 脚本 根元歳三 絵コンテ 玉田博・河森正治 演出 玉田博 作画監督 長坂寛治・Hwang yeongsik・安彦英二

新翔龙市的大型运输机不知道被谁给破坏了。雷昂看了机体的残骸后，推测了是在运输机上空的鸟型B.R.A.I的所为。虽然云杰以不符合现实为由否定了那个推测，但是雷昂反驳道B.R.A.I是以超越想象的速度在进化着的存在。就在这时，Mr.GOLD、西格、万昊、福4个人正在谋划对新翔龙市展开侵入进攻。 脚本 入江信吾 絵コンテ 三浦和也 演出 北川正人 作画監督 清水貴子・大久保義之・大河内忍・橘正紀・安彦英二

坤灵的仇人万昊，驾驶者飞行型B.R.A.I凤雏出现了。为了与之对抗，雷昂建议安装超级引擎以强化坤灵的机体。但是，坤灵以“我连自己体内的龙都还未能驯服”为由拒绝了。就在这时，凤雏自己切掉了受伤的翅膀，实现了进一步的进化。 脚本 入江信吾 絵コンテ 有江勇樹 演出 有江勇樹 作画監督 坂本俊太・大久保義之・ハニュー・安彦英二

为了某个事件，潘多拉小队的成员们潜入了新翔龙市区。虽然发生了可依也跟来了的意外事故，但是各自都展开了调查。然而，一位神秘少女正在暗中注视着他们。这时，雷昂察觉到了量子反应而开始追踪。没想到在到达的地点，那位少女——菲欧娜正在等待着他。 脚本 望月真里子 絵コンテ 佐藤英一・野崎真代 演出 野崎真代 作画監督 坂本俊太・ふくだのりゆき・Kim myeongsim・Hwang yeongsik・安彦英二

新翔龙市发生的一系列狙击枪袭事件。从能在人群中精确地击杀目标的技术、无法判明其狙击地点等可以推断出是个很厉害的狙击手所为。云杰猜测应该不是单纯的恐怖分子，可能是B.R.A.I，便向潘多拉小队发出了调查的指示。但是道格不知为何没什么干劲。 脚本 大野木寛 絵コンテ 西澤晋 演出 小野田雄亮 作画監督 ハニュー・小林優子・大久保義之・大河内忍・柴田志郎・高橋恒星・石堂伸晴

在潘多拉小队的成立典礼上，公主被击倒了。怀疑道格于这件事有关联的雷昂，在搜索着他的行踪。另一边，凯恩想起了以前让自己吃了不少苦头的百发百中暗杀者“虎眼”。然后，虽然确信了道格正是“虎眼”，但是按理说对公主的暗杀不会失手。究竟公主的命运会如何，而后道格的真意是……？ 脚本 大野木寛 コンテ 西澤晋 演出 球野たかひろ 作監 大久保義之・田中穣

在背后操纵B.R.A.I一系列事件的是，Mr.GOLD。他曾经是在翔龙有着很高名气的家族，因为黑幕被公主曝光而失去了立足之地。因此他与公主结下了深仇大恨。然后，新的B.R.A.I的身影正在接近着新翔龙市。正在苦于迎战的潘多拉小队，在这其中有着以深邃的眼神盯着敌人的格伦…… 脚本 根元歳三 絵コンテ 清水聡 演出 北川正人 作画監督 坂本俊太・高秀国男・武内啓・服部憲知・吉川美貴・安彦英二

黑暗引擎（darkdrive）引发了B.R.A.I更进一步的进化。能够创造出如此程度的系统的人物没有几个。但是雷昂却知道这个人物。他就是吴龙博士。作为量子反应堆的研究负责人的吴龙，是雷昂初次感到“绝对赢不了他”的天才科学家。然而吴龙应该在翔龙危机中就已经身亡了…… 脚本 根元歳三 絵コンテ 島津裕行 演出 佐々木純人 作画監督 畑智司・大河内忍・田中穣・小田真弓・安彦英二

在新翔龙市的周边地区爆发了神秘疾病“赤死病”，难民们想进入新翔龙市。是选择避免疾病在市内的蔓延，还是选择接收这些难民……在无法得出结论的情况下，潘多拉小队在进行着救援行动。过程中，凯恩拿着一张照片到处询问着难民们。照片里的是，凯恩分散的妻子和儿子…… 脚本 大野木寛 絵コンテ 西澤晋 演出 球野たかひろ 作画監督 Hwang yeongsik・安彦英二

