历经漫长的战斗，海登王太后托阿拉与她的儿子卢纳终于重逢。克伦一行人因保护了卢纳而获得了托阿拉的赏赐，克伦也如愿被任命为卢纳的专属魔法导师。不过，卢纳的魔法教育要等到他三岁才开始。在此之前的约两年时间里，克伦决定与艾丽西亚一同就读于索尔塞因神学院。

潜入索尔塞因神学院的克伦，以及改名为阿里莎的艾丽西亚。作为五年级学生，她们首先参加的课程是魔法实习。内容是用魔杖通过咒语点亮油灯，艾丽西亚第一个举手挑战，然而……就在年级前三名的雷、梅丽梅丽和安德鲁接连成功之际，却有一名胆小的学生主动向艾丽西亚搭话。

出现在学生宿舍后面的魔兽，原来正是内森。自那以后，内森便再也没有出现在教室里，据说他已经离开了学校。这所学校无疑隐藏着某种秘密。艾丽西亚决定暂时与利益一致的双胞胎联手。另一方面，克伦则经常和萨拉萨、爱迪生三人一起放学。

艾莉西亚踏入植物园，回过神来才发现自己闯进一个不可思议的世界。在她眼中，周遭的一切都显得无比巨大。然而从外面来看，她的外貌却变得像老鼠，还被安德鲁装进一个小瓶子里带走了。

神学院索歇因院长罗梅因，以及在幕后的北方魔兽王沃迪恩，企图重现“勇者传承”。他们的目标是克雷恩持有的托亚之书。克雷恩察觉此事，便创造出一座巨大的黑影之塔，并放话说：“想要就自己来拿！”罗梅因让一般学生陷入沉睡，命令留下来的菁英学生夺取托亚之书。

安德鲁抓住老鼠艾莉西亚，正要拿剪刀剪下头部。就在艾莉西亚命在旦夕之际，安德鲁察觉到某个人的气息，停下动作。那个人正是以教师身份潜入索歇因的伊斯林军人罗德。罗德表示自己正在寻找失踪的学生，正要原路折返时，却被安德鲁出声制止。

提格尔和利翁这对双胞胎打晕潜入学生宿舍的可疑人士，以他们的脸制作死亡面具，乔装成对方，潜入校舍的地下室。地下广场聚集了许多人，甚至包含伊斯林与伯雷特两国的重量级人物。两人在那里遇见一路尾随他们潜入的艾迪森。原来那群可疑人士是名为“Union”的结社成员。

身为教师，奈耶一边保护学生，一边与克雷恩派出的尖兵交战。她想起小时候对勇者的憧憬，奋力迎战，却无法击败敌人，陷入生死危机。就在这时，原本昏迷的美利维瑟醒了过来。

艾莉西亚恢复原貌，发现自己身处镜之迷宫的深处。克雷恩听到迦鲁特向札提耶报告此事，立刻赶往艾莉西亚身边。另一方面，艾莉西亚试图离开坠落后抵达的拷问室，然而无论她走出房间多少次，最后都会回到原地。而她在那里遇见的，竟然是一名意想不到的人物……

艾莉西亚带着密蕾亚逃出拷问室，与双胞胎重逢。她将密蕾亚托付给两人后，又坠入了深渊。在那里，她看见了一头巨大的魔兽──奇美拉女王。它腹部映出的，竟然是那些在复活勇者传承的实验中牺牲的婴儿们的凄惨身影。正当艾莉西亚气得浑身发抖时，另一个密蕾亚拿着托亚之书现身。

艾莉西亚在迷宫里看见的是挚爱父亲莫鲁戈年轻时的模样。按照里密蕾亚的说法，不打倒莫鲁戈就无法脱离此空间，这就是第二道试炼“镜之迷宫”同时，借助卢纳的力量进入秘密研究室的克雷恩正与沃迪恩对峙。

艾莉西亚既没有随波逐流而选择安逸的路走，也没有将冒牌父亲斩杀，而是全盘接纳最真实的自己，向前迈进，最终找到了唯一的“正确答案”并顺利通过第二道试炼，恼羞成怒的里密蕾亚立刻攻击艾莉西亚！另一方面，在秘密研究室里，克雷恩与沃迪恩的激战仍在持续。

通过第二道试炼后，艾莉西亚的脸上浮现出第二道纹章。凭着这股力量，艾莉西亚一步步将里密蕾亚逼入绝境。如今敌人只剩魔兽王沃迪恩。为了做个了断，艾莉西亚前往克雷恩所在之处。然而，克雷恩的身躯早已遭沃迪恩践踏，更被烈焰焚烧。艾莉西亚挥剑砍向沃迪恩，却……！？