とある事件に巻き込まれ、前歴のレッテルを貼られてしまった高校生の雨宮蓮は、一年間の保護観察処分を受け、身元引受人佐倉惣治郎の元での生活を開始する。そんな中、転入先の秀尽学園へ向かう途中、異世界へと迷いこんでしまい…… シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：石浜真史 演出：石浜真史 作画監督：吉田優子、大塚八愛、清水裕輔 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：長谷川亨雄

新しい学生生活を開始した蓮。しかし前歴を持つ転入生への風当たりは厳しいものだった。鴨志田と確執があり蓮と同様学内で孤立する存在の同級生・坂本竜司と出会った蓮は、謎のアプリ「イセカイナビ」を起動させ、再び異世界への侵入を試みる。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：五十嵐達也 演出：江副仁美 作画監督：中野裕紀、福田裕樹、志賀道憲 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：羽田浩二

鴨志田からの理不尽な暴力に怯え、虐げられるバレー部員たち。一方、蓮のクラスメイトの高巻杏も、バレー部員でレギュラー候補である親友の存在をたてに、歪んだ欲望を覗かせる鴨志田からの執拗なアプローチに思い悩んでいた。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：柴田彰久 演出：柴田彰久 作画監督：水谷雄一郎、福島勇、武本大介 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：長谷川亨雄

鴨志田を改心させるべく、“予告状”を学園内に貼りだした蓮たち。新たに仲間となった杏・モルガナと共に、実体化した「オタカラ」を盗み出すため再びパレスへと侵入するが、そこで待ち構えていたのはシャドウ鴨志田本人であった。 シナリオ：兵頭一歩 絵コンテ：原田征爾 演出：原田征爾 作画監督：松原栄介、寺尾洋之、高橋道子 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：小松原聖

無事改心を成し遂げた蓮たちは、これからも身勝手な大人たちを改心させるべく活動していく事を新たに決意し、「心の怪盗団」を結成する。そんな中、ネット上には「怪盗お願いチャンネル」という掲示板サイトが作成され…… シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：南川達馬 演出：南川達馬 作画監督：清水裕輔、渡辺浩二 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：長谷川亨雄

蓮たちは著名な画家である斑目一流斎の若き門下生、喜多川祐介と出会う。杏に「自身の絵のモデルになってほしい」と懇願し一同を困惑させる祐介。週末、祐介の誘いで訪れた斑目の個展で清廉さを見せる斑目に、蓮はどこか違和感を覚える。 シナリオ：木村暢 絵コンテ：大橋一輝 演出：大橋一輝 作画監督：吉田優子、大塚八愛 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：羽田浩二

パレスの存在を確認し、祐介の本心を知った蓮たちは、次のターゲットを斑目に決定する。蓮と竜司がパレスに潜入している間、祐介の絵のモデルとしておとり役を引き受けることになった杏は、斑目邸の保管庫にて、とあるものを発見するが…… シナリオ：兵頭一歩 絵コンテ：丸山裕介 演出：丸山裕介 作画監督：中野裕紀、福田裕樹、水谷雄一郎 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：小松原聖

斑目の真意を知り覚醒した祐介は、自ら怪盗団へ加わることを申し出る。予告状を出し、斑目のオタカラを盗み出すためパレスへ侵入する蓮たちだったが、そこで待っていたのは、”赤子を抱く姿で描かれた「サユリ」”を携えたシャドウ斑目であった。 シナリオ：木村暢 絵コンテ：福島利規 演出：福島利規 作画監督：シンディ山内、武本大介、宮井加奈、稲留和美 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：長谷川亨雄

斑目を改心させたことにより、心の怪盗団の存在が少しずつ世間へ知られていくことを実感する蓮たち。そんな中、モルガナからマジメな学生生活を送るように言い渡され、それぞれ束の間の学生らしい日常を過ごす。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：亀井幹太 演出：江副仁美 作画監督：吉田優子、大塚八愛、福島勇 総作画監督：羽田浩二