由于B.R.A.I反复的袭击，翔龙的反应堆陷入了不安定的状态。看到雷昂说道不安稳的原因在于反应堆中枢的核心，公主的表情突然变得暗淡。下定决心的公主，带着雷昂来到了自己的老家。公主的家族与翔龙世代共存，并一直在保护着某样东西。据说是连世界都能创造的，公主一族的秘密到底是……？ 脚本 望月真里子 絵コンテ 西澤晋 演出 町谷俊輔 作画監督 小谷杏子・坂本俊太

由于Mr.GOLD在远程操纵的巨型百足B.R.A.I，新翔龙市遭到了重创。这个B.R.A.I不仅是破坏街道，而且还留下了奇怪的抽象雕塑，也加深了谜团。公主决定使用无极炮，而雷昂为了将B.R.A.I引到轨道上而出击。然后无极炮瞄准了百足B.R.A.I。 脚本 入江信吾 絵コンテ 小野勝巳 演出 小野田雄亮 作画監督 大久保義之・坂本俊太・ハニュー・普津澤時ヱ門・徳倉栄一・菅井嘉浩・高橋恒星 作画監督補佐 中谷藍

输给了百足B.R.A.I的雷昂他们，好不容易成功逃脱。为了紧急处理MOEV，他们来到了雷昂和可依以前在郊外居住的简易房。然而，与一刻也想尽早回到战场的道格和坤灵相反，雷昂却对刚刚的败北无法忘怀。唤回了陷入了绝望深渊中的雷昂的是，他曾经与可依立下的“约定”…… 脚本 根元歳三 絵コンテ 三浦和也・河森正治 演出 球野たかひろ 作画監督 藤本さとる

由于雷昂、坤灵和道格三人的配合攻击，潘多拉小队总算是把Mr.gold的猛攻给击退了。就在新翔龙市恢复了短暂的和平的时候，只有雷昂至今还不见踪影。就在这时，雷昂在追踪微弱的量子反应的过程中，与Mr.gold一派的西格相遇了。原来是西格为了将雷昂引诱出来而故意放出微弱的量子反应。究竟西格的本意是什么……？ 脚本 根元歳三 絵コンテ 野崎真代・江副仁美 演出 野崎真代 作画監督 大久保義之・Kim jin yping

就在新翔龙市在进行着复兴工程的时候，人们却不见公主的身影。原来是云杰担心公主的身体状况而采取了绝对安静的休养措施。然而理应在指挥着的公主不在难免会引起市民们的恐慌。云杰决定自己来指挥复兴工作的同时，让坤灵扮成公主的样子，从而解决问题。坤灵为了演好公主，进行了严酷的特训…… 脚本 入江信吾 絵コンテ 清水聡 演出 成田巧 作画監督 坂本俊太・大河内忍・Hwang yeongsik

由于B.R.A.I接二连三的袭击，新翔龙市陷入了严重的粮食危机。虽然在储备基地残留有剩下的些许粮食，但是运输部队在途中被人袭击了。就在潘多拉小队全员出动担任运输部队的护卫的时候，身份不明的敌人出现了。就在雷昂在解析敌人的攻击模式的时候，他捕捉到了神秘的量子反应。雷昂判断出这是西格所设下的陷阱后，以惊人的处理速度解析出了敌人的位置信息。 脚本 大野木寛 絵コンテ 西澤晋 演出 球野たかひろ 作画監督 Kim jin yping・安彦英二

在与西格的战斗中，雷昂受了重伤。然而雷昂身体并没有出现大量出血，也没有发现任何的异常状况。虽然雷昂推测是多重给次元的自己为他抗了伤害，但后来还是住院检查了。对住院生活感到厌烦枯燥的他希望能早日出院，在某天的检查中经历了不可思议的事情。然后，异变也开始在道格和坤灵的身上发生…… 脚本 望月真里子 絵コンテ 鈴木薫 演出 鈴木薫 作画監督 田中穣

在下一道激光发射之前雷昂决定在机甲上安装推进器前往宇宙阻止，为给雷昂安装推进器争取时间先由坤灵机协助道格机推上宇宙，靠道格的狙击能力来摧毁卫星，然而在空中凤雏前来阻扰，坤灵和凤雏交战中得知万并没有死而是舍弃了人类的身份和凤雏合为一体。与此同时艾米莉亚B.R.A.I也在阻扰道格机的狙击，道格因艾米莉亚B.R.A.I回想起人类艾米莉亚产生了动摇，虽然在卫星发射激光的瞬间命中卫星，但没有击中要害卫星没被摧毁激光射向地球…… 脚本 根元歳三 絵コンテ 町谷俊輔 演出 工藤寛顕 作画監督 小島えり