人間のいなくなった宇宙ステーション。長い眠りから覚めたネムリユスリカのミッジはコオロギのハカセ、クモのマルボに出会う。自分がなぜここにいるか分からないミッジにハカセは何が起きたか語って聞かせる。３匹は食料を求めて宇宙ステーション内にあるはずの宇宙農場を目指すのだが…！？

宇宙農場にたどり着いたミッジ達。そこで見たのは驚愕の風景だった。戸惑う彼らの目の前に害虫駆除のロボットが突如として現れ、攻撃を受けてしまう。一方その頃、逃げ惑うミッジ達を別の場所から見ているカエル達がいた…！

どうにか害虫駆除ロボットから逃げ切ったミッジ達。残り電力が少ない事から宇宙ステーションを脱出する事を決める。そこに現れたのは監視カメラでミッジ達を監視していたゲロッパ達、カエル一味だった！生の食料を求めてミッジ達を襲うゲロッパ達だったが…！？

宇宙ステーション脱出に向け、船内を探索するミッジ達。どうやら最上階デッキには補給船があるらしい。エレベーターに乗って上を目指そうとするが、電力切れを起こしたのか途中で止まってしまう。途方にくれる一行だったが、ハカセがあることに気づく。

人工重力制御装置をうまく使ってゲロッパたちから逃げ出したミッジ達。宇宙ステーションから脱出するために補給船がある最上階を目指す。しかしそこの道のりにもまたいくつもの困難が待ち受けていたのだった！しかもゲロッパ達がまた追いついてきて…！？

補給船「ストーク」への道の途中、マルボの足が止まってしまう。「僕は行けないよ…」。そんなマルボにいらだちをぶつけるミッジへハカセがあることを語り始める…。果たして3匹は無事宇宙ステーションを脱出できるのか！？

どうにか無事宇宙ステーションを脱出したミッジ達。 地球へ帰るための壮大な旅がようやく始まった。宇宙で彼らが一番最初に出会ったもの、それはなんと…たこ焼き！？

オペレーションボットを駆使して、宇宙で出会ったたこ焼きをどうにかゲットしたミッジ達。久しぶりのおいしい食事を楽しんだのもつかの間、それがとんでもない悲劇につながってしまう！

トラブルにより近くの惑星に不時着したミッジ達一行。そこは見渡す限り一面の砂漠だった。宇宙船・ストークのシステムは着陸の衝撃で壊れてしまったらしい。作業用ロボットのオペレーションボットを改造して、惑星を探索し始めるミッジ達に次々とトラブルが襲う！

砂の惑星でなんとか一晩を過ごしたミッジ達。はぐれてしまったストークを見つけるために砂漠を探索していると背後から突然声をかけられる。「動くな！」。そこにいたのは、凛とした瞳を持つ少女だった。彼女は一体何者なのか…！？

協力してバグバスターを倒すことに成功したミッジ達。 少女は自分をミツバチのエレンと名乗る。エレンは乱暴な態度をとった事を謝り、自分の住みかにミッジたちを連れて行く。そこで語り始めたのはこの砂の惑星とエレンに隠された過去についてだった…。

この惑星に残ると言うエレンに惜しみながらも別れを告げるミッジ、ハカセ、マルボ。地球への旅を再開するため、宇宙船・ストークを目指す。一方その頃、砂漠をさまよっていたゲロッパ一行がとんでもないものを目覚めさせてしまった！！

住みかを失ってしまったエレンを宇宙船・ストークに連れ帰ったミッジたち。地球の素晴らしさを話し、エレンを旅の仲間に誘う。だが、かんじんのストークが動かなくなってしまっていた。とほうにくれるミッジ達にエレンがある提案をする。

壊れてしまったストークのパーツ、ビームスプリッターを探すため、砂漠に残っていた補給船に向かったミッジとエレン。そこに残されていたものはなんと…！？一方そのころ、ストークにいたハカセとマルボにも危機が迫る。

砂の星を出発し、地球を目指して旅を進めるミッジたち。新しい仲間にエレンが加わり、順調な旅のはずが、宇宙に出現したとあるものに引きずられて操縦不能になってしまう。ミッジたちがたどり着いた場所とは…！？

体長約1mmというクマムシの仙人・ワンと出会ったミッジ達。考えるのに飽きてしまったワンは地球への旅に連れて行って欲しいという。補給船・ストークにワンを乗せ、出発しようとしたミッジ達をあらたなる危機が襲う！