蓮、竜司、杏の三人は社会科見学のために訪れたテレビ局で、ゲストとして招かれていた高校生名探偵・明智吾郎と遭遇する。番組内で怪盗団について言及する明智に不安を覚える一方、秀尽学園内でも蓮たちの動向について探りを入れる人物が現れ…… シナリオ：兵頭一歩 絵コンテ：大橋一輝 演出：大橋一輝 作画監督：有我洋美、松原栄介、谷拓也、安留雅弥 総作画監督：小松原聖

秀尽学園の生徒会長を務める新島真に怪盗団の正体が蓮たちであると知られてしまう。見逃す代わりに「正義というものを証明してほしい」という真の要求に従うため、蓮たちは新たなターゲットのパレスに潜入を試みるが…… シナリオ：木村暢 絵コンテ：柴田彰久 演出：柴田彰久 作画監督：清水裕輔、渡辺浩二、佐野誉幸 エフェクト作監：酒井智史 総作画監督：長谷川亨雄

偽りの自分から抜け出しペルソナに覚醒した真は、怪盗団の参謀役としてメンバーに加わる。蓮たちは若者を狙い金を巻き上げる犯罪グループのボス・金城を改心させるため、再びパレスへと潜入する。 シナリオ：兵頭一歩 絵コンテ：尾崎隆晴 演出：南川達馬 作画監督：寺尾洋之、宮井加奈、門智昭 総作画監督：羽田浩二

オタカラを盗み出し金城を改心させることに成功した怪盗団は、自分たち以外にも異世界に出入りしているらしい「黒い仮面の男」の存在を金城より聞かされる。一方、蓮は、絵が思うように描けないと思い悩む祐介から、とある相談をもちかけられ…… シナリオ：木村暢 絵コンテ：福島利規 演出：福島利規 作画監督：シンディ山内、稲留和美 総作画監督：稲留和美

次々と改心を成し遂げ怪盗団として成果を上げて行く蓮たち。そんな中、蓮はとある検証をしてみたいと言う真の希望で新宿の繁華街へと出向く事に。二人はそこで怪しげな店に出入りする秀尽学園の女子生徒を目撃する。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：佐々木守 演出：笹原嘉文 作画監督：大塚八愛、吉田優子、福島勇

期末試験が終了し、心待ちにしていた花火大会に参加する蓮たち。そして次に改心させるターゲットの候補を選定しているさなか、怪盗団は国際的ハッカー集団「メジエド」から突然の宣戦布告を受ける。 シナリオ：木村暢 絵コンテ：田口智久 演出：田口智久 作画監督：安留雅弥、水谷雄一郎、中熊太一、稲留和美、長谷川亨雄 総作画監督：長谷川亨雄

アリババと名乗る謎の人物から、メジエドを片付ける代わりに改心させて欲しい人物がいると取引を持ちかけられる怪盗団。そのターゲットとは、惣治郎がとある事情で知人から預かっている少女・佐倉双葉であった。 シナリオ：兵頭一歩 絵コンテ：田口智久 演出：江副仁美 作画監督：有我洋美、松原栄介、門智昭、大塚八愛、シンディＨヤマウチ 総作画監督：羽田浩二、大塚八愛

蓮たちの説得により自らの意志で部屋の扉を開いた双葉は、オタカラを盗むためパレスへ再侵入した怪盗団の後を追い、自身もパレスへ侵入する。そこで双葉は、母親の姿で自分を怨嗟する巨大な怪物と遭遇する。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：大橋一輝 演出：大橋一輝 作画監督：清水裕輔、渡辺浩二、佐野誉幸、中野裕紀、福田裕樹 総作画監督：小松原聖

母親に関する歪められた記憶を克服し、ペルソナに覚醒した双葉は、自らの目的のため怪盗団の仲間になることを希望する。そして、まだぎこちない様子の双葉と親睦を深めようと、蓮たちは海へ遊びに行くことを提案する。 シナリオ：猪爪慎一 絵コンテ：大橋一輝 演出：大橋一輝 作画監督：清水裕輔、渡辺浩二、佐野誉幸、中野裕紀、福田裕樹 総作画監督：小松原聖